Pseudo-bulk transcriptomic analysis of human kidney proximal tubular cells comparing AKI and healthy controls from the GSE183276 dataset

该数据集提供了对健康与受损人类肾脏GSE183276图谱进行伪体量转录组分析的处理中间输出，重点比较急性肾损伤（AKI）与健康对照（HC）样本。该分析特别针对五种近端管状上皮细胞亚型（PT-S1/2、PT-S3、cycPT、dPT、aPT）。提取这些亚型后，数据经过严格质量控制（保留nFeature_RNA在500至5000之间，percent.mt <25）并使用Harmony进行批量效应校正，间歇变量包括文库、患者、实验和样本。下游差异表达分析采用伪体型法（DESeq2），在每个亚型和合成PT细胞水平均进行。附带的四个Excel文件提供了分析工作流程的全面总结：（1） tubular_epithelial_cells_seurat.xlsx 该文件包含五个近端管状上皮细胞亚型（PT-S1/2、PT-S3、cycPT、dPT、aPT）在初步QC过滤步骤后的细胞元数据和质量控制（QC）指标。它包括每个细胞的质量控制统计数据（nFeature_RNA、nCount_RNA、percent.mt）以及验证表，确认HC、AKI和CKD组的细胞计数。虽然该文件代表了Harmony批处理校正前的数据状态，但它是初始数据过滤、单元类型验证及后续分析所用基线单元组成的主要记录。（2） aki_hc_cells_harmony_corrected.xlsx 本文件提供了Harmony批次校正后近端管状上皮细胞AKI与HC子集的元数据和降维坐标（UMAP，tSNE）。它包含用于单亚型及组合PT细胞伪总体差异表达分析的最终细胞类型注释（PT-S1/2、PT-S3、cycPT、dPT、aPT）。关键是，该文件不包含基因表达矩阵。它仅包含元数据（批量校正后保持不变）和从Harmony校正PCA空间计算出的降维坐标（UMAP、tSNE）。本文件中包含的质量控制指标是修正前阶段的历史记录，保存以供参考。（3） aki_hc_all_cells_harmony_corrected.xlsx 该文件包含涵盖所有主要肾细胞类型的完整数据集的元数据和协调降维坐标（UMAP，tSNE），并筛选为仅包含AKI和HC样本。该文件用于生成整体肾细胞图谱（UMAP/tSNE图谱）。该元数据中的细胞类型注释成为后续伪总体差异表达分析中组别定义的基础，该分析生成了所有肾细胞类型的火山图。（4） seurat_all_cells_harmony_corrected.xlsx 本文件提供完整数据集（包括AKI、HC和CKD样本）经过Harmony批次校正后的元数据和降维坐标。该文件是肾脏图谱全球细胞景观的基础参考，区别于AKI/HC特异性子集。这些文件共同支持了一个关键结论：AKI与人类肾近端小管细胞中糖新生基因的协调下调以及纤维化相关基因的上调有关。这些数据提供了生物信息学流程的完整可追溯中间输出，这些输出在附带的R脚本中描述，并作为验证主稿后续实验验证基础计算步骤的资源。