Multiscale Modelling of Lytic Polysaccharide Monooxygenases in Oxidized and Reduced Redox States

This dataset covers the multiscale study of redox-state-dependent histidine-brace dynamics in two lytic polysaccharide monooxygenases, NcAA9C and BaAA10A, and is organized into four stages following the computational workflow: classical MD, QM/MM optimization and electrostatic-perturbation analysis, and EPR g-tensor calculations. It includes the force-field parameters, prepared systems, Amber MD input files, representative structures, ORCA/ChemShell inputs and optimized geometries, analysis scripts and the CSVs underlying the reported results. LPMO_redox_states_supporting_data.zip ├── 01_Systems_preparation│ ├── 01_Force_fields│ │ ├── histidine_brace_cu1│ │ └── histidine_brace_cu2│ └── 02_Prepared_systems│ ├── BaAA10A_Cu1│ ├── BaAA10A_Cu2│ ├── NcAA9C_Cu1│ └── NcAA9C_Cu2├── 02_MD_simulations│ ├── 01_Protocols│ │ ├── AmberMdPrep_LPMO_HIX_HIY_10ns.sh│ │ ├── calc_angles_distances.py│ │ ├── final.1.in│ │ ├── prod100ns.in│ │ ├── step1.in│ │ ├── step2.in│ │ ├── step3.in│ │ ├── step4.in│ │ ├── step5.in│ │ ├── step6.in│ │ ├── step7.in│ │ ├── step8.in│ │ └── step9.in│ ├── BaAA10A_Cu1│ │ ├── 01_analysis│ │ ├── 02_clustering│ │ ├── final.1.ncrst│ │ ├── prod1.out│ │ ├── prod2.out│ │ └── prod3.out│ ├── BaAA10A_Cu2│ │ ├── 01_analysis│ │ ├── 02_clustering│ │ ├── final.1.ncrst│ │ ├── prod1.out│ │ ├── prod2.out│ │ └── prod3.out│ ├── NcAA9C_Cu1│ │ ├── 01_analysis│ │ ├── 02_clustering│ │ ├── final.1.ncrst│ │ ├── prod1.out│ │ ├── prod2.out│ │ └── prod3.out│ └── NcAA9C_Cu2│ ├── 01_analysis│ ├── 02_clustering│ ├── final.1.ncrst│ ├── prod1.out│ ├── prod2.out│ └── prod3.out├── 03_QM-MM│ ├── BaAA10A_Cu1│ │ ├── 01_Input_files│ │ └── 02_Optimized_geometries│ ├── BaAA10A_Cu2│ │ ├── 01_Input_files│ │ └── 02_Optimized_geometries│ ├── before_and_after_qm_mm_distances_angles_energy_eq_ax.csv│ ├── energies_electrostatic_perturbation_combined.csv│ ├── NcAA9C_Cu1│ │ ├── 01_Input_files│ │ └── 02_Optimized_geometries│ └── NcAA9C_Cu2│ ├── 01_Input_files│ └── 02_Optimized_geometries├── 04_EPR│ ├── 01_EPR_input_geometries│ │ ├── BaAA10A_Cu2│ │ └── NcAA9C_Cu2│ ├── epr_values.csv│ ├── orca_epr.inp│ └── orca_opt_h.inp