Virus-host interactions along a grassland soil depth profile

This repository contains data used in Muscatt et al. 2022 (preprint).

c1.ntw.gz = vConTACT2 network output file

DNAP_plus_ref.faa.gz = fasta amino acid file containing DNA polymerase protein sequences used for phylogenetic tree

DNAP_tree.gz = tree file for jumbo phage phylogenetic tree based on DNA polymerase gene

edges.csv.gz = edges for drawing vConTACT2 network

gene_to_genome.csv.gz = viral gene to genome index used as input to vConTACT2

genome_by_genome.csv.gz = viral cluster statuses outputted by vConTACT2

MAG_bins.fna.gz = fasta nucleotide file containing 285 microbial MAG bins previously assembled by Sharrar et al. 2020

nodes.csv.gz = nodes for drawing vConTACT2 network

rpS3.fna.gz = fasta nucleotide file containing 1516 rpS3 sequences

vOTU_prediction.csv.gz = stats on viral scaffold prediction

vOTU_proteins.faa.gz = fasta amino acid file containing XXX dsDNA vOTU genes

vOTUs.fna.gz = fasta nucleotide file containing 10,196 

dsDNA vOTUs

The Supplementary table titles are as follows:
Table S1: Assembly statistics for sample libraries.
Table S2: DNA vOTU raw reads.
Table S3: Sources of hits to viral sequences in PhageClouds database.
Table S4: Microbial OTU normalised coverage. 
Table S5: Raw read bacterial class taxonomy.
Table S6: Annotations of viral-encoded auxiliary metabolic genes.
Table S7: Microbial MAG normalised coverage.
Table S8: Annotations of viral genes under positive selection.

本存储库包含了 Muscatt 等人于 2022 年（预印本）所使用的数据集。
c1.ntw.gz = vConTACT2 网络输出文件
DNAP_plus_ref.faa.gz = 包含用于系统发育树构建的 DNA 聚合酶蛋白序列的 fasta 氨基酸文件
DNAP_tree.gz = 基于 DNA 聚合酶基因的巨型噬菌体系统发育树的树文件
edges.csv.gz = 绘制 vConTACT2 网络的边
gene_to_genome.csv.gz = 作为 vConTACT2 输入的病毒基因到基因组索引
genome_by_genome.csv.gz = vConTACT2 输出的病毒群集状态
MAG_bins.fna.gz = 包含 285 个先前由 Sharrar 等人于 2020 年组装的微生物 MAG 群的 fasta 核苷酸文件
nodes.csv.gz = 绘制 vConTACT2 网络的节点
rpS3.fna.gz = 包含 1516 个 rpS3 序列的 fasta 核苷酸文件
vOTU_prediction.csv.gz = 病毒支架预测的统计数据
vOTU_proteins.faa.gz = 包含 XXX dsDNA vOTU 基因的 fasta 氨基酸文件
vOTUs.fna.gz = 包含 10,196 个 dsDNA 病毒 Operational Taxonomic Units (OTUs) 的 fasta 核苷酸文件
补充表格标题如下：
表 S1：样本库的组装统计数据。
表 S2：DNA 病毒 Operational Taxonomic Units (vOTU) 原始读数。
表 S3：PhageClouds 数据库中病毒序列的命中来源。
表 S4：微生物 Operational Taxonomic Units (OTU) 标准化覆盖度。
表 S5：原始读数的细菌分类学。
表 S6：病毒编码辅助代谢基因的注释。
表 S7：微生物 Magnified Assembly Genomes (MAG) 标准化覆盖度。
表 S8：正向选择下的病毒基因注释。