genomenet/esm2-uniref50-faiss
收藏Hugging Face2026-04-24 更新2026-04-26 收录
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资源简介：
ESM2 UniRef50 FAISS索引是基于ESM2模型（esm2_t33_650M_UR50D）对GO注释的UniRef50蛋白质的平均池化嵌入构建的FAISS索引。该索引用于在genomenet/functional-distance空间中进行最近邻搜索。数据集包含三个文件：esm2_uniref50.index（FAISS索引文件，使用OPQ + IVF + PQ方法，支持余弦/内积在L2归一化向量上的计算）、ids.npy（与FAISS位置对齐的UniRef50聚类ID，数据类型为S24）和metadata.json（构建参数，包括维度、工厂方法、nprobe、向量数量等）。
FAISS index over ESM2 (`esm2_t33_650M_UR50D`) mean-pooled embeddings of GO-annotated UniRef50 proteins. Used by the genomenet/functional-distance Space for nearest-neighbor search. The dataset includes three files: esm2_uniref50.index (FAISS index file, using OPQ + IVF + PQ method, supporting cosine / inner product on L2-normalized vectors), ids.npy (UniRef50 cluster IDs aligned with FAISS positions, dtype=S24), and metadata.json (build parameters including dim, factory, nprobe, n_vectors, etc.).
提供机构：
genomenet
