Whole Exome Sequencing Data: Tumor Sample SRR13018652 (Breast Cancer Analysis)

EnThis dataset contains complete processed files from whole exome sequencing analysis of a tumor sample (SRR13018652). The analysis was performed as part of a breast cancer case study pipeline.Contents:- Raw and trimmed FASTQ files- Aligned and processed BAM files (sorted, deduplicated, recalibrated)- Variant call files (VCF): unfiltered, filtered, annotated, and gene-specific- Quality control reports (FastQC, fastp)- Intermediate analysis tables (BQSR, contamination, orientation model)- Final clinical report and summary tablesSource Data: The raw sequencing data was downloaded from NCBI GEO dataset GSE161181 (accession SRR13018652).Associated Code: Complete analysis pipeline code is available on GitHub: https://github.com/KypAnastasy/Wes_Tumor_Only_PipelineAnalysis Highlights:- TP53 mutation (8.9% VAF)- BRCA1 mutation (15.1% VAF)- PIK3CA mutation (36.9% VAF)- Male patient identification from sequencing dataThis dataset enables full reproducibility of the bioinformatics pipeline described in the associated GitHub repository.Ru Этот набор данных содержит полностью обработанные файлы, полученные в результате анализа полного экзомного секвенирования образца опухоли (SRR13018652). Анализ проводился в рамках исследования рака молочной железы. Содержание:- Необработанные и обрезанные файлы FASTQ- Выровненные и обработанные файлы BAM (отсортированные, дедуплицированные, перекалиброванные)- Файлы распознавания вариантов (VCF): нефильтрованные, фильтрованные, аннотированные и ген-специфичные- Отчёты о контроле качества (FastQC, fastp)- Таблицы промежуточного анализа (BQSR, контаминация, ориентационная модель)- Заключительный клинический отчёт и сводные таблицы Исходные данные: Необработанные данные секвенирования были загружены из набора данных NCBI GEO GSE161181 (регистрационный номер SRR13018652). Связанный код: Полный код аналитического конвейера доступен на GitHub: https://github.com/KypAnastasy/Wes_Tumor_Only_Pipeline Основные моменты анализа:- Мутация TP53 (8,9% VAF)- Мутация BRCA1 (15,1% VAF)- Мутация PIK3CA (36,9% VAF)- Идентификация пациента мужского пола по данным секвенирования Этот набор данных обеспечивает полную воспроизводимость биоинформатического конвейера, описанного в связанном репозитории GitHub.