HLCA dataset

HLCA dataset used for benchmarking feature selection for integration in H5AD format. Files contain the full raw dataset, the processed batches used to create the reference and the processed batches used as a query.Note: These files have been saved with compression to reduce file size. Re-saving without compression will reduce reading times if needed.If used, please cite:Sikkema L, Ramírez-Suástegui C, Strobl DC, Gillett TE, Zappia L, Madissoon E, et al. An integrated cell atlas of the lung in health and disease. Nat Med [Internet]. 2023;29:1563–77. Available from: http://dx.doi.org/10.1038/s41591-023-02327-2

HLCA数据集（Human Lung Cell Atlas，人类肺细胞图谱）采用H5AD格式，用于针对整合分析的特征选择任务开展基准测试。数据集文件包含完整的原始数据集、用于构建参考集的已处理批次，以及作为查询集的已处理批次。注意：本数据集文件已通过压缩以减小文件体积，若有需要，可将其重新保存为非压缩格式以缩短读取时长。若使用本数据集，请引用以下文献：Sikkema L、Ramírez-Suástegui C、Strobl DC、Gillett TE、Zappia L、Madissoon E 等. 健康与疾病状态下的肺部整合细胞图谱. Nat Med [Internet]. 2023;29:1563–1577. 可访问：http://dx.doi.org/10.1038/s41591-023-02327-2

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

HLCA数据集是一个用于基准测试特征选择以进行H5AD格式整合的数据集，包含原始数据、处理后用于创建参考的批次数据以及处理后用作查询的批次数据。数据集以压缩格式保存以减少文件大小，属于基因组学和转录组学以及生物信息学方法开发类别，使用CC BY 4.0许可。