SoIR

SoIR integrates Solanaceae genomic data from 81 species and transcriptomic data from 41 species, encompassing a total of 3,908,408 gene annotations derived from Gene Ontology, nonredundant protein, Pfam, Swiss-Prot and TrEMBL databases. The resource also includes 3,437,115 CRISPR guide sequences, 212,395 transcription factors and 19,086 genes associated with methylation modification. In addition to species-specific analyses, SoIR provides extensive bioinformatics tools for investigating gene family evolution, phylogenetic relationships and karyotype reconstruction across 25 fully sequenced genomes.SoIR整合了81个物种的茄科（Solanaceae）基因组数据与41个物种的转录组数据，总计包含来自基因本体（Gene Ontology）、非冗余蛋白（nonredundant protein）、Pfam、Swiss-Prot及TrEMBL数据库的3,908,408条基因注释信息。该资源还涵盖3,437,115条CRISPR向导序列（CRISPR guide sequences）、212,395个转录因子以及19,086个与甲基化修饰相关的基因。除支持物种特异性分析外，SoIR还提供了丰富的生物信息学工具，可用于研究25个已完成全基因组测序的基因组的基因家族演化、系统发育关系与核型重构。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

SoIR是一个综合性的茄科植物信息资源，整合了81个物种的基因组和41个物种的转录组数据，包含数百万基因注释、CRISPR引导序列和转录因子等。该资源提供广泛的生物信息学工具，支持基因家族进化、系统发育关系和核型重建等分析，并涵盖物种特异性研究。