Levchenko2000_MAPK_Scaffold

MAPK cascade on a scaffold

Citation

Levchenko, A., Bruck, J., Sternberg, P.W. (2000)
.Scaffold proteins may biphasically affect the levels of mitogen-activated protein kinase signaling and reduce its threshold properties. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 97(11):5818-5823.

http://www.pnas.org/cgi/content/abstract/97/11/5818

Description

This model describes a basic 3-stage Mitogen Activated Protein Kinase (MAPK). Kinases in solution are written as K[3,J], K[2,J], K[1,J] for MAPKKK, MAPKK, and MAPK, respectively, J indicates the phosphorylation level, J=0,1 for K3 and J=0,1,2 for K2 and K1. Scaffolds have three slots, for MAPK, MAPKK, and MAPKKK, respectively. Bound and free scaffold are denoted as S[i,j,k], where i, j, and k indicate the binding of K[1,i], K[2,j] and K[3,k] in their respective slots. Here i,j=-1,0,1,or,2 and k=-1,0,or,1. A value of -1 means the slot is empty, 0 means the unphorphorylated kinase is bound, 1 means the singly phosphorylated kinase is bound, and 2 means the doubly phosphorylated kinase is bound. Thus S[1,-1,2] is a scaffold with K[3,1] bound in the first slot and K[1,2] in the third slot, while the second slot is empty.Note: Indices X[I,J,K] are translated into the unindexed variable X_I_J_K and so forth in the SBML. Negative indices are translated as mI, etc, thus S[1,-1,2] becomes S_1_m1_2.

Rate constant      
Reaction

a10 = 5.
MAPKP + K[1, 2] -> K_MAPKP[1, 2]

a1 = 1.
RAFK + K[3, 0] -> K_RAFK[3, 0]

a2 = 0.5
RAFP + K[3, 1] -> K_RAFP[3, 1]

a3 = 3.3
K[2, 0] + K[3, 1] -> K_K[2, 0, 3,
 1]

a4 = 10.
MEKP + K[2, 1] -> K_MEKP[2, 1]

a5 = 3.3
K[2, 1] + K[3, 1] -> K_K[2, 1, 3,
 1]

a6 = 10.
MEKP + K[2, 2] -> K_MEKP[2, 2]

a7 = 20.
K[1, 0] + K[2, 2] -> K_K[1, 0, 2,
 2]

a8 = 5.
MAPKP + K[1, 1] -> K_MAPKP[1, 1]

a9 = 20.
K[1, 1] + K[2, 2] -> K_K[1, 1, 2,
 2]

d10 = 0.4
K_MAPKP[1, 2] -> MAPKP + K[1, 2]

d1 = 0.4
K_RAFK[3, 0] -> RAFK + K[3, 0]

d1a = 0
S_RAFK[0, 0, 0] -> RAFK + S[0, 0, 0]

d1a = 0
S_RAFK[0, -1, 0] -> RAFK + S[0, -1,
 0]

d1a = 0
S_RAFK[0, 1, 0] -> RAFK + S[0, 1, 0]

d1a = 0
S_RAFK[0, 2, 0] -> RAFK + S[0, 2, 0]

d1a = 0
S_RAFK[-1, 0, 0] -> RAFK + S[-1, 0,
 0]

d1a = 0
S_RAFK[1, 0, 0] -> RAFK + S[1, 0, 0]

d1a = 0
S_RAFK[-1, -1, 0] -> RAFK + S[-1, -1,
 0]

d1a = 0
S_RAFK[-1, 1, 0] -> RAFK + S[-1, 1,
 0]

d1a = 0
S_RAFK[1, -1, 0] -> RAFK + S[1, -1,
 0]

d1a = 0
S_RAFK[1, 1, 0] -> RAFK + S[1, 1, 0]

d1a = 0
S_RAFK[-1, 2, 0] -> RAFK + S[-1, 2,
 0]

d1a = 0
S_RAFK[1, 2, 0] -> RAFK + S[1, 2, 0]

d1a = 0
S_RAFK[2, 0, 0] -> RAFK + S[2, 0, 0]

d1a = 0
S_RAFK[2, -1, 0] -> RAFK + S[2, -1,
 0]

d1a = 0
S_RAFK[2, 1, 0] -> RAFK + S[2, 1, 0]

d1a = 0
S_RAFK[2, 2, 0] -> RAFK + S[2, 2, 0]

d2 = 0.5
K_RAFP[3, 1] -> RAFP + K[3, 1]

d3 = 0.42
K_K[2, 0, 3, 1] -> K[2, 0] + K[3,
 1]

d4 = 0.8
K_MEKP[2, 1] -> MEKP + K[2, 1]

d5 = 0.4
K_K[2, 1, 3, 1] -> K[2, 1] + K[3,
 1]

d6 = 0.8
K_MEKP[2, 2] -> MEKP + K[2, 2]

d7 = 0.6
K_K[1, 0, 2, 2] -> K[1, 0] + K[2,
 2]

d8 = 0.4
K_MAPKP[1, 1] -> MAPKP + K[1, 1]

d9 = 0.6
K_K[1, 1, 2, 2] -> K[1, 1] + K[2,
 2]

k10 = 0.1
K_MAPKP[1, 2] -> MAPKP + K[1, 1]

k1 = 0.1
K_RAFK[3, 0] -> RAFK + K[3, 1]

k1 = 0.1
S_RAFK[0, 0, 0] -> RAFK + S[0, 0, 1]

k1 = 0.1
S_RAFK[0, -1, 0] -> RAFK + S[0, -1,
 1]

k1 = 0.1
S_RAFK[0, 1, 0] -> RAFK + S[0, 1, 1]

k1 = 0.1
S_RAFK[0, 2, 0] -> RAFK + S[0, 2, 1]

k1 = 0.1
S_RAFK[-1, 0, 0] -> RAFK + S[-1, 0,
 1]

k1 = 0.1
S_RAFK[1, 0, 0] -> RAFK + S[1, 0, 1]

k1 = 0.1
S_RAFK[-1, -1, 0] -> RAFK + S[-1, -1,
 1]

k1 = 0.1
S_RAFK[-1, 1, 0] -> RAFK + S[-1, 1,
 1]

k1 = 0.1
S_RAFK[1, -1, 0] -> RAFK + S[1, -1,
 1]

k1 = 0.1
S_RAFK[1, 1, 0] -> RAFK + S[1, 1, 1]

k1 = 0.1
S_RAFK[-1, 2, 0] -> RAFK + S[-1, 2,
 1]

k1 = 0.1
S_RAFK[1, 2, 0] -> RAFK + S[1, 2, 1]

k1 = 0.1
S_RAFK[2, 0, 0] -> RAFK + S[2, 0, 1]

k1 = 0.1
S_RAFK[2, -1, 0] -> RAFK + S[2, -1,
 1]

k1 = 0.1
S_RAFK[2, 1, 0] -> RAFK + S[2, 1, 1]

k1 = 0.1
S_RAFK[2, 2, 0] -> RAFK + S[2, 2, 1]

k1a = 100
RAFK + S[0, 0, 0] -> S_RAFK[0, 0, 0]

k1a = 100
RAFK + S[0, -1, 0] -> S_RAFK[0, -1,
 0]

k1a = 100
RAFK + S[0, 1, 0] -> S_RAFK[0, 1, 0]

k1a = 100
RAFK + S[0, 2, 0] -> S_RAFK[0, 2, 0]

k1a = 100
RAFK + S[-1, 0, 0] -> S_RAFK[-1, 0,
 0]

k1a = 100
RAFK + S[1, 0, 0] -> S_RAFK[1, 0, 0]

k1a = 100
RAFK + S[-1, -1, 0] -> S_RAFK[-1, -1,
 0]

k1a = 100
RAFK + S[-1, 1, 0] -> S_RAFK[-1, 1,
 0]

k1a = 100
RAFK + S[1, -1, 0] -> S_RAFK[1, -1,
 0]

k1a = 100
RAFK + S[1, 1, 0] -> S_RAFK[1, 1, 0]

k1a = 100
RAFK + S[-1, 2, 0] -> S_RAFK[-1, 2,
 0]

k1a = 100
RAFK + S[1, 2, 0] -> S_RAFK[1, 2, 0]

k1a = 100
RAFK + S[2, 0, 0] -> S_RAFK[2, 0, 0]

k1a = 100
RAFK + S[2, -1, 0] -> S_RAFK[2, -1,
 0]

k1a = 100
RAFK + S[2, 1, 0] -> S_RAFK[2, 1, 0]

k1a = 100
RAFK + S[2, 2, 0] -> S_RAFK[2, 2, 0]

k2 = 0.1
K_RAFP[3, 1] -> RAFP + K[3, 0]

k3 = 0.1
K_K[2, 0, 3, 1] -> K[2, 1] + K[3,
 1]

k3 = 0.1
S[0, 0, 1] -> S[0, 1, 1]

k3 = 0.1
S[-1, 0, 1] -> S[-1, 1, 1]

k3 = 0.1
S[1, 0, 1] -> S[1, 1, 1]

k3 = 0.1
S[2, 0, 1] -> S[2, 1, 1]

k4 = 0.1
K_MEKP[2, 1] -> MEKP + K[2, 0]

k5 = 0.1
K_K[2, 1, 3, 1] -> K[2, 2] + K[3,
 1]

k5a = 0.1
S[0, 1, 1] -> S[0, 2, 1]

k5a = 0.1
S[-1, 1, 1] -> S[-1, 2, 1]

k5a = 0.1
S[1, 1, 1] -> S[1, 2, 1]

k5a = 0.1
S[2, 1, 1] -> S[2, 2, 1]

k6 = 0.1
K_MEKP[2, 2] -> MEKP + K[2, 1]

k7 = 0.1
K_K[1, 0, 2, 2] -> K[1, 1] + K[2,
 2]

k7 = 0.1
S[0, 2, 0] -> S[1, 2, 0]

k7 = 0.1
S[0, 2, -1] -> S[1, 2, -1]

k7 = 0.1
S[0, 2, 1] -> S[1, 2, 1]

k8 = 0.1
K_MAPKP[1, 1] -> MAPKP + K[1, 0]

k9 = 0.1
K_K[1, 1, 2, 2] -> K[1, 2] + K[2,
 2]

k9a = 0.1
S[1, 2, 0] -> S[2, 2, 0]

k9a = 0.1
S[1, 2, -1] -> S[2, 2, -1]

k9a = 0.1
S[1, 2, 1] -> S[2, 2, 1]

koff = 0.5
S[0, 0, 0] -> K[1, 0] + S[-1, 0,
 0]

koff = 0.5
S[0, 0, 0] -> K[2, 0] + S[0, -1,
 0]

koff = 0.5
S[0, 0, 0] -> K[3, 0] + S[0, 0,
 -1]

koff = 0.5
S[0, 0, -1] -> K[1, 0] + S[-1, 0,
 -1]

