EchoBase

EchoBase是一个关于大肠杆菌K-12菌株MG1655的基因和基因产物的实验与生物信息学数据库。该数据库收录了4506个基因的相关信息，包含304条精选参考文献，涵盖生物化学、基因组学、蛋白质组学等多个领域。EchoBase由约克大学维护，提供基因搜索、实验浏览和亚细胞定位预测等功能。EchoBASE是一款全新构建的数据库，旨在将后基因组实验的相关信息整合至单一资源库，进而为约1500种尚不明确其生理功能的基因产物提供功能预测。尽管EchoBASE依托其他数据库提供了基础的基因组注释（详见《注释》章节），但其核心创新之处在于对后基因组实验的人工审编，以及将这些实验与功能未知基因建立关联。针对大肠杆菌（E. coli）的已发表实验被划分为两个层级开展审编：针对单基因功能测定的相关论文仅作简要描述，而大型数据集则直接收录入库，支持检索与操作。此类数据涵盖蛋白质组学研究、蛋白质相互作用研究、微阵列（microarray）数据、功能基因组学研究方法（如针对多种缺失菌株筛选新型表型），以及源自计算机（in silico）生物信息学方法的各类预测结果。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

EchoBASE是一个专注于大肠杆菌K-12菌株MG1655的数据库，整合了后基因组实验（如蛋白质组学、微阵列）和生物信息学数据，旨在为未知功能基因提供功能预测。该数据库包含4506个基因和304个参考文献的整理信息，支持数据搜索和浏览。