sciPlex dataset

<i>Transcriptomes of 650000 A549, K562, and mCF7 cells exposed to 188 compounds.</i><br><br><i> sci-Plex was used to screen three well-characterized human cancer cell lines, A549</i><br><i> (lung adenocarcinoma), K562 (chronic myelogenous leukemia), and MCF7 (mammary</i><br><i> adenocarcinoma)exposed to 188 compounds, profiling ~650,000 single-cell</i><br><i> transcriptomes across ~5000 independent samples in one experiment.</i><br><br><i> References:</i><br><i> Publication: https://doi.org/10.1126/science.aax6234 \</i><br><i> Obtained from scperturb: http://projects.sanderlab.org/scperturb/</i>

本数据集涵盖65万个经188种化合物处理的A549、K562及mCF7细胞的转录组（transcriptome）。

本研究采用sci-Plex技术，对三种经过充分表征的人类癌细胞系——A549（肺腺癌）、K562（慢性髓系白血病）与MCF7（乳腺腺癌）——开展化合物筛选实验，上述细胞系均暴露于188种化合物，单次实验即可完成约5000个独立样本中近65万个单细胞转录组（single-cell transcriptome）的分析工作。

参考文献：
相关论文：https://doi.org/10.1126/science.aax6234
数据集来源：scperturb：http://projects.sanderlab.org/scperturb/

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

sciPlex数据集是一个大规模单细胞转录组数据集，包含约650,000个A549、K562和MCF7癌细胞系在暴露于188种化合物后的基因表达谱，用于高通量药物筛选研究。该数据集通过sci-Plex技术在一次实验中分析了约5,000个独立样本，支持癌症生物学和药物发现领域的分析。数据以.h5ad格式提供，大小为2.29 GB，发布于2023年，遵循CC BY 4.0许可证，并关联到相关科学论文和scperturb资源。