koff = 0.5
S[0, 0, 1] -> K[1, 0] + S[-1, 0,
 1]

koff = 0.5
S[0, 0, -1] -> K[2, 0] + S[0, -1,
 -1]

koff = 0.5
S[0, 0, 1] -> K[2, 0] + S[0, -1,
 1]

koff = 0.5
S[0, -1, 0] -> K[1, 0] + S[-1, -1,
 0]

koff = 0.5
S[0, 1, 0] -> K[1, 0] + S[-1, 1,
 0]

koff = 0.5
S[0, -1, 0] -> K[3, 0] + S[0, -1,
 -1]

koff = 0.5
S[0, 1, 0] -> K[3, 0] + S[0, 1,
 -1]

koff = 0.5
S[0, -1, -1] -> K[1, 0] + S[-1, -1,
 -1]

koff = 0.5
S[0, -1, 1] -> K[1, 0] + S[-1, -1,
 1]

koff = 0.5
S[0, 1, -1] -> K[1, 0] + S[-1, 1,
 -1]

koff = 0.5
S[0, 1, 1] -> K[1, 0] + S[-1, 1,
 1]

koff = 0.5
S[0, 2, 0] -> K[1, 0] + S[-1, 2,
 0]

koff = 0.5
S[0, 2, 0] -> K[3, 0] + S[0, 2,
 -1]

koff = 0.5
S[0, 2, -1] -> K[1, 0] + S[-1, 2,
 -1]

koff = 0.5
S[0, 2, 1] -> K[1, 0] + S[-1, 2,
 1]

koff = 0.5
S[-1, 0, 0] -> K[2, 0] + S[-1, -1,
 0]

koff = 0.5
S[1, 0, 0] -> K[2, 0] + S[1, -1,
 0]

koff = 0.5
S[-1, 0, 0] -> K[3, 0] + S[-1, 0,
 -1]

koff = 0.5
S[1, 0, 0] -> K[3, 0] + S[1, 0,
 -1]

koff = 0.5
S[-1, 0, -1] -> K[2, 0] + S[-1, -1,
 -1]

koff = 0.5
S[-1, 0, 1] -> K[2, 0] + S[-1, -1,
 1]

koff = 0.5
S[1, 0, -1] -> K[2, 0] + S[1, -1,
 -1]

koff = 0.5
S[1, 0, 1] -> K[2, 0] + S[1, -1,
 1]

koff = 0.5
S[-1, -1, 0] -> K[3, 0] + S[-1, -1,
 -1]

koff = 0.5
S[-1, 1, 0] -> K[3, 0] + S[-1, 1,
 -1]

koff = 0.5
S[1, -1, 0] -> K[3, 0] + S[1, -1,
 -1]

koff = 0.5
S[1, 1, 0] -> K[3, 0] + S[1, 1,
 -1]

koff = 0.5
S[-1, 2, 0] -> K[3, 0] + S[-1, 2,
 -1]

koff = 0.5
S[1, 2, 0] -> K[3, 0] + S[1, 2,
 -1]

koff = 0.5
S[2, 0, 0] -> K[2, 0] + S[2, -1,
 0]

koff = 0.5
S[2, 0, 0] -> K[3, 0] + S[2, 0,
 -1]

koff = 0.5
S[2, 0, -1] -> K[2, 0] + S[2, -1,
 -1]

koff = 0.5
S[2, 0, 1] -> K[2, 0] + S[2, -1,
 1]

koff = 0.5
S[2, -1, 0] -> K[3, 0] + S[2, -1,
 -1]

koff = 0.5
S[2, 1, 0] -> K[3, 0] + S[2, 1,
 -1]

koff = 0.5
S[2, 2, 0] -> K[3, 0] + S[2, 2,
 -1]

kon = 10
K[1, 0] + S[-1, 0, 0] -> S[0, 0,
 0]

kon = 10
K[1, 0] + S[-1, 0, -1] -> S[0, 0,
 -1]

kon = 10
K[1, 0] + S[-1, 0, 1] -> S[0, 0,
 1]

kon = 10
K[1, 0] + S[-1, -1, 0] -> S[0, -1,
 0]

kon = 10
K[1, 0] + S[-1, 1, 0] -> S[0, 1,
 0]

kon = 10
K[1, 0] + S[-1, -1, -1] -> S[0, -1,
 -1]

kon = 10
K[1, 0] + S[-1, -1, 1] -> S[0, -1,
 1]

kon = 10
K[1, 0] + S[-1, 1, -1] -> S[0, 1,
 -1]

kon = 10
K[1, 0] + S[-1, 1, 1] -> S[0, 1,
 1]

kon = 10
K[1, 0] + S[-1, 2, 0] -> S[0, 2,
 0]

kon = 10
K[1, 0] + S[-1, 2, -1] -> S[0, 2,
 -1]

kon = 10
K[1, 0] + S[-1, 2, 1] -> S[0, 2,
 1]

kon = 10
K[2, 0] + S[0, -1, 0] -> S[0, 0,
 0]

kon = 10
K[2, 0] + S[0, -1, -1] -> S[0, 0,
 -1]

kon = 10
K[2, 0] + S[0, -1, 1] -> S[0, 0,
 1]

kon = 10
K[2, 0] + S[-1, -1, 0] -> S[-1, 0,
 0]

kon = 10
K[2, 0] + S[1, -1, 0] -> S[1, 0,
 0]

kon = 10
K[2, 0] + S[-1, -1, -1] -> S[-1, 0,
 -1]

kon = 10
K[2, 0] + S[-1, -1, 1] -> S[-1, 0,
 1]

kon = 10
K[2, 0] + S[1, -1, -1] -> S[1, 0,
 -1]

kon = 10
K[2, 0] + S[1, -1, 1] -> S[1, 0,
 1]

kon = 10
K[2, 0] + S[2, -1, 0] -> S[2, 0,
 0]

kon = 10
K[2, 0] + S[2, -1, -1] -> S[2, 0,
 -1]

kon = 10
K[2, 0] + S[2, -1, 1] -> S[2, 0,
 1]

kon = 10
K[3, 0] + S[0, 0, -1] -> S[0, 0,
 0]

kon = 10
K[3, 0] + S[0, -1, -1] -> S[0, -1,
 0]

kon = 10
K[3, 0] + S[0, 1, -1] -> S[0, 1,
 0]

kon = 10
K[3, 0] + S[0, 2, -1] -> S[0, 2,
 0]

kon = 10
K[3, 0] + S[-1, 0, -1] -> S[-1, 0,
 0]

kon = 10
K[3, 0] + S[1, 0, -1] -> S[1, 0,
 0]

kon = 10
K[3, 0] + S[-1, -1, -1] -> S[-1, -1,
 0]

kon = 10
K[3, 0] + S[-1, 1, -1] -> S[-1, 1,
 0]

kon = 10
K[3, 0] + S[1, -1, -1] -> S[1, -1,
 0]

kon = 10
K[3, 0] + S[1, 1, -1] -> S[1, 1,
 0]

kon = 10
K[3, 0] + S[-1, 2, -1] -> S[-1, 2,
 0]

kon = 10
K[3, 0] + S[1, 2, -1] -> S[1, 2,
 0]

kon = 10
K[3, 0] + S[2, 0, -1] -> S[2, 0,
 0]

kon = 10
K[3, 0] + S[2, -1, -1] -> S[2, -1,
 0]

kon = 10
K[3, 0] + S[2, 1, -1] -> S[2, 1,
 0]

kon = 10
K[3, 0] + S[2, 2, -1] -> S[2, 2,
 0]

kpoff = 0.05
S[0, 0, 1] -> K[3, 1] + S[0, 0,
 -1]

kpoff = 0.05
S[0, 1, 0] -> K[2, 1] + S[0, -1,
 0]

kpoff = 0.05
S[0, 1, -1] -> K[2, 1] + S[0, -1,
 -1]

kpoff = 0.05
S[0, 1, 1] -> K[2, 1] + S[0, -1,
 1]

kpoff = 0.05
S[0, -1, 1] -> K[3, 1] + S[0, -1,
 -1]

kpoff = 0.05
S[0, 1, 1] -> K[3, 1] + S[0, 1,
 -1]

kpoff = 0.05
S[0, 2, 0] -> K[2, 2] + S[0, -1,
 0]

kpoff = 0.05
S[0, 2, -1] -> K[2, 2] + S[0, -1,
 -1]

kpoff = 0.05
S[0, 2, 1] -> K[2, 2] + S[0, -1,
 1]

kpoff = 0.05
S[0, 2, 1] -> K[3, 1] + S[0, 2,
 -1]

kpoff = 0.05
S[1, 0, 0] -> K[1, 1] + S[-1, 0,
 0]

kpoff = 0.05
S[1, 0, -1] -> K[1, 1] + S[-1, 0,
 -1]

kpoff = 0.05
S[1, 0, 1] -> K[1, 1] + S[-1, 0,
 1]

kpoff = 0.05
S[-1, 0, 1] -> K[3, 1] + S[-1, 0,
 -1]

kpoff = 0.05
S[1, 0, 1] -> K[3, 1] + S[1, 0,
 -1]

kpoff = 0.05
S[1, -1, 0] -> K[1, 1] + S[-1, -1,
 0]

kpoff = 0.05
S[1, 1, 0] -> K[1, 1] + S[-1, 1,
 0]

kpoff = 0.05
S[-1, 1, 0] -> K[2, 1] + S[-1, -1,
 0]

kpoff = 0.05
S[1, 1, 0] -> K[2, 1] + S[1, -1,
 0]

kpoff = 0.05
S[1, -1, -1] -> K[1, 1] + S[-1, -1,
 -1]

kpoff = 0.05
S[1, -1, 1] -> K[1, 1] + S[-1, -1,
 1]

kpoff = 0.05
S[1, 1, -1] -> K[1, 1] + S[-1, 1,
 -1]

kpoff = 0.05
S[1, 1, 1] -> K[1, 1] + S[-1, 1,
 1]

kpoff = 0.05
S[-1, 1, -1] -> K[2, 1] + S[-1, -1,
 -1]

kpoff = 0.05
S[-1, 1, 1] -> K[2, 1] + S[-1, -1,
 1]

kpoff = 0.05
S[1, 1, -1] -> K[2, 1] + S[1, -1,
 -1]

kpoff = 0.05
S[1, 1, 1] -> K[2, 1] + S[1, -1,
 1]

kpoff = 0.05
S[-1, -1, 1] -> K[3, 1] + S[-1, -1,
 -1]

kpoff = 0.05
S[-1, 1, 1] -> K[3, 1] + S[-1, 1,
 -1]

kpoff = 0.05
S[1, -1, 1] -> K[3, 1] + S[1, -1,
 -1]

kpoff = 0.05
S[1, 1, 1] -> K[3, 1] + S[1, 1,
 -1]

kpoff = 0.05
S[1, 2, 0] -> K[1, 1] + S[-1, 2,
 0]

kpoff = 0.05
S[-1, 2, 0] -> K[2, 2] + S[-1, -1,
 0]

kpoff = 0.05
S[1, 2, 0] -> K[2, 2] + S[1, -1,
 0]

kpoff = 0.05
S[1, 2, -1] -> K[1, 1] + S[-1, 2,
 -1]

kpoff = 0.05
S[1, 2, 1] -> K[1, 1] + S[-1, 2,
 1]

kpoff = 0.05
S[-1, 2, -1] -> K[2, 2] + S[-1, -1,
 -1]

kpoff = 0.05
S[-1, 2, 1] -> K[2, 2] + S[-1, -1,
 1]

kpoff = 0.05
S[1, 2, -1] -> K[2, 2] + S[1, -1,
 -1]

kpoff = 0.05
S[1, 2, 1] -> K[2, 2] + S[1, -1,
 1]

kpoff = 0.05
S[-1, 2, 1] -> K[3, 1] + S[-1, 2,
 -1]

kpoff = 0.05
S[1, 2, 1] -> K[3, 1] + S[1, 2,
 -1]

kpoff = 0.05
S[2, 0, 0] -> K[1, 2] + S[-1, 0,
 0]

kpoff = 0.05
S[2, 0, -1] -> K[1, 2] + S[-1, 0,
 -1]

kpoff = 0.05
S[2, 0, 1] -> K[1, 2] + S[-1, 0,
 1]

kpoff = 0.05
S[2, 0, 1] -> K[3, 1] + S[2, 0,
 -1]

kpoff = 0.05
S[2, -1, 0] -> K[1, 2] + S[-1, -1,
 0]

kpoff = 0.05
S[2, 1, 0] -> K[1, 2] + S[-1, 1,
 0]

kpoff = 0.05
S[2, 1, 0] -> K[2, 1] + S[2, -1,
 0]

kpoff = 0.05
S[2, -1, -1] -> K[1, 2] + S[-1, -1,
 -1]

kpoff = 0.05
S[2, -1, 1] -> K[1, 2] + S[-1, -1,
 1]

kpoff = 0.05
S[2, 1, -1] -> K[1, 2] + S[-1, 1,
 -1]

kpoff = 0.05
S[2, 1, 1] -> K[1, 2] + S[-1, 1,
 1]

kpoff = 0.05
S[2, 1, -1] -> K[2, 1] + S[2, -1,
 -1]

kpoff = 0.05
S[2, 1, 1] -> K[2, 1] + S[2, -1,
 1]

kpoff = 0.05
S[2, -1, 1] -> K[3, 1] + S[2, -1,
 -1]

kpoff = 0.05
S[2, 1, 1] -> K[3, 1] + S[2, 1,
 -1]

kpoff = 0.05
S[2, 2, 0] -> K[1, 2] + S[-1, 2,
 0]

kpoff = 0.05
S[2, 2, 0] -> K[2, 2] + S[2, -1,
 0]

kpoff = 0.05
S[2, 2, -1] -> K[1, 2] + S[-1, 2,
 -1]

kpoff = 0.05
S[2, 2, 1] -> K[1, 2] + S[-1, 2,
 1]

kpoff = 0.05
S[2, 2, -1] -> K[2, 2] + S[2, -1,
 -1]

kpoff = 0.05
S[2, 2, 1] -> K[2, 2] + S[2, -1,
 1]

kpoff = 0.05
S[2, 2, 1] -> K[3, 1] + S[2, 2,
 -1]

kpon = 0
K[1, 1] + S[-1, 0, 0] -> S[1, 0,
 0]

kpon = 0
K[1, 1] + S[-1, 0, -1] -> S[1, 0,
 -1]

kpon = 0
K[1, 1] + S[-1, 0, 1] -> S[1, 0,
 1]

kpon = 0
K[1, 1] + S[-1, -1, 0] -> S[1, -1,
 0]

kpon = 0
K[1, 1] + S[-1, 1, 0] -> S[1, 1,
 0]

kpon = 0
K[1, 1] + S[-1, -1, -1] -> S[1, -1,
 -1]

kpon = 0
K[1, 1] + S[-1, -1, 1] -> S[1, -1,
 1]

kpon = 0
K[1, 1] + S[-1, 1, -1] -> S[1, 1,
 -1]

kpon = 0
K[1, 1] + S[-1, 1, 1] -> S[1, 1,
 1]

kpon = 0
K[1, 1] + S[-1, 2, 0] -> S[1, 2,
 0]

kpon = 0
K[1, 1] + S[-1, 2, -1] -> S[1, 2,
 -1]

kpon = 0
K[1, 1] + S[-1, 2, 1] -> S[1, 2,
 1]

kpon = 0
K[1, 2] + S[-1, 0, 0] -> S[2, 0,
 0]

kpon = 0
K[1, 2] + S[-1, 0, -1] -> S[2, 0,
 -1]

kpon = 0
K[1, 2] + S[-1, 0, 1] -> S[2, 0,
 1]

kpon = 0
K[1, 2] + S[-1, -1, 0] -> S[2, -1,
 0]

kpon = 0
K[1, 2] + S[-1, 1, 0] -> S[2, 1,
 0]

kpon = 0
K[1, 2] + S[-1, -1, -1] -> S[2, -1,
 -1]

kpon = 0
K[1, 2] + S[-1, -1, 1] -> S[2, -1,
 1]

kpon = 0
K[1, 2] + S[-1, 1, -1] -> S[2, 1,
 -1]

kpon = 0
K[1, 2] + S[-1, 1, 1] -> S[2, 1,
 1]

kpon = 0
K[1, 2] + S[-1, 2, 0] -> S[2, 2,
 0]

kpon = 0
K[1, 2] + S[-1, 2, -1] -> S[2, 2,
 -1]

kpon = 0
K[1, 2] + S[-1, 2, 1] -> S[2, 2,
 1]

kpon = 0
K[2, 1] + S[0, -1, 0] -> S[0, 1,
 0]

kpon = 0
K[2, 1] + S[0, -1, -1] -> S[0, 1,
 -1]

kpon = 0
K[2, 1] + S[0, -1, 1] -> S[0, 1,
 1]

kpon = 0
K[2, 1] + S[-1, -1, 0] -> S[-1, 1,
 0]

kpon = 0
K[2, 1] + S[1, -1, 0] -> S[1, 1,
 0]

kpon = 0
K[2, 1] + S[-1, -1, -1] -> S[-1, 1,
 -1]

kpon = 0
K[2, 1] + S[-1, -1, 1] -> S[-1, 1,
 1]

kpon = 0
K[2, 1] + S[1, -1, -1] -> S[1, 1,
 -1]

kpon = 0
K[2, 1] + S[1, -1, 1] -> S[1, 1,
 1]

kpon = 0
K[2, 1] + S[2, -1, 0] -> S[2, 1,
 0]

kpon = 0
K[2, 1] + S[2, -1, -1] -> S[2, 1,
 -1]

kpon = 0
K[2, 1] + S[2, -1, 1] -> S[2, 1,
 1]

kpon = 0
K[2, 2] + S[0, -1, 0] -> S[0, 2,
 0]

kpon = 0
K[2, 2] + S[0, -1, -1] -> S[0, 2,
 -1]

kpon = 0
K[2, 2] + S[0, -1, 1] -> S[0, 2,
 1]

kpon = 0
K[2, 2] + S[-1, -1, 0] -> S[-1, 2,
 0]

kpon = 0
K[2, 2] + S[1, -1, 0] -> S[1, 2,
 0]

kpon = 0
K[2, 2] + S[-1, -1, -1] -> S[-1, 2,
 -1]

kpon = 0
K[2, 2] + S[-1, -1, 1] -> S[-1, 2,
 1]

kpon = 0
K[2, 2] + S[1, -1, -1] -> S[1, 2,
 -1]

kpon = 0
K[2, 2] + S[1, -1, 1] -> S[1, 2,
 1]

kpon = 0
K[2, 2] + S[2, -1, 0] -> S[2, 2,
 0]

kpon = 0
K[2, 2] + S[2, -1, -1] -> S[2, 2,
 -1]

kpon = 0
K[2, 2] + S[2, -1, 1] -> S[2, 2,
 1]

kpon = 0
K[3, 1] + S[0, 0, -1] -> S[0, 0,
 1]

kpon = 0
K[3, 1] + S[0, -1, -1] -> S[0, -1,
 1]

kpon = 0
K[3, 1] + S[0, 1, -1] -> S[0, 1,
 1]

kpon = 0
K[3, 1] + S[0, 2, -1] -> S[0, 2,
 1]

kpon = 0
K[3, 1] + S[-1, 0, -1] -> S[-1, 0,
 1]

kpon = 0
K[3, 1] + S[1, 0, -1] -> S[1, 0,
 1]

kpon = 0
K[3, 1] + S[-1, -1, -1] -> S[-1, -1,
 1]

kpon = 0
K[3, 1] + S[-1, 1, -1] -> S[-1, 1,
 1]

kpon = 0
K[3, 1] + S[1, -1, -1] -> S[1, -1,
 1]

kpon = 0
K[3, 1] + S[1, 1, -1] -> S[1, 1,
 1]

kpon = 0
K[3, 1] + S[-1, 2, -1] -> S[-1, 2,
 1]

kpon = 0
K[3, 1] + S[1, 2, -1] -> S[1, 2,
 1]

kpon = 0
K[3, 1] + S[2, 0, -1] -> S[2, 0,
 1]

kpon = 0
K[3, 1] + S[2, -1, -1] -> S[2, -1,
 1]

kpon = 0
K[3, 1] + S[2, 1, -1] -> S[2, 1,
 1]

kpon = 0
K[3, 1] + S[2, 2, -1] -> S[2, 2,
 1]

Variable
IC  
ODE

MAPKP
0.3
MAPKP'[t] == -(a8*MAPKP[t]*K[1, 1][t]) - a10*MAPKP[
t]*K[1, 2][t] + d8*K_MAPKP[1, 1][t] + k8*K_MAPKP[
1, 1][t] + d10*K_MAPKP[1, 2][t] + k10*K_MAPKP[1,
 2][t]

MEKP
0.2
MEKP'[t] == -(a4*MEKP[t]*K[2, 1][t]) - a6*MEKP[t]*
K[2, 2][t] + d4*K_MEKP[2, 1][t] + k4*K_MEKP[2,
 1][t] + d6*K_MEKP[2, 2][t] + k6*K_MEKP[2, 2]
[t]

