RNAseq 数据

通过TRIzol试剂进行总RNA提取，并使用NanoDrop ND-1000分光度计评估其质量，确保RIN值大于7.0，并通过琼脂糖凝胶进行验证。使用 Dynabeads 从提取的总 RNA 中分离 Poly （A） RNA，然后使用 SuperScript™ II 进行片段化和 cDNA 合成。随后的 U 标记的第二链 DNA 创建涉及大肠杆菌 DNA 聚合酶 I 和 RNase H，以 A 碱基添加和接头连接加帽。在PCR扩增之前，用AMPureXP珠子进行大小选择。在Illumina Novaseq™ 6000平台上使用双端150 bp读数对文库进行测序。测序后，fastp 促进了初始数据清理，HISAT2 能够与 GRCh38 人类参考基因组进行比对。用StringTie和gffcompare进行转录组组装，在FPKM中定量mRNA表达水平。使用edgeR进行差异表达分析，应用>2或<0.5的倍数变化滤波器，显着性水平为p < 0.05。