animesh/autonlp-data-peptides

[Deep learning the collisional cross sections of the peptide universe from a million experimental values](https://www.nature.com/articles/s41467-021-21352-8)

[Data](http://proteomecentral.proteomexchange.org/cgi/GetDataset?ID=PXD017703) generated from [MaxQuant](http://coxdocs.org/doku.php?id=maxquant:start) output
```
wget https://ftp.pride.ebi.ac.uk/pride/data/archive/2020/12/PXD017703/HeLa_200ng_Library_MaxQuant.zip
unzip HeLa_200ng_Library_MaxQuant.zip
awk -F '\t' '{print $1,",",$40}' evidence.txt > pepCCS.csv
wc pepCCS.csv
352111 1056333 12736697 pepCCS.csv
```

[Code](https://github.com/mannlabs/DeepCollisionalCrossSection)

原始信息汇总

数据集概述

数据来源

• 数据集名称: HeLa_200ng_Library_MaxQuant
• 生成工具: MaxQuant
• 数据集ID: PXD017703

数据处理

• 下载链接: https://ftp.pride.ebi.ac.uk/pride/data/archive/2020/12/PXD017703/HeLa_200ng_Library_MaxQuant.zip
• 处理步骤:
  1. 使用 wget 下载数据集压缩文件。
  2. 使用 unzip 解压缩文件。
  3. 使用 awk 从 evidence.txt 文件中提取特定字段并生成 pepCCS.csv 文件。
  4. 使用 wc 统计 pepCCS.csv 文件的行数、字数和字节数。

数据统计

• 文件大小: 12736697字节
• 行数: 352111行
• 字数: 1056333字

相关资源

• 代码库: DeepCollisionalCrossSection