sais_protein_2026

# AI4S 蛋白质构象系综生成赛 — Baseline 本仓库是 **AI4S 蛋白质构象系综生成赛** 的开源 Baseline，包含完整的 AI Agent 系统和可提交的构象生成器。 ## 快速开始 ### 1. 安装依赖 ```bash pip install "all-in-agents[openai]" ``` ### 2. 获取并配置 API Key（Agent 需要用 LLM 做研究决策） **① 获取 Key**：打开 https://platform.deepseek.com → 注册 → 创建 API Key（以 `sk-` 开头） **② 配置环境变量（选一种方式）**： 方式一：一行命令直接配（把 `sk-...` 换成你的真实 Key） ```bash sed "s|sk-你的DeepSeek Key粘贴在这里|sk-你的真实Key粘贴在这里|" .env.example > .env ``` 方式二：运行交互式配置脚本（粘贴 Key 即可） ```bash python3 configure.py ``` 方式三：手动复制编辑（传统方式） ```bash cp .env.example .env # 然后用编辑器打开 .env，替换 API Key ``` 其他参数保持默认即可。 ### 3. 运行 Baseline + Agent ```bash python3 -m protein_agent_tiny.agent_runner --iterations 2 --max-minutes 15 ``` 等待 8-15 分钟后，看到 `"ok": true` 即成功。 ### 4. 验证并提交 ```bash python3 -m protein_agent_tiny.validate --submission-dir outputs/latest/submission ``` 提交文件：`outputs/latest/output.zip` --- ## 目录说明 ``` ├── protein_agent_tiny/ # 核心代码（13 个模块） │ ├── solver.py # ★ 构象生成器（纯 Python 标准库，可被 Agent 修改） │ ├── agent_runner.py # ★ AI Agent 循环（文献→假设→改代码→实验→反思） │ ├── run_suite.py # 运行 + 校验 + 打包 │ └── ... ├── data/problems/ # 赛题数据 │ ├── 1.json │ ├── 2.json │ └── 3.json ├── AI4S_PROTEIN_TUTORIAL.md # 完整三模块教程 ├── .env.example # 配置模板（复制为 .env 后编辑） └── .gitignore ``` ## 完整教程 📖 **[AI4S_PROTEIN_TUTORIAL.md](./AI4S_PROTEIN_TUTORIAL.md)** 三模块递进式教程，872 行手把手指引： | 模块 | 内容 | |------|------| | **模块一：跑 Baseline** | 云环境配置 → 运行代码 → 提交作品 | | **模块二：赛事解读** | 比赛在做什么 → 评分公式 → Agent 原理 | | **模块三：提分教程** | 6 个提分方向 + AI Prompt 模板 + 三档难度分级 | ## 依赖 - Python ≥ 3.10 - `all-in-agents[openai]`（Agent 编排框架） 无需 torch / GPU。所有核心代码仅使用 Python 标准库。 ## 数据合规声明 - 输入仅限赛题提供的氨基酸序列 - 未使用本次赛题的原始 MD 轨迹、晶体结构或 NMR ensemble - 文献检索使用 OpenAlex 公开学术数据库