RAFK
0.1
RAFK'[t] == -(a1*RAFK[t]*K[3, 0][t]) + d1*K_RAFK[3,
 0][t] + k1*K_RAFK[3, 0][t] - k1a*RAFK[t]*S[-1,
 -1, 0][t] - k1a*RAFK[t]*S[-1, 0, 0][t] -
 k1a*RAFK[t]*S[-1, 1, 0][t] - k1a*RAFK[t]*S[-1, 2,
 0][t] - k1a*RAFK[t]*S[0, -1, 0][t] - k1a*
RAFK[t]*S[0, 0, 0][t] - k1a*RAFK[t]*S[0, 1, 0][t]
 - k1a*RAFK[t]*S[0, 2, 0][t] - k1a*RAFK[t]*S[1,
 -1, 0][t] - k1a*RAFK[t]*S[1, 0, 0][t] -
 k1a*RAFK[t]*S[1, 1, 0][t] - k1a*RAFK[t]*S[1, 2,
 0][t] - k1a*RAFK[t]*S[2, -1, 0][t] - k1a*
RAFK[t]*S[2, 0, 0][t] - k1a*RAFK[t]*S[2, 1, 0][t]
 - k1a*RAFK[t]*S[2, 2, 0][t] + d1a*S_RAFK[-1,
 -1, 0][t] + k1*S_RAFK[-1, -1, 0][t] +
 d1a*S_RAFK[-1, 0, 0][t] + k1*S_RAFK[-1, 0,
 0][t] + d1a*S_RAFK[-1, 1, 0][t] + k1*S_RAFK[
-1, 1, 0][t] + d1a*S_RAFK[-1, 2, 0][t] +
 k1*S_RAFK[-1, 2, 0][t] + d1a*S_RAFK[0, -1,
 0][t] + k1*S_RAFK[0, -1, 0][t] + d1a*S_RAFK[
0, 0, 0][t] + k1*S_RAFK[0, 0, 0][t] +
 d1a*S_RAFK[0, 1, 0][t] + k1*S_RAFK[0, 1, 0][
t] + d1a*S_RAFK[0, 2, 0][t] + k1*S_RAFK[0, 2,
 0][t] + d1a*S_RAFK[1, -1, 0][t] + k1*S_RAFK[
1, -1, 0][t] + d1a*S_RAFK[1, 0, 0][t] +
 k1*S_RAFK[1, 0, 0][t] + d1a*S_RAFK[1, 1, 0][
t] + k1*S_RAFK[1, 1, 0][t] + d1a*S_RAFK[1, 2,
 0][t] + k1*S_RAFK[1, 2, 0][t] + d1a*S_RAFK[
2, -1, 0][t] + k1*S_RAFK[2, -1, 0][t] +
 d1a*S_RAFK[2, 0, 0][t] + k1*S_RAFK[2, 0, 0][
t] + d1a*S_RAFK[2, 1, 0][t] + k1*S_RAFK[2, 1,
 0][t] + d1a*S_RAFK[2, 2, 0][t] + k1*S_RAFK[
2, 2, 0][t]

RAFP
0.3
RAFP'[t] == -(a2*RAFP[t]*K[3, 1][t]) + d2*K_RAFP[3,
 1][t] + k2*K_RAFP[3, 1][t]

K[1, 0]
0.4
(K[1, 0])'[t] == -(a7*K[1, 0][t]*K[2, 2][t]) +
 d7*K_K[1, 0, 2, 2][t] + k8*K_MAPKP[1, 1][t]
 - kon*K[1, 0][t]*S[-1, -1, -1][t] - kon*K[1,
 0][t]*S[-1, -1, 0][t] - kon*K[1, 0][t]*S[-1,
 -1, 1][t] - kon*K[1, 0][t]*S[-1, 0, -1][t]
 - kon*K[1, 0][t]*S[-1, 0, 0][t] - kon*K[1,
 0][t]*S[-1, 0, 1][t] - kon*K[1, 0][t]*S[-1,
 1, -1][t] - kon*K[1, 0][t]*S[-1, 1, 0][t]
 - kon*K[1, 0][t]*S[-1, 1, 1][t] - kon*K[1,
 0][t]*S[-1, 2, -1][t] - kon*K[1, 0][t]*S[-1,
 2, 0][t] - kon*K[1, 0][t]*S[-1, 2, 1][t]
 + koff*S[0, -1, -1][t] + koff*S[0, -1,
 0][t] + koff*S[0, -1, 1][t] + koff*S[0,
 0, -1][t] + koff*S[0, 0, 0][t] + koff*
S[0, 0, 1][t] + koff*S[0, 1, -1][t] +
 koff*S[0, 1, 0][t] + koff*S[0, 1, 1][t]
 + koff*S[0, 2, -1][t] + koff*S[0, 2, 0]
[t] + koff*S[0, 2, 1][t]

K[1, 1]
0
(K[1, 1])'[t] == -(a8*MAPKP[t]*K[1, 1][t]) -
 a9*K[1, 1][t]*K[2, 2][t] + k7*K_K[1, 0, 2,
 2][t] + d9*K_K[1, 1, 2, 2][t] + d8*
K_MAPKP[1, 1][t] + k10*K_MAPKP[1, 2][t] - kpon*K[
1, 1][t]*S[-1, -1, -1][t] - kpon*K[1, 1][t]*S[-1,
 -1, 0][t] - kpon*K[1, 1][t]*S[-1, -1, 1][t]
 - kpon*K[1, 1][t]*S[-1, 0, -1][t] - kpon*K[
1, 1][t]*S[-1, 0, 0][t] - kpon*K[1, 1][t]*S[-1,
 0, 1][t] - kpon*K[1, 1][t]*S[-1, 1, -1][t]
 - kpon*K[1, 1][t]*S[-1, 1, 0][t] - kpon*K[1,
 1][t]*S[-1, 1, 1][t] - kpon*K[1, 1][t]*S[-1,
 2, -1][t] - kpon*K[1, 1][t]*S[-1, 2, 0][t]
 - kpon*K[1, 1][t]*S[-1, 2, 1][t] + kpoff*S[
1, -1, -1][t] + kpoff*S[1, -1, 0][t] +
 kpoff*S[1, -1, 1][t] + kpoff*S[1, 0, -1][t]
 + kpoff*S[1, 0, 0][t] + kpoff*S[1, 0,
 1][t] + kpoff*S[1, 1, -1][t] + kpoff*S[1,
 1, 0][t] + kpoff*S[1, 1, 1][t] + kpoff*
S[1, 2, -1][t] + kpoff*S[1, 2, 0][t] +
 kpoff*S[1, 2, 1][t]

K[1, 2]
0
(K[1, 2])'[t] == -(a10*MAPKP[t]*K[1, 2][t]) +
 k9*K_K[1, 1, 2, 2][t] + d10*K_MAPKP[1, 2][t]
 - kpon*K[1, 2][t]*S[-1, -1, -1][t] - kpon*K[
1, 2][t]*S[-1, -1, 0][t] - kpon*K[1, 2][t]*S[-1,
 -1, 1][t] - kpon*K[1, 2][t]*S[-1, 0, -1][t]
 - kpon*K[1, 2][t]*S[-1, 0, 0][t] - kpon*K[1,
 2][t]*S[-1, 0, 1][t] - kpon*K[1, 2][t]*S[-1,
 1, -1][t] - kpon*K[1, 2][t]*S[-1, 1, 0][t]
 - kpon*K[1, 2][t]*S[-1, 1, 1][t] - kpon*K[1,
 2][t]*S[-1, 2, -1][t] - kpon*K[1, 2][t]*S[-1,
 2, 0][t] - kpon*K[1, 2][t]*S[-1, 2, 1][t]
 + kpoff*S[2, -1, -1][t] + kpoff*S[2, -1,
 0][t] + kpoff*S[2, -1, 1][t] + kpoff*S[2,
 0, -1][t] + kpoff*S[2, 0, 0][t] +
 kpoff*S[2, 0, 1][t] + kpoff*S[2, 1, -1][t]
 + kpoff*S[2, 1, 0][t] + kpoff*S[2, 1,
 1][t] + kpoff*S[2, 2, -1][t] + kpoff*S[2,
 2, 0][t] + kpoff*S[2, 2, 1][t]

K[2, 0]
0.2
(K[2, 0])'[t] == -(a3*K[2, 0][t]*K[3, 1][t]) +
 d3*K_K[2, 0, 3, 1][t] + k4*K_MEKP[2, 1][t]
 - kon*K[2, 0][t]*S[-1, -1, -1][t] - kon*K[2,
 0][t]*S[-1, -1, 0][t] - kon*K[2, 0][t]*S[-1,
 -1, 1][t] + koff*S[-1, 0, -1][t] +
 koff*S[-1, 0, 0][t] + koff*S[-1, 0, 1][t]
 - kon*K[2, 0][t]*S[0, -1, -1][t] - kon*K[2,
 0][t]*S[0, -1, 0][t] - kon*K[2, 0][t]*S[0, -
1, 1][t] + koff*S[0, 0, -1][t] + koff*S[0,
 0, 0][t] + koff*S[0, 0, 1][t] - kon*K[
2, 0][t]*S[1, -1, -1][t] - kon*K[2, 0][t]*S[1,
 -1, 0][t] - kon*K[2, 0][t]*S[1, -1, 1][t]
 + koff*S[1, 0, -1][t] + koff*S[1, 0, 0]
[t] + koff*S[1, 0, 1][t] - kon*K[2, 0][t]*S[
2, -1, -1][t] - kon*K[2, 0][t]*S[2, -1, 0][t]
 - kon*K[2, 0][t]*S[2, -1, 1][t] + koff*S[2,
 0, -1][t] + koff*S[2, 0, 0][t] + koff*
S[2, 0, 1][t]

K[2, 1]
0
(K[2, 1])'[t] == -(a4*MEKP[t]*K[2, 1][t]) -
 a5*K[2, 1][t]*K[3, 1][t] + k3*K_K[2, 0, 3,
 1][t] + d5*K_K[2, 1, 3, 1][t] + d4*
K_MEKP[2, 1][t] + k6*K_MEKP[2, 2][t] - kpon*K[2,
 1][t]*S[-1, -1, -1][t] - kpon*K[2, 1][t]*S[-1,
 -1, 0][t] - kpon*K[2, 1][t]*S[-1, -1, 1][t]
 + kpoff*S[-1, 1, -1][t] + kpoff*S[-1, 1,
 0][t] + kpoff*S[-1, 1, 1][t] - kpon*K[2,
 1][t]*S[0, -1, -1][t] - kpon*K[2, 1][t]*S[0,
 -1, 0][t] - kpon*K[2, 1][t]*S[0, -1, 1][t]
 + kpoff*S[0, 1, -1][t] + kpoff*S[0, 1,
 0][t] + kpoff*S[0, 1, 1][t] - kpon*K[2,
 1][t]*S[1, -1, -1][t] - kpon*K[2, 1][t]*S[1,
 -1, 0][t] - kpon*K[2, 1][t]*S[1, -1, 1][t]
 + kpoff*S[1, 1, -1][t] + kpoff*S[1, 1,
 0][t] + kpoff*S[1, 1, 1][t] - kpon*K[2,
 1][t]*S[2, -1, -1][t] - kpon*K[2, 1][t]*S[2,
 -1, 0][t] - kpon*K[2, 1][t]*S[2, -1, 1][t]
 + kpoff*S[2, 1, -1][t] + kpoff*S[2, 1,
 0][t] + kpoff*S[2, 1, 1][t]

