Solvation Free Energies of Drug-like Molecules via Fast-growth in Explicit Solvent: Assessment of the AM1-BCC, RESP/HF/6-31G*, RESP/QM/

Name: Solvation Free Energies of Drug-like Molecules via Fast-growth in Explicit Solvent: Assessment of the AM1-BCC, RESP/HF/6-31G*, RESP/QM/
Creator: Zenodo
Published: 2025-04-30T17:34:55+08:00

Zenodo2025-05-07 更新2026-05-29 收录

溶剂化自由能

药物分子模拟

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https://zenodo.org/doi/10.5281/zenodo.15312083 数据链接链接失效反馈

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Data for the paper "Solvation Free Energies of Drug-like Molecules via Fast-growth in Explicit Solvent: Assessment of the AM1-BCC, RESP/HF/6-31G*, RESP/QM/MM, and ABCG2 Fixed-charge Approaches" DIRECTORIES * bin/ : contains scripts to compute the solvation free energies from raw work data (see README inside). * gromacs_mdp/: contains gromacs mdp files (see README inside) * ABCG2/: contains work data for ABCG2 model * AM1BCC/: contains work data for AM1BCC model * HF-631G/: contains work data for HF-631G model * QM-MM/: contains work data for QM-MM model * EXP/: contains experimental data. work data for the 11 compounds for the, e.g. ABCG2 protocol, are inthe directories ABCG2/*/wat and ABCG2/*/oct DIRECTORY TREE ├── ABCG2│ ├── 2PR│ │ ├── oct│ │ └── wat│ ├── 3MP│ │ ├── oct│ │ └── wat│ ├── ASP│ │ ├── oct│ │ └── wat│ ├── CIC│ │ ├── oct│ │ └── wat│ ├── DIA│ │ ├── oct│ │ └── wat│ ├── IMI│ │ ├── oct│ │ └── wat│ ├── KET│ │ ├── oct│ │ └── wat│ ├── NIT│ │ ├── oct│ │ └── wat│ ├── PRO│ │ ├── oct│ │ └── wat│ ├── Results│ ├── TER│ │ ├── oct│ │ └── wat│ └── TIO│ ├── oct│ └── wat├── AM1BCC│ ├── 2PR│ │ ├── oct│ │ └── wat│ ├── 3MP│ │ ├── oct│ │ └── wat│ ├── ASP│ │ ├── oct│ │ └── wat│ ├── CIC│ │ ├── oct│ │ └── wat│ ├── DIA│ │ ├── oct│ │ └── wat│ ├── IMI│ │ ├── oct│ │ └── wat│ ├── KET│ │ ├── oct│ │ └── wat│ ├── NIT│ │ ├── oct│ │ └── wat│ ├── PRO│ │ ├── oct│ │ └── wat│ ├── Results│ ├── TER│ │ ├── oct│ │ └── wat│ └── TIO│ ├── oct│ └── wat├── HF-631G│ ├── 2PR│ │ ├── oct│ │ └── wat│ ├── 3MP│ │ ├── oct│ │ └── wat│ ├── ASP│ │ ├── oct│ │ └── wat│ ├── CIC│ │ ├── oct│ │ └── wat│ ├── DIA│ │ ├── oct│ │ └── wat│ ├── IMI│ │ ├── oct│ │ └── wat│ ├── KET│ │ ├── oct│ │ └── wat│ ├── NIT│ │ ├── oct│ │ └── wat│ ├── PRO│ │ ├── oct│ │ └── wat│ ├── Results│ ├── TER│ │ ├── oct│ │ └── wat│ └── TIO│ ├── oct│ └── wat└── QM-MM ├── 2PR │ ├── oct │ └── wat ├── 3MP │ ├── oct │ └── wat ├── ASP │ ├── oct │ └── wat ├── CIC │ ├── oct │ └── wat ├── DIA │ ├── oct │ └── wat ├── IMI │ ├── oct │ └── wat ├── KET │ ├── oct │ └── wat ├── NIT │ ├── oct │ └── wat ├── PRO │ ├── oct │ └── wat ├── Results ├── TER │ ├── oct │ └── wat └── TIO ├── oct └── wat├── bin├── EXP├── gromacs_mdp

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