Evolving patterns of co-mutations from tumor initiation to metastatic progression. (Analysis Repository)

README Data Version: v3 Code Repository: https://github.com/CSOgroup/SelectSim_analysis/ SelectSim R package Repository: https://github.com/CSOgroup/SelectSim Description There are two folders `analysis_data` and `analysis_results` which correspond to data required for the analysis provide in the Code repository and results generated by them. The above two folders are subdivided into further subfolders. The tree structure of this repository is mentioned below: ``` .├── analysis_data│ ├── all_merged_data_genie_v15.rds│ ├── catalogue│ │ ├── dfci_oncokb_gene_run_list.rds│ │ ├── msk_oncokb_gene_run_list.rds│ │ └── Other_Inputs.md│ ├── ground_truth_benchmarking│ │ ├── run_data_gt_modelB_eps0.95_numED30_control.RData│ │ └── run_data_gt_modelB_eps0.95_numED30.RData│ ├── hotspot_analysis│ │ ├── msk_panel_all_primary_hotspot_run_data.rds│ │ └── msk_panel_p_468_primary_hotspot_run_data.rds│ ├── normal_mutation│ │ ├── ESOPHAGUS_maf.rds│ │ ├── lawson2020_maf.rds│ │ ├── li_cancer_vep_annotated_maf_file_supplemenatry.rds│ │ ├── li_et_al_cancer_run_data_v3.rds│ │ ├── li_et_al_normal_run_data_v3.rds│ │ ├── li_normal_vep_annotated_maf_file_supplemenatry.rds│ │ ├── run_data_ESOPHAGUS_forSelectSim_cancermut.RData│ │ ├── run_data_Lawson2020_cancer_samples_cancer_donors.RData│ │ ├── run_data_Lawson2020_normal_samples_all_donors.RData│ │ ├── run_data_Lawson2020_normal_samples_cancer_donors.RData│ │ ├── run_data_Lawson2020_normal_samples_normal_donors.RData│ │ ├── run_data_SKIN_forSelectSim_cancermut.RData│ │ ├── SKIN_maf.rds│ │ └── tcga_BLCA.rds│ ├── oncogenic_non_oncogenic│ │ └── pan_can_mixture_gams_tcga_172.rds│ ├── oncokb_random_analysis│ │ ├── frequency_matched_miss_random_oncokb_multiple_gene_172_lists.rds│ │ ├── pan_can_tcga_frequnecy_matched_miss_random_172_10_results.rds│ │ ├── pan_can_tcga_frequnecy_matched_miss_random_172_10_run_data_list.rds│ │ ├── pan_can_tcga_oncokb_frequency_matched_oncogenic_172_result_df.rds│ │ ├── pan_can_tcga_oncokb_frequency_matched_oncogenic_172_run_data.rds│ │ └── pan_can_tcga_other_genes_run_data.rds│ ├── primary_met│ │ ├── msk_m_sample_run_data_list.rds│ │ ├── msk_p_m_sample_run_data_list.rds│ │ └── msk_p_sample_run_data_list.rds│ ├── primary_met_elastic_net│ │ ├── drug_data.RData│ │ ├── full_gam.RData│ │ ├── msk_full_clinical_table.txt│ │ └── PM_comutations.RData│ └── roubustness_benchmarking│ ├── gene_used.rds│ ├── luad_maf_coselns_data.rds│ ├── luad_orginal_gam_wesme.tsv│ ├── luad_sampling_list.json│ ├── Other_Inputs.md│ ├── sampling_list_luad_2.rds│ └── sampling_list_luad.rds├── analysis_results│ ├── catalogue│ │ ├── all_merged_results_v15.rds│ │ ├── pan_can_consistent_motif_v15_fdr_25_update.rds│ │ └── tumor_can_consistent_motif_v15_fdr_25_update.rds│ ├── ground_truth_benchmarking│ │ ├── precision_recall.rds│ │ └── results_all_methods_ground_truth_modelB_eps0.95_numED30_SelSim_lam0.3_tau1.RData│ ├── hotspot_analysis│ │ ├── msk_panel_468_primary_hotspot_result_df.rds│ │ └── msk_panel_all_hotspot_result_df.rds│ ├── normal_mutation│ │ ├── li_results_bladder_merged.rds│ │ ├── results_ESOPHAGUS_cancermut.rds│ │ ├── results_Lawson2020_cancer_samples_cancer_donors.rds│ │ ├── results_Lawson2020_normal_samples_all_donors.rds│ │ ├── results_Lawson2020_normal_samples_cancer_donors.rds│ │ ├── results_Lawson2020_normal_samples_normal_donors.rds│ │ ├── results_SKIN_cancermut.rds│ │ └── tcga_results_bladder_merged.rds│ ├── oncogenic_non_oncogenic│ │ └── pan_can_tcga_list_172_results.rds│ ├── oncokb_random_analysis│ │ ├── pan_can_tcga_frequnecy_matched_miss_random_172_10_results.rds│ │ └── pan_can_tcga_oncokb_frequency_matched_oncogenic_172_result_df.rds│ ├── primary_met│ │ ├── msk_m_sampling_results_list.rds│ │ ├── msk_p_m_sampling_results_list.rds│ │ └── msk_p_sampling_results_list.rds│ ├── primary_met_elastic_net│ │ ├── EN_binomial_1_drug.RData│ │ ├── EN_binomial_2_drug.RData│ │ ├── EN_binomial_co_1_drug.RData│ │ ├── EN_binomial_co_2_drug.RData│ │ └── EN_gaussian_drug.RData│ └── roubustness_benchmarking│ ├── Cooccur│ │ ├── cooccur_luad_all_results.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_10.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_1.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_2.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_3.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_4.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_5.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_6.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_7.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_8.rds│ │ └── sampling_run_result_80_9.rds│ ├── Coselens│ │ ├── coselns_luad_all_results.rds│ │ ├── luad_sampling_run_10.rds│ │ ├── luad_sampling_run_1.rds│ │ ├── luad_sampling_run_2.rds│ │ ├── luad_sampling_run_3.rds│ │ ├── luad_sampling_run_4.rds│ │ ├── luad_sampling_run_5.rds│ │ ├── luad_sampling_run_6.rds│ │ ├── luad_sampling_run_7.rds│ │ ├── luad_sampling_run_8.rds│ │ └── luad_sampling_run_9.rds│ ├── Discover│ │ ├── luad_all.