K[2, 2]
0
(K[2, 2])'[t] == -(a6*MEKP[t]*K[2, 2][t]) -
 a7*K[1, 0][t]*K[2, 2][t] - a9*K[1, 1][t]*K[2,
 2][t] + d7*K_K[1, 0, 2, 2][t] + k7*K_K[
1, 0, 2, 2][t] + d9*K_K[1, 1, 2, 2][t]
 + k9*K_K[1, 1, 2, 2][t] + k5*K_K[2, 1,
 3, 1][t] + d6*K_MEKP[2, 2][t] - kpon*K[2,
 2][t]*S[-1, -1, -1][t] - kpon*K[2, 2][t]*S[-1,
 -1, 0][t] - kpon*K[2, 2][t]*S[-1, -1, 1][t]
 + kpoff*S[-1, 2, -1][t] + kpoff*S[-1, 2,
 0][t] + kpoff*S[-1, 2, 1][t] - kpon*K[2,
 2][t]*S[0, -1, -1][t] - kpon*K[2, 2][t]*S[0,
 -1, 0][t] - kpon*K[2, 2][t]*S[0, -1, 1][t]
 + kpoff*S[0, 2, -1][t] + kpoff*S[0, 2,
 0][t] + kpoff*S[0, 2, 1][t] - kpon*K[2,
 2][t]*S[1, -1, -1][t] - kpon*K[2, 2][t]*S[1,
 -1, 0][t] - kpon*K[2, 2][t]*S[1, -1, 1][t]
 + kpoff*S[1, 2, -1][t] + kpoff*S[1, 2,
 0][t] + kpoff*S[1, 2, 1][t] - kpon*K[2,
 2][t]*S[2, -1, -1][t] - kpon*K[2, 2][t]*S[2,
 -1, 0][t] - kpon*K[2, 2][t]*S[2, -1, 1][t]
 + kpoff*S[2, 2, -1][t] + kpoff*S[2, 2,
 0][t] + kpoff*S[2, 2, 1][t]

K[3, 0]
0.3
(K[3, 0])'[t] == -(a1*RAFK[t]*K[3, 0][t]) +
 d1*K_RAFK[3, 0][t] + k2*K_RAFP[3, 1][t] -
 kon*K[3, 0][t]*S[-1, -1, -1][t] + koff*S[-1,
 -1, 0][t] - kon*K[3, 0][t]*S[-1, 0, -1][t]
 + koff*S[-1, 0, 0][t] - kon*K[3, 0][t]*S[-1,
 1, -1][t] + koff*S[-1, 1, 0][t] - kon*
K[3, 0][t]*S[-1, 2, -1][t] + koff*S[-1, 2, 0]
[t] - kon*K[3, 0][t]*S[0, -1, -1][t] + koff*
S[0, -1, 0][t] - kon*K[3, 0][t]*S[0, 0, -1][
t] + koff*S[0, 0, 0][t] - kon*K[3, 0][t]*S[0,
 1, -1][t] + koff*S[0, 1, 0][t] - kon*K[
3, 0][t]*S[0, 2, -1][t] + koff*S[0, 2, 0][t]
 - kon*K[3, 0][t]*S[1, -1, -1][t] + koff*S[1,
 -1, 0][t] - kon*K[3, 0][t]*S[1, 0, -1][t]
 + koff*S[1, 0, 0][t] - kon*K[3, 0][t]*S[1,
 1, -1][t] + koff*S[1, 1, 0][t] - kon*K[
3, 0][t]*S[1, 2, -1][t] + koff*S[1, 2, 0][t]
 - kon*K[3, 0][t]*S[2, -1, -1][t] + koff*S[2,
 -1, 0][t] - kon*K[3, 0][t]*S[2, 0, -1][t]
 + koff*S[2, 0, 0][t] - kon*K[3, 0][t]*S[2,
 1, -1][t] + koff*S[2, 1, 0][t] - kon*K[
3, 0][t]*S[2, 2, -1][t] + koff*S[2, 2, 0][t]

K[3, 1]
0
(K[3, 1])'[t] == -(a2*RAFP[t]*K[3, 1][t]) -
 a3*K[2, 0][t]*K[3, 1][t] - a5*K[2, 1][t]*K[3,
 1][t] + d3*K_K[2, 0, 3, 1][t] + k3*K_K[
2, 0, 3, 1][t] + d5*K_K[2, 1, 3, 1][t]
 + k5*K_K[2, 1, 3, 1][t] + k1*K_RAFK[3,
 0][t] + d2*K_RAFP[3, 1][t] - kpon*K[3, 1][t]
*S[-1, -1, -1][t] + kpoff*S[-1, -1, 1][t] -
 kpon*K[3, 1][t]*S[-1, 0, -1][t] + kpoff*S[-1,
 0, 1][t] - kpon*K[3, 1][t]*S[-1, 1, -1][t]
 + kpoff*S[-1, 1, 1][t] - kpon*K[3, 1][t]*S[-
1, 2, -1][t] + kpoff*S[-1, 2, 1][t] -
 kpon*K[3, 1][t]*S[0, -1, -1][t] + kpoff*S[0,
 -1, 1][t] - kpon*K[3, 1][t]*S[0, 0, -1][t]
 + kpoff*S[0, 0, 1][t] - kpon*K[3, 1][t]*S[0,
 1, -1][t] + kpoff*S[0, 1, 1][t] - kpon*
K[3, 1][t]*S[0, 2, -1][t] + kpoff*S[0, 2, 1][
t] - kpon*K[3, 1][t]*S[1, -1, -1][t] + kpoff*
S[1, -1, 1][t] - kpon*K[3, 1][t]*S[1, 0, -1][
t] + kpoff*S[1, 0, 1][t] - kpon*K[3, 1][t]*S[
1, 1, -1][t] + kpoff*S[1, 1, 1][t] -
 kpon*K[3, 1][t]*S[1, 2, -1][t] + kpoff*S[1,
 2, 1][t] - kpon*K[3, 1][t]*S[2, -1, -1][t]
 + kpoff*S[2, -1, 1][t] - kpon*K[3, 1][t]*S[
2, 0, -1][t] + kpoff*S[2, 0, 1][t] -
 kpon*K[3, 1][t]*S[2, 1, -1][t] + kpoff*S[2,
 1, 1][t] - kpon*K[3, 1][t]*S[2, 2, -1][t]
 + kpoff*S[2, 2, 1][t]

K_K[1, 0, 2, 2]
0
(K_K[1, 0, 2, 2])'[t] == a7*K[1, 0][t]*K[2,
 2][t] - d7*K_K[1, 0, 2, 2][t] - k7*K_K[
1, 0, 2, 2][t]

K_K[1, 1, 2, 2]
0
(K_K[1, 1, 2, 2])'[t] == a9*K[1, 1][t]*K[2,
 2][t] - d9*K_K[1, 1, 2, 2][t] - k9*K_K[
1, 1, 2, 2][t]

K_K[2, 0, 3, 1]
0
(K_K[2, 0, 3, 1])'[t] == a3*K[2, 0][t]*K[3,
 1][t] - d3*K_K[2, 0, 3, 1][t] - k3*K_K[
2, 0, 3, 1][t]

K_K[2, 1, 3, 1]
0
(K_K[2, 1, 3, 1])'[t] == a5*K[2, 1][t]*K[3,
 1][t] - d5*K_K[2, 1, 3, 1][t] - k5*K_K[
2, 1, 3, 1][t]

K_MAPKP[1, 1]
0
(K_MAPKP[1, 1])'[t] == a8*MAPKP[t]*K[1, 1][t] -
 d8*K_MAPKP[1, 1][t] - k8*K_MAPKP[1, 1][t]

K_MAPKP[1, 2]
0
(K_MAPKP[1, 2])'[t] == a10*MAPKP[t]*K[1, 2][t] -
 d10*K_MAPKP[1, 2][t] - k10*K_MAPKP[1, 2][t]

K_MEKP[2, 1]
0
(K_MEKP[2, 1])'[t] == a4*MEKP[t]*K[2, 1][t] -
 d4*K_MEKP[2, 1][t] - k4*K_MEKP[2, 1][t]

K_MEKP[2, 2]
0
(K_MEKP[2, 2])'[t] == a6*MEKP[t]*K[2, 2][t] -
 d6*K_MEKP[2, 2][t] - k6*K_MEKP[2, 2][t]

K_RAFK[3, 0]
0
(K_RAFK[3, 0])'[t] == a1*RAFK[t]*K[3, 0][t] -
 d1*K_RAFK[3, 0][t] - k1*K_RAFK[3, 0][t]

K_RAFP[3, 1]
0
(K_RAFP[3, 1])'[t] == a2*RAFP[t]*K[3, 1][t] -
 d2*K_RAFP[3, 1][t] - k2*K_RAFP[3, 1][t]

S[-1, -1, -1]
0.1
(S[-1, -1, -1])'[t] == -(kon*K[1, 0][t]*S[-1,
 -1, -1][t]) - kpon*K[1, 1][t]*S[-1, -1, -1][
t] - kpon*K[1, 2][t]*S[-1, -1, -1][t] - kon*
K[2, 0][t]*S[-1, -1, -1][t] - kpon*K[2, 1][t]*S[-
1, -1, -1][t] - kpon*K[2, 2][t]*S[-1, -1, -1]
[t] - kon*K[3, 0][t]*S[-1, -1, -1][t] - kpon*
K[3, 1][t]*S[-1, -1, -1][t] + koff*S[-1, -1,
 0][t] + kpoff*S[-1, -1, 1][t] + koff*S[-1,
 0, -1][t] + kpoff*S[-1, 1, -1][t] +
 kpoff*S[-1, 2, -1][t] + koff*S[0, -1, -1][t]
 + kpoff*S[1, -1, -1][t] + kpoff*S[2, -1,
 -1][t]

S[-1, -1, 0]
0
(S[-1, -1, 0])'[t] == kon*K[3, 0][t]*S[-1, -1,
 -1][t] - koff*S[-1, -1, 0][t] - k1a*RAFK[t]*
S[-1, -1, 0][t] - kon*K[1, 0][t]*S[-1, -1, 0]
[t] - kpon*K[1, 1][t]*S[-1, -1, 0][t] - kpon*
K[1, 2][t]*S[-1, -1, 0][t] - kon*K[2, 0][t]*S[-1,
 -1, 0][t] - kpon*K[2, 1][t]*S[-1, -1, 0][t]
 - kpon*K[2, 2][t]*S[-1, -1, 0][t] + koff*S[-
1, 0, 0][t] + kpoff*S[-1, 1, 0][t] +
 kpoff*S[-1, 2, 0][t] + koff*S[0, -1, 0][t]
 + kpoff*S[1, -1, 0][t] + kpoff*S[2, -1,
 0][t] + d1a*S_RAFK[-1, -1, 0][t]

