Vegetation succession on disused railways: effects of time, habitat and landscape context – dataset

Data from master thesis
Vegetation succession on disused railways: effects of time, habitat and landscape context
Filip Kratoš
Masaryk University, Brno 2021
(Thesis supervisor: Milan Chytrý)

Phytosociological relevés of successional vegetation from closed railways in Czechia and its borderland in Austria and Germany

List of files:

Primary species data (Turboveg).zip
    database backup from Turboveg v. 2.136 (https://www.synbiosys.alterra.nl/turboveg/)
    do not unzip, load in Turboveg as .zip file

Species data (Juice).wct
    species table from JUICE software v. 7.1.25 (https://www.sci.muni.cz/botany/juice/)
    .exp and str. files are automatically loaded with .wct
    the following changes have been applied:
        the nomenclature has been unified according to the Checklist of vascular plants of the Czech Republic (Danihelka et al. 2012)
        species in multiple layers have been merged
        Poa pratensis + Poa angustifolia → Poa pratensis agg.
        Crataegus laevigata agg. + C. monogyna → Crataegus sp.
        Galium mollugo + G. album → Galium mollugo agg.
        Achillea millefolium → Achillea millefolium agg.
        Rubus caesius + R. fruticosus + R. corylifolii + R. sp. → Rubus sp.
        higher taxa removed if lower taxon present

Species data (percentage).csv
    comma separated table with percentage species cover data
    semicolon (;) used as a dividing character

Species data (Braun-Blanquet).csv
    comma separated table with species cover data in the extended Braun-Blanquet scale
    semicolon (;) used as a dividing character

Table.txt
    species table for R
    compatible with VEGAN package

TableHead.xlsx
    used site and environmental data
    see the list below

___________________________________________________________________________________________

Variables:

Relevé                relevé number
Year                year of sampling
Month                month of sampling
Day                day of sampling
Altitude (m)            altitude above sea level (from map, https://www.mapy.cz)
Cover tree layer (%)        tree layer cover
Cover shrub layer (%)        shrub layer cover
Cover herb layer (%)        herb layer cover
Cover moss layer (%)        moss layer cover
Height (high) tree layer (m)    upper height of the tree layer
Height low tree layer (m)    middle height of the tree layer
Height (high) shrub layer (m)    upper height of the shrub layer
Height low shrub  layer (m)    middle height of the shrub layer
Height (high) herb layer (cm)    upper height of the herb layer
Height (low) herb layer (cm)    middle height of the herb layer
Locality Number            locality number
Locality            locality – closest village/town
Railway Track            closed track
Longitude            east longitude coordinates (WGS84, DDMMSS.S)
Latitude            north latitude coordinates (WGS84, DDMMSS.S)
GPS Bias            GPS measurement uncertainty
Terrain_m            track height relative to the landscape from one side
Terrain_m2            track height relative to the landscape from the other side
Path                path through the relevé, values in between 0 and 1 (0 = no path, 1 = a distinct path)
Substrate (cm)            substrate depth
Locality number (deprecated)    locality number recorded in the field
Rel_in_loc            number of relevé in the locality
Year_cancl            year of track cancellation
Time                time elapsed from track cancellation to sampling
Terr_cat            terrain category (násep = embarkment top, rovina = plain surface, svah = slope, zářez = cutting)
Field                presence of an arable field near the relevé
Meadow                presence of a meadow near the relevé
Forest                presence of a forest near the relevé
Precipitation            annual precipitation from CHELSA bio12 model (Karger et al. 2018)
Temperature            mean annual temperature from CHELSA bio1 model (Karger et al. 2018)
Forest_distance            distance to the nearest forest
Number_of_Trees            number of species in the tree layer
Number_of_Shrubs        number of species in the shrub layer
Number_of_Herbs            number of species in the herb layer excluding juveniles
Number_of_Juveniles        number of tree and shrub juvenile species in the herb layer
Ellenberg_Light            mean Ellenberg-type value for light (Chytrý et al. 2018)
Ellenberg_Temperature        mean Ellenberg-type value for temperature (Chytrý et al. 2018)
Ellenberg_Moisture        mean Ellenberg-type value for moisture (Chytrý et al. 2018)
Ellenberg_Reaction        mean Ellenberg-type value for soil reaction (Chytrý et al. 2018)
Ellenberg_Nutrients        mean Ellenberg-type value for nutrients (Chytrý et al. 2018)
Number_of_species        total number of species
Chamaephytes            number of chamaephyte species (Raunkiær 1934, Kaplan et al. 2019)
Geophytes            number of geophyte species (Raunkiær 1934, Kaplan et al. 2019)
Hemikryptophytes        number of hemicryptophyte species (Raunkiær 1934, Kaplan et al. 2019)
Phanerophytes            number of phanerophyte species (sum of macrophanerophytes and nanophanerophytes)
Therophytes            number of therophyte species (Raunkiær 1934, Kaplan et al. 2019)
Macrophanerophytes        number of macrophanerophyte species (Raunkiær 1934, Kaplan et al. 2019)
Nanophanerophytes        number of nanophanerophyte species (Raunkiær 1934, Kaplan et al. 2019    )
FYT_ID                number of phytogeographical district (Skalický 1988)
FYT_OKR                phytogeographical district (Skalický 1988)
FYT_OBV                phytogeographical subregion (Skalický 1988)
FYT_OBL                phytogeographical region (Skalický 1988)
Vegetation            vegetation syntaxon code (association, alliances or classes; if not determined, NA is assigned; Chytrý 2007–2013)
Veg_Alliance            vegetation alliance code (Chytrý 2007–2013)
Veg_Class            vegetation class code (Chytrý 2007–2013)
Veg_Formation            code of vegetation formation (Chytrý 2007–2013)
Forest_0            number of non-forest species (Dřevojan et al. 2016)
Forest_1.1            number of forest species (Dřevojan et al. 2016)
Forest_1.2            number of species of forest edges and glades (Dřevojan et al. 2016)
Forest_2.1            number of species often present in forest (Dřevojan et al. 2016)
Forest_2.2            number of species rarely present in forest (Dřevojan et al. 2016)
Twinspan_Sorensen        number of group created with TWINSPAN

