embryo body wall muscle tiling array (v2)

ChEBI2010-08-04 更新2026-07-21 收录

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https://www.ebi.ac.uk/biostudies/ArrayExpress/studies/E-GEOD-23260

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embryo body wall muscle tiling array (v2)

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2010-08-04

HEST-1k

HEST-1k是由麻省总布莱根医院和哈佛医学院创建的数据集，包含1,108个空间转录组学（ST）和H&E染色的全切片图像（WSIs）及其元数据。该数据集覆盖25个器官、两种物种（人类和小鼠）以及320个来自25种癌症类型的癌症样本。数据集的创建过程涉及从131个公共和内部队列中提取数据，处理后得到150万表达-形态学对和6000万个检测到的细胞核。HEST-1k的应用领域包括基准测试基础模型、生物

arXiv2024-06-24 更新4980

DLPFC

该数据集包含了来自三个个体的背外侧前额叶皮层（DLPFC）的12个部分，每个部分的斑点数量从3498到4789不等。原始作者手动标注了DLPFC层的区域和白质部分。该数据集的规模涵盖了三个个体的多个切片，其任务是进行空间转录组学分析。

arXiv3101

SPATCH

SPATCH是一个用于亚细胞和高通量平台的空间转录组学资源，提供了多种空间转录组学技术的首次基准测试，包括亚细胞分辨率和大量基因的面板。

github2024-12-11 更新2150

merfish

MERFISH小鼠大脑数据集提供了使用MERFISH（多路错误鲁棒荧光原位杂交）技术对成年小鼠大脑进行的空间转录组图谱，能够在原位进行高分辨率细胞基因表达分析。该数据集包含了59个冠状切片（10微米厚），覆盖了从单个成年雄性小鼠的前到后整个大脑范围（约200微米间隔）。数据集包括原始数据和经过处理的数据版本，均为流式Parquet分片。表达数据与注释基因对齐，每个细胞的表达谱与元数据和空间信息相关

Hugging Face2025-05-20 更新3580

STimage-1K4M - 空间转录组图像基因表达数据集

STimage-1K4M数据集，由北卡罗来纳大学构建，旨在通过提供子图像瓦片的基因表达信息，填补现有医学图像文本数据集中的描述不足。该数据集包含了1,149张图像，这些图像是从空间转录组数据中提取的，能够捕捉到病理图像中每个独立空间点的基因表达信息。每张图像都被细分为更小的子图像瓦片，每个瓦片都配有15,000到30,000维的基因表达数据。数据集中总共有4,293,195对子图像和基因表达，提供

github2580