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_10.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_1.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_2.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_3.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_4.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_5.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_6.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_7.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_8.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_9.rds│ │ ├── sampling_run_tcga_result_80_1.rds│ │ ├── sampling_run_tcga_result_80_2.rds│ │ ├── sampling_run_tcga_result_80_3.rds│ │ ├── sampling_run_tcga_result_80_4.rds│ │ ├── sampling_run_tcga_result_80_5.rds│ │ └── tcga_all.rds│ ├── GAMToc│ │ ├── luad_all.txt│ │ ├── luad_V11_result.txt│ │ ├── luad_V12_result.txt│ │ ├── luad_V13_result.txt│ │ ├── luad_V14_result.txt│ │ ├── luad_V15_result.txt│ │ ├── luad_V1.txt│ │ ├── luad_V2.txt│ │ ├── luad_V3.txt│ │ ├── luad_V4.txt│ │ └── luad_V5.txt│ ├── Select│ │ ├── luad_all_results.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_10.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_1.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_2.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_3.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_4.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_5.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_6.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_7.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_8.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_9.rds│ │ ├── sampling_run_tcga_result_80_1.rds│ │ ├── sampling_run_tcga_result_80_2.rds│ │ ├── sampling_run_tcga_result_80_3.rds│ │ ├── sampling_run_tcga_result_80_4.rds│ │ ├── sampling_run_tcga_result_80_5.rds│ │ └── tcga_select_all_results.rds│ ├── SelectSim│ │ ├── sampling_run_selectsim_tcga_result_80_1.rds│ │ ├── sampling_run_selectsim_tcga_result_80_2.rds│ │ ├── sampling_run_selectsim_tcga_result_80_3.rds│ │ ├── sampling_run_selectsim_tcga_result_80_4.rds│ │ ├── sampling_run_selectsim_tcga_result_80_5.rds│ │ ├── sampling_run_selectX_v4_result_80_10.rds│ │ ├── sampling_run_selectX_v4_result_80_1.rds│ │ ├── sampling_run_selectX_v4_result_80_2.rds│ │ ├── sampling_run_selectX_v4_result_80_3.rds│ │ ├── sampling_run_selectX_v4_result_80_4.rds│ │ ├── sampling_run_selectX_v4_result_80_5.rds│ │ ├── sampling_run_selectX_v4_result_80_6.rds│ │ ├── sampling_run_selectX_v4_result_80_7.rds│ │ ├── sampling_run_selectX_v4_result_80_8.rds│ │ ├── sampling_run_selectX_v4_result_80_9.rds│ │ └── tcga_LUAD.rds│ ├── TCGA robustness analysis│ │ └── all_sampling_results.rds│ └── WeSME_CO│ ├── LUAD_11_smut_co_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_11_smut_me_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_12_smut_co_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_12_smut_me_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_13_smut_co_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_13_smut_me_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_14_smut_co_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_14_smut_me_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_15_smut_co_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_15_smut_me_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_1_smut_co_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_1_smut_me_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_2_smut_co_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_2_smut_me_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_3_smut_co_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_3_smut_me_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_4_smut_co_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_4_smut_me_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_5_smut_co_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_5_smut_me_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_smut_co_pvs_0.1.txt│ └── LUAD_smut_me_pvs_0.1.txt└── README.md 28 directories, 176 files ``` Contact Details For any queries: Contact Arvind Iyer ([e-mail], [e-mail]), Miljan Petrovic ([e-mail]) Lead Contact: Giovanni Ciriello ([e-mail]) Acknowledgments The authors would like to acknowledge the American Association for Cancer Research and its financial and material support in the development of the AACR Project GENIE registry, as well as members of the consortium for their commitment to data sharing. Interpretations are the responsibility of the study authors.