    Chytrý M. (ed.) (2007–2013): Vegetace České republiky 1–4 [Vegetation of the Czech Republic 1–4]. – Academia, Praha.
    Chytrý M., Tichý L., Dřevojan P., Sádlo J., & Zelený D. (2018): Ellenberg-type indicator values for the Czech flora. – Preslia 90: 83–103.
    Danihelka J., Chrtek J., & Kaplan Z. (2012): Checklist of vascular plants of the Czech Republic. – Preslia 84: 647–811.
    Dřevojan P., Chytrý M., Sádlo J., & Pyšek P. (2016): Vazba na lesní prostředí. – www.pladias.cz.
    Kaplan Z., Danihelka J., Chrtek J., Kirschner J., Kubát K., Štech M., Štěpánke J., Batoušek P., Bureš P., Businský R., Čáp J., Dančák M., Ducháček M., Duchoslav M., Dvořák V., Ekrt L., Filipov P., Grulic V., Hrčka D., Hroneš M., Hrouda L., Hroudová Z., Jehlík V., Kaplan Z., Nunvářová K., Király G., Kirschnerová L., Kobrlová L., Kočí K., Koutecký P., Krahulec F., Kúr P., Lepší M., Lepší P., Mandák B., Ponert J., Prančl J., Pyšek P., Řepka R., Sádlo J., Suda J., Šída O., Šmarda P., Špryňar P., Štěpánková J., Trávníček B., Trávníček P., Uher J., Vašut R. J., Větvička V., Zázvorka J., & Zelený V. (2019): Klíč ke květeně České Republiky (Z. Kaplan, Ed.). – Academia, Praha.
    Karger D. N., Conrad O., Böhner J., Kawohl T., Kreft H., Soria-Auza R. W., Zimmermann N. E., Linder H. P., & Kessler M. (2017): Climatologies at high resolution for the earth’s land surface areas. – Scientific Data 4: 170122.
    Karger D. N., Conrad O., Böhner J., Kawohl T., Kreft H., Soria-Auza R. W., Zimmermann N. E., Linder H. P., & Kessler M. (2018): Data from: Climatologies at high resolution for the earth’s land surface areas. Available at: https://doi.org/10.5061/dryad.kd1d4.
    Raunkiær C. (1934): The life forms of plants and statistical plant geography. – The Clarendon Press, Oxford.
    Skalický V. (1988): Regionálně fytogeografické členění [Regional phytogeographic division]. In Hejný S., Slavík B., Chrtek J., Tomšovič P., & Kovanda M. (eds.), Květena České socialistické republiky [Flora of the Czech Socialist Republic] 1, pp. 103–121. – Academia, Praha.