S[-1, -1, 1]
0
(S[-1, -1, 1])'[t] == kpon*K[3, 1][t]*S[-1, -
1, -1][t] - kpoff*S[-1, -1, 1][t] - kon*K[1,
 0][t]*S[-1, -1, 1][t] - kpon*K[1, 1][t]*S[-1,
 -1, 1][t] - kpon*K[1, 2][t]*S[-1, -1, 1][t]
 - kon*K[2, 0][t]*S[-1, -1, 1][t] - kpon*K[2,
 1][t]*S[-1, -1, 1][t] - kpon*K[2, 2][t]*S[-1,
 -1, 1][t] + koff*S[-1, 0, 1][t] +
 kpoff*S[-1, 1, 1][t] + kpoff*S[-1, 2, 1][t]
 + koff*S[0, -1, 1][t] + kpoff*S[1, -1,
 1][t] + kpoff*S[2, -1, 1][t] + k1*S_RAFK[-1,
 -1, 0][t]

S[-1, 0, -1]
0
(S[-1, 0, -1])'[t] == kon*K[2, 0][t]*S[-1, -1,
 -1][t] - koff*S[-1, 0, -1][t] - kon*K[1,
 0][t]*S[-1, 0, -1][t] - kpon*K[1, 1][t]*S[-1,
 0, -1][t] - kpon*K[1, 2][t]*S[-1, 0, -1][t]
 - kon*K[3, 0][t]*S[-1, 0, -1][t] - kpon*K[3,
 1][t]*S[-1, 0, -1][t] + koff*S[-1, 0, 0][t]
 + kpoff*S[-1, 0, 1][t] + koff*S[0, 0, -
1][t] + kpoff*S[1, 0, -1][t] + kpoff*S[2, 0,
 -1][t]

S[-1, 0, 0]
0
(S[-1, 0, 0])'[t] == kon*K[2, 0][t]*S[-1, -1,
 0][t] + kon*K[3, 0][t]*S[-1, 0, -1][t] -
 2*koff*S[-1, 0, 0][t] - k1a*RAFK[t]*S[-1, 0,
 0][t] - kon*K[1, 0][t]*S[-1, 0, 0][t] -
 kpon*K[1, 1][t]*S[-1, 0, 0][t] - kpon*K[1,
 2][t]*S[-1, 0, 0][t] + koff*S[0, 0, 0][t]
 + kpoff*S[1, 0, 0][t] + kpoff*S[2, 0,
 0][t] + d1a*S_RAFK[-1, 0, 0][t]

S[-1, 0, 1]
0
(S[-1, 0, 1])'[t] == kon*K[2, 0][t]*S[-1, -1,
 1][t] + kpon*K[3, 1][t]*S[-1, 0, -1][t] -
 k3*S[-1, 0, 1][t] - koff*S[-1, 0, 1][t]
 - kpoff*S[-1, 0, 1][t] - kon*K[1, 0][t]*S[-
1, 0, 1][t] - kpon*K[1, 1][t]*S[-1, 0, 1][t]
 - kpon*K[1, 2][t]*S[-1, 0, 1][t] + koff*S[0,
 0, 1][t] + kpoff*S[1, 0, 1][t] + kpoff*
S[2, 0, 1][t] + k1*S_RAFK[-1, 0, 0][t]

S[-1, 1, -1]
0
(S[-1, 1, -1])'[t] == kpon*K[2, 1][t]*S[-1, -
1, -1][t] - kpoff*S[-1, 1, -1][t] - kon*K[1,
 0][t]*S[-1, 1, -1][t] - kpon*K[1, 1][t]*S[-1,
 1, -1][t] - kpon*K[1, 2][t]*S[-1, 1, -1][t]
 - kon*K[3, 0][t]*S[-1, 1, -1][t] - kpon*K[3,
 1][t]*S[-1, 1, -1][t] + koff*S[-1, 1, 0][t]
 + kpoff*S[-1, 1, 1][t] + koff*S[0, 1, -
1][t] + kpoff*S[1, 1, -1][t] + kpoff*S[2, 1,
 -1][t]

S[-1, 1, 0]
0
(S[-1, 1, 0])'[t] == kpon*K[2, 1][t]*S[-1, -1,
 0][t] + kon*K[3, 0][t]*S[-1, 1, -1][t] -
 koff*S[-1, 1, 0][t] - kpoff*S[-1, 1, 0][t]
 - k1a*RAFK[t]*S[-1, 1, 0][t] - kon*K[1, 0][
t]*S[-1, 1, 0][t] - kpon*K[1, 1][t]*S[-1, 1,
 0][t] - kpon*K[1, 2][t]*S[-1, 1, 0][t] +
 koff*S[0, 1, 0][t] + kpoff*S[1, 1, 0][t]
 + kpoff*S[2, 1, 0][t] + d1a*S_RAFK[-1, 1,
 0][t]

S[-1, 1, 1]
0
(S[-1, 1, 1])'[t] == kpon*K[2, 1][t]*S[-1, -1,
 1][t] + k3*S[-1, 0, 1][t] + kpon*K[3,
 1][t]*S[-1, 1, -1][t] - k5a*S[-1, 1, 1][t]
 - 2*kpoff*S[-1, 1, 1][t] - kon*K[1, 0][t]*S[
-1, 1, 1][t] - kpon*K[1, 1][t]*S[-1, 1, 1][t]
 - kpon*K[1, 2][t]*S[-1, 1, 1][t] + koff*S[0,
 1, 1][t] + kpoff*S[1, 1, 1][t] + kpoff*
S[2, 1, 1][t] + k1*S_RAFK[-1, 1, 0][t]

S[-1, 2, -1]
0
(S[-1, 2, -1])'[t] == kpon*K[2, 2][t]*S[-1, -
1, -1][t] - kpoff*S[-1, 2, -1][t] - kon*K[1,
 0][t]*S[-1, 2, -1][t] - kpon*K[1, 1][t]*S[-1,
 2, -1][t] - kpon*K[1, 2][t]*S[-1, 2, -1][t]
 - kon*K[3, 0][t]*S[-1, 2, -1][t] - kpon*K[3,
 1][t]*S[-1, 2, -1][t] + koff*S[-1, 2, 0][t]
 + kpoff*S[-1, 2, 1][t] + koff*S[0, 2, -
1][t] + kpoff*S[1, 2, -1][t] + kpoff*S[2, 2,
 -1][t]

S[-1, 2, 0]
0
(S[-1, 2, 0])'[t] == kpon*K[2, 2][t]*S[-1, -1,
 0][t] + kon*K[3, 0][t]*S[-1, 2, -1][t] -
 koff*S[-1, 2, 0][t] - kpoff*S[-1, 2, 0][t]
 - k1a*RAFK[t]*S[-1, 2, 0][t] - kon*K[1, 0][
t]*S[-1, 2, 0][t] - kpon*K[1, 1][t]*S[-1, 2,
 0][t] - kpon*K[1, 2][t]*S[-1, 2, 0][t] +
 koff*S[0, 2, 0][t] + kpoff*S[1, 2, 0][t]
 + kpoff*S[2, 2, 0][t] + d1a*S_RAFK[-1, 2,
 0][t]

S[-1, 2, 1]
0
(S[-1, 2, 1])'[t] == kpon*K[2, 2][t]*S[-1, -1,
 1][t] + k5a*S[-1, 1, 1][t] + kpon*K[3,
 1][t]*S[-1, 2, -1][t] - 2*kpoff*S[-1, 2, 1][
t] - kon*K[1, 0][t]*S[-1, 2, 1][t] - kpon*K[
1, 1][t]*S[-1, 2, 1][t] - kpon*K[1, 2][t]*S[-1,
 2, 1][t] + koff*S[0, 2, 1][t] + kpoff*
S[1, 2, 1][t] + kpoff*S[2, 2, 1][t] +
 k1*S_RAFK[-1, 2, 0][t]

S[0, -1, -1]
0
(S[0, -1, -1])'[t] == kon*K[1, 0][t]*S[-1, -1,
 -1][t] - koff*S[0, -1, -1][t] - kon*K[2,
 0][t]*S[0, -1, -1][t] - kpon*K[2, 1][t]*S[0,
 -1, -1][t] - kpon*K[2, 2][t]*S[0, -1, -1][t]
 - kon*K[3, 0][t]*S[0, -1, -1][t] - kpon*K[3,
 1][t]*S[0, -1, -1][t] + koff*S[0, -1, 0][t]
 + kpoff*S[0, -1, 1][t] + koff*S[0, 0, -
1][t] + kpoff*S[0, 1, -1][t] + kpoff*S[0, 2,
 -1][t]

S[0, -1, 0]
0
(S[0, -1, 0])'[t] == kon*K[1, 0][t]*S[-1, -1,
 0][t] + kon*K[3, 0][t]*S[0, -1, -1][t] -
 2*koff*S[0, -1, 0][t] - k1a*RAFK[t]*S[0, -1,
 0][t] - kon*K[2, 0][t]*S[0, -1, 0][t] -
 kpon*K[2, 1][t]*S[0, -1, 0][t] - kpon*K[2,
 2][t]*S[0, -1, 0][t] + koff*S[0, 0, 0][t]
 + kpoff*S[0, 1, 0][t] + kpoff*S[0, 2,
 0][t] + d1a*S_RAFK[0, -1, 0][t]

S[0, -1, 1]
0
(S[0, -1, 1])'[t] == kon*K[1, 0][t]*S[-1, -1,
 1][t] + kpon*K[3, 1][t]*S[0, -1, -1][t] -
 koff*S[0, -1, 1][t] - kpoff*S[0, -1, 1][t]
 - kon*K[2, 0][t]*S[0, -1, 1][t] - kpon*K[2,
 1][t]*S[0, -1, 1][t] - kpon*K[2, 2][t]*S[0,
 -1, 1][t] + koff*S[0, 0, 1][t] + kpoff*
S[0, 1, 1][t] + kpoff*S[0, 2, 1][t] +
 k1*S_RAFK[0, -1, 0][t]

S[0, 0, -1]
0
(S[0, 0, -1])'[t] == kon*K[1, 0][t]*S[-1, 0,
 -1][t] + kon*K[2, 0][t]*S[0, -1, -1][t] -
 2*koff*S[0, 0, -1][t] - kon*K[3, 0][t]*S[0,
 0, -1][t] - kpon*K[3, 1][t]*S[0, 0, -1][t]
 + koff*S[0, 0, 0][t] + kpoff*S[0, 0, 1]
[t]

S[0, 0, 0]
0
(S[0, 0, 0])'[t] == kon*K[1, 0][t]*S[-1, 0,
 0][t] + kon*K[2, 0][t]*S[0, -1, 0][t] +
 kon*K[3, 0][t]*S[0, 0, -1][t] - 3*koff*S[0,
 0, 0][t] - k1a*RAFK[t]*S[0, 0, 0][t] +
 d1a*S_RAFK[0, 0, 0][t]

