DupScan

Here, we constructed the DupScan database (https://dupscan.sysumeg.com/) by integrating 106 chromosomal-level genomes, which can analyze and visualize synteny at both the gene and genome scales, visualize the Ka, Ks, and 4DTV values, and browse genomes. DupScan was used to perform functional adaptation for the intricate WGD investigation based on synteny matching. DupScan supports the analysis of five WGD rounds (R): VGD2 (vertebrate genome duplication 2), Ars3R (Acipenser-ruthenus-specific 3R), Pss3R (Polyodon-spathula-specific 3R), Ts3R (teleost-specific duplication 3R), Ss4R (salmonid-specific 4R), and Cs4R (carp-specific 4R).本研究构建了DupScan数据库（访问地址：https://dupscan.sysumeg.com/），整合了106个染色体级别的基因组序列。该数据库可在基因与基因组两个尺度上分析并可视化共线性（synteny），支持Ka、Ks及4DTV值的可视化，同时提供基因组浏览功能。基于共线性匹配，DupScan可用于开展复杂全基因组复制（Whole Genome Duplication, WGD）相关的功能适应性研究。该数据库支持对5轮全基因组复制事件进行分析，具体包括：VGD2（vertebrate genome duplication 2，脊椎动物基因组复制2）、Ars3R（Acipenser-ruthenus-specific 3R，俄罗斯鲟特异性3R复制）、Pss3R（Polyodon-spathula-specific 3R，匙吻鲟特异性3R复制）、Ts3R（teleost-specific duplication 3R，硬骨鱼特异性3R复制）、Ss4R（salmonid-specific 4R，鲑形目特异性4R复制）以及Cs4R（carp-specific 4R，鲤科鱼类特异性4R复制）。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

DupScan是一个脊椎动物同线性与基因组重复可视化数据库，整合了106个物种的基因组数据，支持分析多种全基因组重复事件（如VGD2、Ts3R等），并提供同线性可视化、Ka/Ks/4DTV值计算等功能。该数据库包含大量数据统计，如物种分类信息、同线性块和同源对数量，用于深入研究基因组进化模式。