---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

Data k diplomové práci
Sukcese vegetace na zrušených železničních tratích: vliv času, stanoviště a krajinného kontextu
Filip Kratoš
Masarykova univerzita, Brno 2021
(vedoucí práce: Milan Chytrý)

Fytocenologicé snímky sukcesní vegetace ze zrušených železnic v České republice a v příhraničí v Rakousku a Německu

Seznam souborů:

Primary species data (Turboveg).zip
    zálohovaná databáze softwaru Turboveg 2.136 (https://www.synbiosys.alterra.nl/turboveg/)
    nerozbalovat, nahrává se dohromady jako .zip

Species data (Juice).wct
    druhová tabulka programu JUICE 7.1.25 (https://www.sci.muni.cz/botany/juice/)
    se souborem .wct se automaticky nahrávají i soubory .exp a .str
    s daty byly provedeny tyto úpravy:
        sjednocení nomenklatury podle Checklist of vascular plants of the Czech Republic (Danihelka 2012)
        slučeny druhy ve více patrech
        Poa pratensis + Poa angustifolia → Poa pratensis agg.
        Crataegus laevigata agg. + C. monogyna → Crataegus sp.
        Galium mollugo + G. album → Galium mollugo agg.
        Achillea millefolium → Achillea millefolium agg.
        Rubus caesius + R. fruticosus + R. corylifolii + R. sp. → Rubus sp.
        Odstraněny vyšší taxony, pokud je přítomen i nižší

Species data (percentage).csv
    tabulka druhů ve formátu odděleném středníky (;)
    obsahuje procentuální pokryvnosti

Species data (Braun-Blanquet).csv
    tabulka druhů ve formátu odděleném středníky (;)
    obsahuje pokryvnosti v rozšířené 9 členné Braun-Blanquetově stupnici

Table.txt
    druhová tabulka pro použití v R
    kompatibilní s balíčkem VEGAN

TableHead.xlsx
    použité údaje o lokalitě a prostředí
    seznam proměnných níže

___________________________________________________________________________________________

Proměnné:

Relevé                číslo snímku
Year                rok snímkování
Month                měsíc snímkování
Day                den snímkování
Altitude (m)            nadmořská výška (odečtená z mapy, https://www.mapy.cz)
Cover tree layer (%)        pokryvnosti stromového patra
Cover shrub layer (%)        pokryvnost keřového patra
Cover herb layer (%)        pokryvnost bylinného patra
Cover moss layer (%)        pokryvnost mechového patra
Height (high) tree layer (m)    horní výška stromového patra
Height low tree layer (m)    střední výška stromového patra
Height (high) shrub layer (m)    horní výška keřového patra
Height low shrub  layer (m)    střední výška keřového patra
Height (high) herb layer (cm)    horní výška bylinného patra
Height (low) herb layer (cm)    střední výška bylinného patra
Locality Number            číslo lokality
Locality            lokalita – název nejbližší obce
Railway Track            zrušená trať
Longitude            zeměpisná východní délka (WGS84, SSMMVV.V)
Latitude            zěměpísná severní šířka (WGS84, SSMMVV.V)
GPS Bias            přesnost GPS měření
Terrain_m            výška trati vůči okolí z jedné strany
Terrain_m2            výška trati vůči okolí z druhé strany
Path                cestička vedoucí přes snímek v rozmezí hodnot 0 a 1 (0 = bez cestičky, 1 = výrazná cestička)
Substrait (cm)            hloubka substrátu nad vrstvou kamenů
Locality number (deprecated)    číslo lokality podle data navštívení
Rel_in_loc            číslo snímku na lokalitě
Year_cancl            rok zrušení trati
Time                doba od zrušení trati po zapsání snímku
Terr_cat            kategorie terénu (násep, rovina, svah, zářez)
Field                Přítomnost pole v okolí snímku
Meadow                Přítomnost louky v okolí snímku
Forest                Přítomnost lesa v okolí snímku
Precipitation            roční úhrn srážek z modelu CHELSA bio12 (Karger et al. 2018)
Temperature            průměrná roční teplota z modelu CHELSA bio1 (Karger et al. 2018)
Forest_distance            vzdálenost nejbližšího lesa
Number_of_Trees            počet druhů stromového patra
Number_of_Shrubs        počet druhů keřového patra
Number_of_Herbs            počet druhů bylinného patra bez semenáčů
Number_of_Juveniles        počet druhů semenáčů v bylinném patře
Ellenberg_Light            průměrná ellenbergovská hodnota pro světlo (Chytrý et al. 2018)
Ellenberg_Temperature        průměrná ellenbergovská hodnota pro teplot (Chytrý et al. 2018)
Ellenberg_Moisture        průměrná ellenbergovská hodnota pro vlhkost (Chytrý et al. 2018)
Ellenberg_Reaction        průměrná ellenbergovská hodnota pro půdní reakci (Chytrý et al. 2018)
Ellenberg_Nutrients        průměrná ellenbergovská hodnota pro živiny (Chytrý et al. 2018)
Number_of_species        celkový počet druhů
Chamaephytes            počet druhů chamaefytů (Raunkiær 1934, Kaplan et al. 2019)
Geophytes            počet druhů geofytů (Raunkiær 1934, Kaplan et al. 2019)
Hemikryptophytes        počet druhů hemikryptofytů (Raunkiær 1934, Kaplan et al. 2019)
Phanerophytes            počet druhů fanerofytů (součet makrofanerofytů a nanofanerofytů)
Therophytes            počet druhů terofytů (Raunkiær 1934, Kaplan et al. 2019)
Macrophanerophytes        počet druhů makrofanerofytů (Raunkiær 1934, Kaplan et al. 2019)
Nanophanerophytes        počet druhů nanofanerofytů (Raunkiær 1934, Kaplan et al. 2019)
FYT_ID                číslo fytogeografického okresu (Skalický 1988)
FYT_OKR                fytogeografický okres (Skalický 1988)
FYT_OBV                fytogeografický obvod (Skalický 1988)
FYT_OBL                fytogeografická oblast (Skalický 1988)
Vegetation            kód vegetační jednotky (asociace, svazu nebo třídy, u neurčených snímků uvedeno NA; Chytrý 2007–2013)
Veg_Alliance            kód vegetačního svazu (Chytrý 2007–2013)
Veg_Class            kód vegetační třídy (Chytrý 2007–2013)
Veg_Formation            kód vegetační formace (Chytrý 2007–2013)
Forest_0            počet druhů výzaných na výskyt výhradně mimo les (Dřevojan et al. 2016)
Forest_1.1            počet druhů vázaných na lesní prostředí (Dřevojan et al. 2016)
Forest_1.2            počet druhů lesních lemů a pasek (Dřevojan et al. 2016)
Forest_2.1            počet druhů s výskytem převážně v lesích (Dřevojan et al. 2016)
Forest_2.2            počet druhů s výskytem převážně mimo les (Dřevojan et al. 2016)
Twinspan_Sorensen        číslo skupiny snímků vytvořené pomocí TWINSPANu

