Plant Metabolic Pathway Databases

The pathways section in the Gramene databases is home for RiceCyc, MaizeCyc, BrachyCyc, SorghumCyc, VitisCyc, EucalyptusCyc, and FragariaCyc, the pathway databases for rice, maize, Bracypodium, sorghum, grape, Eucalyptus and strawberry respectively. It also provides mirrors of pathway databases from Arabidopsis, tomato, potato, pepper, coffee, Medicago, E. coli, and the MetaCyc and PlantCyc reference databases. By providing various species specific databases the portal enables search and browse functions to find genes, reactions, pathways, small molecules and build interspecific comparison between the species specific pathways.Gramene数据库的通路板块收录了RiceCyc、MaizeCyc、BrachyCyc、SorghumCyc、VitisCyc、EucalyptusCyc及FragariaCyc，上述数据库分别为水稻、玉米、短柄草、高粱、葡萄、桉树与草莓的物种特异性通路数据库（pathway database）。该板块同时提供了拟南芥、番茄、马铃薯、辣椒、咖啡、苜蓿、大肠杆菌（E. coli）的通路数据库镜像，以及MetaCyc与PlantCyc参考数据库。依托多套物种特异性数据库，该门户支持检索、浏览基因、反应、通路及小分子，并可实现不同物种特异性通路间的种间比较分析。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

该数据集整合了多种植物物种的代谢通路数据库，包括水稻、玉米、葡萄等物种特定数据库，以及MetaCyc和PlantCyc等参考数据库。它提供搜索和浏览功能，用于查询基因、反应和通路，并支持跨物种通路比较。