Dane transkryptomiczne mikrosporocytów Modrzewia europejskiego

Dane transkrypotmiczne pochodzące z analizy dwóch frakcji komórkowych różniących się pod względem etapu cyklu syntezy i eksportu poliadenylowanych transkryptów (frakcja przed oraz po nukleoplazmatycznym eksporcie mRNA).1. DanePrzygotowano dane pochodzące z sekwencjonowania nowej generacji dla 30 bibliotek cDNA. Sekwencjonowanie wykonano na sekwenatorze NovaSeq6000 (Illlumina) w trybie PE 150 zasad. Podstawowa analiza bioinformatyczna polegała na przycinaniu i filtrowaniu jakościowym odczytów dla 30 próbek małych cDNA z Modrzewia europejskiego (Larix decidua).  2. OprogramowaniePierwszym wykonanym etapem było przycięcie surowych odczytów, które zostało wykonane przy użyciu programu Cutadapt v3.0 [1]. Filtrowanie przeprowadzono przy zastosowaniu minimalnej długości odczytów m 15. Kolejno przeprowadzono kontrolę jakości odczytów przy użyciu programu FastQC (version 0.11.8) [2], na podstawie której sporządzono raport podsumowujący stan próbek po wstępnej obróbce. Dodatkowo wykorzystano program MultiQC do stworzenia zbiorczego raportu dla wszystkich sekwencjonowanych próbek.  3. Zestawienie liczby odczytów:Nr Nazwa.próbki Iliczba.par.odczytów1 A1-3 236441472 A1-2 205188283 A1-1 182325314 A2-3 194082845 A2-2 161249746 A2-1 124657687 A3-3 235576278 A3-2 172424999 A3-1 1747784010 A4-3 1933199111 A4-2 1925944812 A4-1 2083530513 A5-2 1531179214 A5-1 1788032815 A6-3 2023375116 A6-2 2000577117 A6-1 1979880418 A7-3 2139776119 A7-2 2252133620 A7-1 2308981121 A8-3 3113020422 A8-2 2544681923 A8-1 2056634524 A9-3 2959378225 A9-3 2959378226 A9-2 2784821527 A9-1 2509915928 A10-3 466717829 A10-2 1322039230 A10-1 164725484. Zawartość katalogu wynikowegoKatalog z całością wyników zawiera:katalog quality_report zawierającyraporty jakości dla analizowanych próbek (katalog fastqc),interaktywny raport przedstawiający wyniki kontrolo jakości wszystkich próbek (multiqc_report).zbiorcze zestawienie statystyk jakościowych dla odczytów filtrowanych (quality_report-html, quality_report-pdf) 5. LiteraturaMarcel M., Cutadapt removes adapter sequences from high-throughput sequencing reads,EMBnet.journal, [S.l.], v. 17, n. 1, p. pp. 10-12, may. 2011. ISSN 2226-6089.Andrews, S., FASTQC. A quality control tool for high throughput sequence data, (2010). Available online at: http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqcMultiQC: Summarize analysis results for multiple tools and samples in a single report Philip Ewels, Måns Magnusson, Sverker Lundin and Max Käller. Bioinformatics (2016)