    Chytrý M. (ed.) (2007–2013): Vegetace České republiky 1–4 [Vegetation of the Czech Republic 1–4]. – Academia, Praha.
    Chytrý M., Tichý L., Dřevojan P., Sádlo J., & Zelený D. (2018): Ellenberg-type indicator values for the Czech flora. – Preslia 90: 83–103.
    Danihelka J., Chrtek J., & Kaplan Z. (2012): Checklist of vascular plants of the Czech Republic. – Preslia 84: 647–811.
    Dřevojan P., Chytrý M., Sádlo J., & Pyšek P. (2016): Vazba na lesní prostředí. – www.pladias.cz.
    Kaplan Z., Danihelka J., Chrtek J., Kirschner J., Kubát K., Štech M., Štěpánke J., Batoušek P., Bureš P., Businský R., Čáp J., Dančák M., Ducháček M., Duchoslav M., Dvořák V., Ekrt L., Filipov P., Grulic V., Hrčka D., Hroneš M., Hrouda L., Hroudová Z., Jehlík V., Kaplan Z., Nunvářová K., Király G., Kirschnerová L., Kobrlová L., Kočí K., Koutecký P., Krahulec F., Kúr P., Lepší M., Lepší P., Mandák B., Ponert J., Prančl J., Pyšek P., Řepka R., Sádlo J., Suda J., Šída O., Šmarda P., Špryňar P., Štěpánková J., Trávníček B., Trávníček P., Uher J., Vašut R. J., Větvička V., Zázvorka J., & Zelený V. (2019): Klíč ke květeně České Republiky (Z. Kaplan, Ed.). – Academia, Praha.
    Karger D. N., Conrad O., Böhner J., Kawohl T., Kreft H., Soria-Auza R. W., Zimmermann N. E., Linder H. P., & Kessler M. (2017): Climatologies at high resolution for the earth’s land surface areas. – Scientific Data 4: 170122.
    Karger D. N., Conrad O., Böhner J., Kawohl T., Kreft H., Soria-Auza R. W., Zimmermann N. E., Linder H. P., & Kessler M. (2018): Data from: Climatologies at high resolution for the earth’s land surface areas. Available at: https://doi.org/10.5061/dryad.kd1d4.
    Raunkiær C. (1934): The life forms of plants and statistical plant geography. – The Clarendon Press, Oxford.
    Skalický V. (1988): Regionálně fytogeografické členění [Regional phytogeographic division]. In Hejný S., Slavík B., Chrtek J., Tomšovič P., & Kovanda M. (eds.), Květena České socialistické republiky [Flora of the Czech Socialist Republic] 1, pp. 103–121. – Academia, Praha.