bgao95/Practical_SBDD

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license: cc-by-4.0
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### PDBBind.lmdb.zip

processed pdbbind data for training in lmdb format. Docs for lmdb can be found at: https://lmdb.readthedocs.io/en/release/

### PDBBind-DUD_E_FLAPP_0.6.pkl

train/valid split file for 0.6 version

### PDBBind-DUD_E_FLAPP_0.9.pkl

train/valid split file for 0.9 version

### DUDE.zip

DUD-E test set. Each directory is a target and contains all needed files for evaluation.

### LIT-PCBA.zip

LIT-PCBA test set. Each directory is a target and contains all needed files for evaluation.

### DUDE_generated_mols.zip

generated molecules by different methods for targets in DUD-E. Molecules are in .sdf format.

### PCBA_generated_mols.zip

generated molecules by different methods for targets in LIT-PCBA. Molecules are in .sdf format.

## pretrain_weights.zip

drugclip.pt: weights for pretrained DrugCLIP model

mol_pre_no_h_220816.pt: weights for pretrained Uni-Mol molecular Encoder

pocket_pre_220816.pt: weights for pretrained Uni-Mol pocketr Encoder

原始信息汇总

数据集概述

数据集文件

1. PDBBind.lmdb.zip

   • 描述: 用于训练的PDBBind数据，以lmdb格式处理。
   • 相关文档: https://lmdb.readthedocs.io/en/release/

2. PDBBind-DUD_E_FLAPP_0.6.pkl

   • 描述: 0.6版本的训练/验证分割文件。

3. PDBBind-DUD_E_FLAPP_0.9.pkl

   • 描述: 0.9版本的训练/验证分割文件。

4. DUDE.zip

   • 描述: DUD-E测试集。每个目录代表一个目标，包含所有评估所需的文件。

5. LIT-PCBA.zip

   • 描述: LIT-PCBA测试集。每个目录代表一个目标，包含所有评估所需的文件。

6. DUDE_generated_mols.zip

   • 描述: 针对DUD-E目标生成的分子，以.sdf格式存储。

7. PCBA_generated_mols.zip

   • 描述: 针对LIT-PCBA目标生成的分子，以.sdf格式存储。

预训练权重文件

1. pretrain_weights.zip
   • 包含以下预训练模型权重:
     • drugclip.pt: 预训练的DrugCLIP模型权重。
     • mol_pre_no_h_220816.pt: 预训练的Uni-Mol分子编码器权重。
     • pocket_pre_220816.pt: 预训练的Uni-Mol口袋编码器权重。