S[0, 0, 1]
0
(S[0, 0, 1])'[t] == kon*K[1, 0][t]*S[-1, 0,
 1][t] + kon*K[2, 0][t]*S[0, -1, 1][t] +
 kpon*K[3, 1][t]*S[0, 0, -1][t] - k3*S[0, 0,
 1][t] - 2*koff*S[0, 0, 1][t] - kpoff*S[0,
 0, 1][t] + k1*S_RAFK[0, 0, 0][t]

S[0, 1, -1]
0
(S[0, 1, -1])'[t] == kon*K[1, 0][t]*S[-1, 1,
 -1][t] + kpon*K[2, 1][t]*S[0, -1, -1][t] -
 koff*S[0, 1, -1][t] - kpoff*S[0, 1, -1][t]
 - kon*K[3, 0][t]*S[0, 1, -1][t] - kpon*K[3,
 1][t]*S[0, 1, -1][t] + koff*S[0, 1, 0][t]
 + kpoff*S[0, 1, 1][t]

S[0, 1, 0]
0
(S[0, 1, 0])'[t] == kon*K[1, 0][t]*S[-1, 1,
 0][t] + kpon*K[2, 1][t]*S[0, -1, 0][t] +
 kon*K[3, 0][t]*S[0, 1, -1][t] - 2*koff*S[0,
 1, 0][t] - kpoff*S[0, 1, 0][t] - k1a*
RAFK[t]*S[0, 1, 0][t] + d1a*S_RAFK[0, 1, 0][t]

S[0, 1, 1]
0
(S[0, 1, 1])'[t] == kon*K[1, 0][t]*S[-1, 1,
 1][t] + kpon*K[2, 1][t]*S[0, -1, 1][t] +
 k3*S[0, 0, 1][t] + kpon*K[3, 1][t]*S[0, 1,
 -1][t] - k5a*S[0, 1, 1][t] - koff*S[0,
 1, 1][t] - 2*kpoff*S[0, 1, 1][t] + k1*
S_RAFK[0, 1, 0][t]

S[0, 2, -1]
0
(S[0, 2, -1])'[t] == kon*K[1, 0][t]*S[-1, 2,
 -1][t] + kpon*K[2, 2][t]*S[0, -1, -1][t] -
 k7*S[0, 2, -1][t] - koff*S[0, 2, -1][t]
 - kpoff*S[0, 2, -1][t] - kon*K[3, 0][t]*S[0,
 2, -1][t] - kpon*K[3, 1][t]*S[0, 2, -1][t]
 + koff*S[0, 2, 0][t] + kpoff*S[0, 2, 1]
[t]

S[0, 2, 0]
0
(S[0, 2, 0])'[t] == kon*K[1, 0][t]*S[-1, 2,
 0][t] + kpon*K[2, 2][t]*S[0, -1, 0][t] +
 kon*K[3, 0][t]*S[0, 2, -1][t] - k7*S[0, 2,
 0][t] - 2*koff*S[0, 2, 0][t] - kpoff*S[0,
 2, 0][t] - k1a*RAFK[t]*S[0, 2, 0][t] +
 d1a*S_RAFK[0, 2, 0][t]

S[0, 2, 1]
0
(S[0, 2, 1])'[t] == kon*K[1, 0][t]*S[-1, 2,
 1][t] + kpon*K[2, 2][t]*S[0, -1, 1][t] +
 k5a*S[0, 1, 1][t] + kpon*K[3, 1][t]*S[0, 2,
 -1][t] - k7*S[0, 2, 1][t] - koff*S[0,
 2, 1][t] - 2*kpoff*S[0, 2, 1][t] + k1*
S_RAFK[0, 2, 0][t]

S[1, -1, -1]
0
(S[1, -1, -1])'[t] == kpon*K[1, 1][t]*S[-1, -
1, -1][t] - kpoff*S[1, -1, -1][t] - kon*K[2,
 0][t]*S[1, -1, -1][t] - kpon*K[2, 1][t]*S[1,
 -1, -1][t] - kpon*K[2, 2][t]*S[1, -1, -1][t]
 - kon*K[3, 0][t]*S[1, -1, -1][t] - kpon*K[3,
 1][t]*S[1, -1, -1][t] + koff*S[1, -1, 0][t]
 + kpoff*S[1, -1, 1][t] + koff*S[1, 0, -
1][t] + kpoff*S[1, 1, -1][t] + kpoff*S[1, 2,
 -1][t]

S[1, -1, 0]
0
(S[1, -1, 0])'[t] == kpon*K[1, 1][t]*S[-1, -1,
 0][t] + kon*K[3, 0][t]*S[1, -1, -1][t] -
 koff*S[1, -1, 0][t] - kpoff*S[1, -1, 0][t]
 - k1a*RAFK[t]*S[1, -1, 0][t] - kon*K[2, 0][
t]*S[1, -1, 0][t] - kpon*K[2, 1][t]*S[1, -1,
 0][t] - kpon*K[2, 2][t]*S[1, -1, 0][t] +
 koff*S[1, 0, 0][t] + kpoff*S[1, 1, 0][t]
 + kpoff*S[1, 2, 0][t] + d1a*S_RAFK[1, -1,
 0][t]

S[1, -1, 1]
0
(S[1, -1, 1])'[t] == kpon*K[1, 1][t]*S[-1, -1,
 1][t] + kpon*K[3, 1][t]*S[1, -1, -1][t] -
 2*kpoff*S[1, -1, 1][t] - kon*K[2, 0][t]*S[1,
 -1, 1][t] - kpon*K[2, 1][t]*S[1, -1, 1][t]
 - kpon*K[2, 2][t]*S[1, -1, 1][t] + koff*S[1,
 0, 1][t] + kpoff*S[1, 1, 1][t] + kpoff*
S[1, 2, 1][t] + k1*S_RAFK[1, -1, 0][t]

S[1, 0, -1]
0
(S[1, 0, -1])'[t] == kpon*K[1, 1][t]*S[-1, 0,
 -1][t] + kon*K[2, 0][t]*S[1, -1, -1][t] -
 koff*S[1, 0, -1][t] - kpoff*S[1, 0, -1][t]
 - kon*K[3, 0][t]*S[1, 0, -1][t] - kpon*K[3,
 1][t]*S[1, 0, -1][t] + koff*S[1, 0, 0][t]
 + kpoff*S[1, 0, 1][t]

S[1, 0, 0]
0
(S[1, 0, 0])'[t] == kpon*K[1, 1][t]*S[-1, 0,
 0][t] + kon*K[2, 0][t]*S[1, -1, 0][t] +
 kon*K[3, 0][t]*S[1, 0, -1][t] - 2*koff*S[1,
 0, 0][t] - kpoff*S[1, 0, 0][t] - k1a*
RAFK[t]*S[1, 0, 0][t] + d1a*S_RAFK[1, 0, 0][t]

S[1, 0, 1]
0
(S[1, 0, 1])'[t] == kpon*K[1, 1][t]*S[-1, 0,
 1][t] + kon*K[2, 0][t]*S[1, -1, 1][t] +
 kpon*K[3, 1][t]*S[1, 0, -1][t] - k3*S[1, 0,
 1][t] - koff*S[1, 0, 1][t] - 2*kpoff*S[1,
 0, 1][t] + k1*S_RAFK[1, 0, 0][t]

S[1, 1, -1]
0
(S[1, 1, -1])'[t] == kpon*K[1, 1][t]*S[-1, 1,
 -1][t] + kpon*K[2, 1][t]*S[1, -1, -1][t] -
 2*kpoff*S[1, 1, -1][t] - kon*K[3, 0][t]*S[1,
 1, -1][t] - kpon*K[3, 1][t]*S[1, 1, -1][t]
 + koff*S[1, 1, 0][t] + kpoff*S[1, 1, 1]
[t]

S[1, 1, 0]
0
(S[1, 1, 0])'[t] == kpon*K[1, 1][t]*S[-1, 1,
 0][t] + kpon*K[2, 1][t]*S[1, -1, 0][t] +
 kon*K[3, 0][t]*S[1, 1, -1][t] - koff*S[1, 1,
 0][t] - 2*kpoff*S[1, 1, 0][t] - k1a*RAFK[t]*
S[1, 1, 0][t] + d1a*S_RAFK[1, 1, 0][t]

S[1, 1, 1]
0
(S[1, 1, 1])'[t] == kpon*K[1, 1][t]*S[-1, 1,
 1][t] + kpon*K[2, 1][t]*S[1, -1, 1][t] +
 k3*S[1, 0, 1][t] + kpon*K[3, 1][t]*S[1, 1,
 -1][t] - k5a*S[1, 1, 1][t] - 3*kpoff*S[1,
 1, 1][t] + k1*S_RAFK[1, 1, 0][t]

S[1, 2, -1]
0
(S[1, 2, -1])'[t] == kpon*K[1, 1][t]*S[-1, 2,
 -1][t] + k7*S[0, 2, -1][t] + kpon*K[2,
 2][t]*S[1, -1, -1][t] - k9a*S[1, 2, -1][t]
 - 2*kpoff*S[1, 2, -1][t] - kon*K[3, 0][t]*S[
1, 2, -1][t] - kpon*K[3, 1][t]*S[1, 2, -1][t]
 + koff*S[1, 2, 0][t] + kpoff*S[1, 2, 1]
[t]

S[1, 2, 0]
0
(S[1, 2, 0])'[t] == kpon*K[1, 1][t]*S[-1, 2,
 0][t] + k7*S[0, 2, 0][t] + kpon*K[2, 2]
[t]*S[1, -1, 0][t] + kon*K[3, 0][t]*S[1, 2, -
1][t] - k9a*S[1, 2, 0][t] - koff*S[1, 2,
 0][t] - 2*kpoff*S[1, 2, 0][t] - k1a*RAFK[t]*
S[1, 2, 0][t] + d1a*S_RAFK[1, 2, 0][t]

S[1, 2, 1]
0
(S[1, 2, 1])'[t] == kpon*K[1, 1][t]*S[-1, 2,
 1][t] + k7*S[0, 2, 1][t] + kpon*K[2, 2]
[t]*S[1, -1, 1][t] + k5a*S[1, 1, 1][t] +
 kpon*K[3, 1][t]*S[1, 2, -1][t] - k9a*S[1, 2,
 1][t] - 3*kpoff*S[1, 2, 1][t] + k1*S_RAFK[1,
 2, 0][t]

S[2, -1, -1]
0
(S[2, -1, -1])'[t] == kpon*K[1, 2][t]*S[-1, -
1, -1][t] - kpoff*S[2, -1, -1][t] - kon*K[2,
 0][t]*S[2, -1, -1][t] - kpon*K[2, 1][t]*S[2,
 -1, -1][t] - kpon*K[2, 2][t]*S[2, -1, -1][t]
 - kon*K[3, 0][t]*S[2, -1, -1][t] - kpon*K[3,
 1][t]*S[2, -1, -1][t] + koff*S[2, -1, 0][t]
 + kpoff*S[2, -1, 1][t] + koff*S[2, 0, -
1][t] + kpoff*S[2, 1, -1][t] + kpoff*S[2, 2,
 -1][t]

