R scripts for Yangtze Estuary fish community analysis
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# 长江口鱼类生态网络分析代码 (2018–2023) # Ecological Network Analysis of Fish Communities in the Yangtze Estuary (2018–2023) ## 简介 | Introduction本项目包含用于构建和分析 **2018–2023 年长江口鱼类生态网络** 的 R 脚本。 代码基于鱼类群落调查数据,自动生成网络结构图、度分布图、网络拓扑指标以及关键节点表,帮助评估禁渔政策对群落结构和稳定性的影响。 This repository contains R scripts for constructing and analyzing **fish ecological networks in the Yangtze Estuary from 2018–2023**. The code produces network diagrams, degree distribution plots, network metrics, and key node tables, providing insights into the effects of the fishing ban on community structure and stability. --- ## 文件说明 | Files- **ecological_network.R** : 主 R 脚本(构建网络、计算指标、绘图)。 *Main R script for network construction, metrics calculation, and visualization.* - **fish_community.csv** : 示例数据(物种、丰度、营养级、食性类型)。 *Example dataset (species, abundance, trophic level, diet type).* - **requirements.txt** : 所需 R 包列表。 *List of required R packages.* - **LICENSE** : 许可证文件。 *License file.* --- ## 环境依赖 | Dependencies- R >= 4.2.0 - 所需 R 包 | Required packages: `igraph`, `readr`, `dplyr`, `ggplot2`, `ggraph`, `tidyr`, `openxlsx`, `scales`, `poweRlaw`, `showtext` --- ## 使用方法 | Usage1. 将 `fish_community.csv` 放在代码目录下。 Place `fish_community.csv` in the same directory. 2. 运行 `ecological_network.R` 脚本。 Run the `ecological_network.R` script. 3. 输出结果将自动保存到桌面,包括: - 网络结构图 (PDF) - 度分布图 (PDF) - 网络指标汇总表 (Excel) - 物种编号对照表 (Excel) - 关键节点表 (Excel) Outputs will be saved to your Desktop, including: - Network diagrams (PDF) - Degree distribution plots (PDF) - Summary of network metrics (Excel) - Species label lookup table (Excel) - Key node summary table (Excel) --- ## 作者信息 | Author- **姓名 / Name**: Zhang Cheng gong- **单位 / Affiliation**: Shanghai Ocean University - **ORCID**: [填写你的 ORCID] --- ## 许可证 | License本代码遵循 **GPL-3.0** 协议,可自由使用、修改和分发,但请保留作者署名。 This code is licensed under the **GPL-3.0** license. You are free to use, modify, and distribute it with proper attribution. --- ## 引用 | Citation如果您在研究中使用了本代码,请引用以下条目: If you use this code in your research, please cite:
