assay_type.csv
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资源简介:
SQL Query:SELECT standard_type,<br> label,<br> mc_target_name,<br> assay_type,<br> Count(DISTINCT canonical_smiles)<br>FROM activities<br> JOIN assays<br> ON assays.assay_id = activities.assay_id<br> JOIN compound_structures<br> ON activities.molregno = compound_structures.molregno<br> JOIN bioassay_ontology<br> ON assays.bao_format = bioassay_ontology.bao_id<br>WHERE activities.pchembl_value IS NOT NULL<br> AND mc_target_name IS NOT NULL<br>GROUP BY standard_type,<br> label,<br> mc_target_name,<br> assay_type<br>ORDER BY Count(DISTINCT canonical_smiles) DESC<br>LIMIT 100; <br>
结构化查询语言(Structured Query Language, SQL)查询语句如下:
选择标准类型(standard_type)、标签(label)、MC靶标名称(mc_target_name)、实验类型(assay_type)以及去重计数标准SMILES(canonical SMILES)的数量
从活性数据(activities)表
连接实验测定(assays)表,连接条件为实验测定表.实验ID(assay_id) = 活性数据表.实验ID
连接化合物结构(compound_structures)表,连接条件为活性数据表.分子注册号(molregno) = 化合物结构表.分子注册号
连接生物测定本体论(bioassay ontology)表,连接条件为实验测定表.BAO格式(bao_format) = 生物测定本体论表.BAO标识(bao_id)
筛选条件为活性数据表.pChEMBL值(pchembl_value)不为空且MC靶标名称不为空
按标准类型、标签、MC靶标名称、实验类型分组
按去重计数标准SMILES的数量降序排序
限制返回前100条结果;
提供机构:
figshare创建时间:
2020-06-30
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