S[2, -1, 0]
0
(S[2, -1, 0])'[t] == kpon*K[1, 2][t]*S[-1, -1,
 0][t] + kon*K[3, 0][t]*S[2, -1, -1][t] -
 koff*S[2, -1, 0][t] - kpoff*S[2, -1, 0][t]
 - k1a*RAFK[t]*S[2, -1, 0][t] - kon*K[2, 0][
t]*S[2, -1, 0][t] - kpon*K[2, 1][t]*S[2, -1,
 0][t] - kpon*K[2, 2][t]*S[2, -1, 0][t] +
 koff*S[2, 0, 0][t] + kpoff*S[2, 1, 0][t]
 + kpoff*S[2, 2, 0][t] + d1a*S_RAFK[2, -1,
 0][t]

S[2, -1, 1]
0
(S[2, -1, 1])'[t] == kpon*K[1, 2][t]*S[-1, -1,
 1][t] + kpon*K[3, 1][t]*S[2, -1, -1][t] -
 2*kpoff*S[2, -1, 1][t] - kon*K[2, 0][t]*S[2,
 -1, 1][t] - kpon*K[2, 1][t]*S[2, -1, 1][t]
 - kpon*K[2, 2][t]*S[2, -1, 1][t] + koff*S[2,
 0, 1][t] + kpoff*S[2, 1, 1][t] + kpoff*
S[2, 2, 1][t] + k1*S_RAFK[2, -1, 0][t]

S[2, 0, -1]
0
(S[2, 0, -1])'[t] == kpon*K[1, 2][t]*S[-1, 0,
 -1][t] + kon*K[2, 0][t]*S[2, -1, -1][t] -
 koff*S[2, 0, -1][t] - kpoff*S[2, 0, -1][t]
 - kon*K[3, 0][t]*S[2, 0, -1][t] - kpon*K[3,
 1][t]*S[2, 0, -1][t] + koff*S[2, 0, 0][t]
 + kpoff*S[2, 0, 1][t]

S[2, 0, 0]
0
(S[2, 0, 0])'[t] == kpon*K[1, 2][t]*S[-1, 0,
 0][t] + kon*K[2, 0][t]*S[2, -1, 0][t] +
 kon*K[3, 0][t]*S[2, 0, -1][t] - 2*koff*S[2,
 0, 0][t] - kpoff*S[2, 0, 0][t] - k1a*
RAFK[t]*S[2, 0, 0][t] + d1a*S_RAFK[2, 0, 0][t]

S[2, 0, 1]
0
(S[2, 0, 1])'[t] == kpon*K[1, 2][t]*S[-1, 0,
 1][t] + kon*K[2, 0][t]*S[2, -1, 1][t] +
 kpon*K[3, 1][t]*S[2, 0, -1][t] - k3*S[2, 0,
 1][t] - koff*S[2, 0, 1][t] - 2*kpoff*S[2,
 0, 1][t] + k1*S_RAFK[2, 0, 0][t]

S[2, 1, -1]
0
(S[2, 1, -1])'[t] == kpon*K[1, 2][t]*S[-1, 1,
 -1][t] + kpon*K[2, 1][t]*S[2, -1, -1][t] -
 2*kpoff*S[2, 1, -1][t] - kon*K[3, 0][t]*S[2,
 1, -1][t] - kpon*K[3, 1][t]*S[2, 1, -1][t]
 + koff*S[2, 1, 0][t] + kpoff*S[2, 1, 1]
[t]

S[2, 1, 0]
0
(S[2, 1, 0])'[t] == kpon*K[1, 2][t]*S[-1, 1,
 0][t] + kpon*K[2, 1][t]*S[2, -1, 0][t] +
 kon*K[3, 0][t]*S[2, 1, -1][t] - koff*S[2, 1,
 0][t] - 2*kpoff*S[2, 1, 0][t] - k1a*RAFK[t]*
S[2, 1, 0][t] + d1a*S_RAFK[2, 1, 0][t]

S[2, 1, 1]
0
(S[2, 1, 1])'[t] == kpon*K[1, 2][t]*S[-1, 1,
 1][t] + kpon*K[2, 1][t]*S[2, -1, 1][t] +
 k3*S[2, 0, 1][t] + kpon*K[3, 1][t]*S[2, 1,
 -1][t] - k5a*S[2, 1, 1][t] - 3*kpoff*S[2,
 1, 1][t] + k1*S_RAFK[2, 1, 0][t]

S[2, 2, -1]
0
(S[2, 2, -1])'[t] == kpon*K[1, 2][t]*S[-1, 2,
 -1][t] + k9a*S[1, 2, -1][t] + kpon*K[2,
 2][t]*S[2, -1, -1][t] - 2*kpoff*S[2, 2, -1][
t] - kon*K[3, 0][t]*S[2, 2, -1][t] - kpon*K[
3, 1][t]*S[2, 2, -1][t] + koff*S[2, 2, 0][t]
 + kpoff*S[2, 2, 1][t]

S[2, 2, 0]
0
(S[2, 2, 0])'[t] == kpon*K[1, 2][t]*S[-1, 2,
 0][t] + k9a*S[1, 2, 0][t] + kpon*K[2,
 2][t]*S[2, -1, 0][t] + kon*K[3, 0][t]*S[2,
 2, -1][t] - koff*S[2, 2, 0][t] - 2*
kpoff*S[2, 2, 0][t] - k1a*RAFK[t]*S[2, 2, 0][t]
 + d1a*S_RAFK[2, 2, 0][t]

S[2, 2, 1]
0
(S[2, 2, 1])'[t] == kpon*K[1, 2][t]*S[-1, 2,
 1][t] + k9a*S[1, 2, 1][t] + kpon*K[2,
 2][t]*S[2, -1, 1][t] + k5a*S[2, 1, 1][t]
 + kpon*K[3, 1][t]*S[2, 2, -1][t] - 3*kpoff*
S[2, 2, 1][t] + k1*S_RAFK[2, 2, 0][t]

S_RAFK[-1, -1, 0]
0
(S_RAFK[-1, -1, 0])'[t] == k1a*RAFK[t]*S[-1, -1,
 0][t] - d1a*S_RAFK[-1, -1, 0][t] - k1*
S_RAFK[-1, -1, 0][t]

S_RAFK[-1, 0, 0]
0
(S_RAFK[-1, 0, 0])'[t] == k1a*RAFK[t]*S[-1, 0,
 0][t] - d1a*S_RAFK[-1, 0, 0][t] - k1*S_RAFK[
-1, 0, 0][t]

S_RAFK[-1, 1, 0]
0
(S_RAFK[-1, 1, 0])'[t] == k1a*RAFK[t]*S[-1, 1,
 0][t] - d1a*S_RAFK[-1, 1, 0][t] - k1*S_RAFK[
-1, 1, 0][t]

S_RAFK[-1, 2, 0]
0
(S_RAFK[-1, 2, 0])'[t] == k1a*RAFK[t]*S[-1, 2,
 0][t] - d1a*S_RAFK[-1, 2, 0][t] - k1*S_RAFK[
-1, 2, 0][t]

S_RAFK[0, -1, 0]
0
(S_RAFK[0, -1, 0])'[t] == k1a*RAFK[t]*S[0, -1,
 0][t] - d1a*S_RAFK[0, -1, 0][t] - k1*S_RAFK[
0, -1, 0][t]

S_RAFK[0, 0, 0]
0
(S_RAFK[0, 0, 0])'[t] == k1a*RAFK[t]*S[0, 0,
 0][t] - d1a*S_RAFK[0, 0, 0][t] - k1*S_RAFK[
0, 0, 0][t]

S_RAFK[0, 1, 0]
0
(S_RAFK[0, 1, 0])'[t] == k1a*RAFK[t]*S[0, 1,
 0][t] - d1a*S_RAFK[0, 1, 0][t] - k1*S_RAFK[
0, 1, 0][t]

S_RAFK[0, 2, 0]
0
(S_RAFK[0, 2, 0])'[t] == k1a*RAFK[t]*S[0, 2,
 0][t] - d1a*S_RAFK[0, 2, 0][t] - k1*S_RAFK[
0, 2, 0][t]

S_RAFK[1, -1, 0]
0
(S_RAFK[1, -1, 0])'[t] == k1a*RAFK[t]*S[1, -1,
 0][t] - d1a*S_RAFK[1, -1, 0][t] - k1*S_RAFK[
1, -1, 0][t]

S_RAFK[1, 0, 0]
0
(S_RAFK[1, 0, 0])'[t] == k1a*RAFK[t]*S[1, 0,
 0][t] - d1a*S_RAFK[1, 0, 0][t] - k1*S_RAFK[
1, 0, 0][t]

S_RAFK[1, 1, 0]
0
(S_RAFK[1, 1, 0])'[t] == k1a*RAFK[t]*S[1, 1,
 0][t] - d1a*S_RAFK[1, 1, 0][t] - k1*S_RAFK[
1, 1, 0][t]

S_RAFK[1, 2, 0]
0
(S_RAFK[1, 2, 0])'[t] == k1a*RAFK[t]*S[1, 2,
 0][t] - d1a*S_RAFK[1, 2, 0][t] - k1*S_RAFK[
1, 2, 0][t]

S_RAFK[2, -1, 0]
0
(S_RAFK[2, -1, 0])'[t] == k1a*RAFK[t]*S[2, -1,
 0][t] - d1a*S_RAFK[2, -1, 0][t] - k1*S_RAFK[
2, -1, 0][t]

S_RAFK[2, 0, 0]
0
(S_RAFK[2, 0, 0])'[t] == k1a*RAFK[t]*S[2, 0,
 0][t] - d1a*S_RAFK[2, 0, 0][t] - k1*S_RAFK[
2, 0, 0][t]

S_RAFK[2, 1, 0]
0
(S_RAFK[2, 1, 0])'[t] == k1a*RAFK[t]*S[2, 1,
 0][t] - d1a*S_RAFK[2, 1, 0][t] - k1*S_RAFK[
2, 1, 0][t]

S_RAFK[2, 2, 0]
0
(S_RAFK[2, 2, 0])'[t] == k1a*RAFK[t]*S[2, 2,
 0][t] - d1a*S_RAFK[2, 2, 0][t] - k1*S_RAFK[
2, 2, 0][t]

Generated by Cellerator Version 1.0 update 2.1203 using Mathematica 4.2 for
Mac OS X (June 4, 2002), December 4, 2002 15:06:10, using (PowerMac,PowerPC,Mac
OS X,MacOSX,Darwin)
author=B.E.Shapiro