Virtual Research Environment

Virtual Research Environment (VRE) The Virtual Research Environment (VRE) is an open-source data management platform that enables medical researchers to store, process and share data in compliance with the European Union (EU) General Data Protection Regulation (GDPR). The VRE addresses the present lack of digital research data infrastructures fulfilling the need for (a) data protection for sensitive data, (b) capability to process complex data such as radiologic imaging, (c) flexibility for creating own processing workflows, (d) access to high performance computing. The platform promotes FAIR data principles and reduces barriers to biomedical research and innovation. The VRE offers a web portal with graphical and command-line interfaces, segregated data zones and organizational measures for lawful data onboarding, isolated computing environments where large teams can collaboratively process sensitive data privately, analytics workbench tools for processing, analyzing, and visualizing large datasets, automated ingestion of hospital data sources, project-specific data warehouses for structured storage and retrieval, graph databases to capture and query ontology-based metadata, provenance tracking, version control, and support for automated data extraction and indexing. The VRE is based on a modular and extendable state-of-the art cloud computing framework, a RESTful API, open developer meetings, hackathons, and comprehensive documentation for users, developers, and administrators. The VRE with its concerted technical and organizational measures can be adopted by other research communities and thus facilitates the development of a co-evolving interoperable platform ecosystem with an active research community.

虚拟研究环境（Virtual Research Environment，以下简称VRE）是一款开源数据管理平台，可帮助医学研究人员在符合欧盟（European Union，EU）《通用数据保护条例》（General Data Protection Regulation，GDPR）的要求下，开展数据存储、处理与共享工作。
当前的数字研究数据基础设施普遍存在四项核心短板，无法满足以下需求：一是为敏感数据提供数据保护；二是具备处理放射影像等复杂数据的能力；三是支持自定义处理工作流的灵活性；四是可访问高性能计算资源。VRE恰好解决了上述现存痛点。
该平台秉持FAIR数据原则（Findable, Accessible, Interoperable, Reusable），能够有效降低生物医学研究与创新的准入壁垒。
VRE提供搭载图形化与命令行双界面的Web门户，设有隔离数据分区与合规数据接入的组织管控机制，支持大型团队在隔离计算环境中私密协作处理敏感数据；配备用于处理、分析与可视化大型数据集的分析工作台工具，可自动接入医院数据源，拥有面向结构化存储与检索的项目专属数据仓库，以及可捕获并查询基于本体的元数据的图数据库；同时具备溯源追踪、版本控制功能，并支持自动化数据提取与索引。
VRE基于模块化且可扩展的前沿云计算框架、表述性状态转移应用程序编程接口（RESTful API），并配套开放开发者会议、黑客松活动，以及面向用户、开发者与管理员的完整文档体系。
VRE凭借其协同联动的技术与组织管控措施，可被其他研究社区复用推广，从而助力构建由活跃研究社区参与的协同演化互操作平台生态系统。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

该数据集涉及虚拟研究环境（VRE），这是一个开源数据管理平台，旨在为医学研究提供数据存储、处理和共享功能，同时确保符合欧盟通用数据保护条例（GDPR）。平台遵循FAIR数据原则，致力于降低生物医学研究的障碍，并支持灵活的工作流程和高性能计算。