GSE11121|基因表达数据集|乳腺癌研究数据集

www.ncbi.nlm.nih.gov2024-10-28 收录

基因表达

乳腺癌研究

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资源简介：

该数据集包含来自人类乳腺癌细胞系的基因表达数据，用于研究乳腺癌的分子机制。

提供机构：

www.ncbi.nlm.nih.gov

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数据集介绍

构建方式

GSE11121数据集源自于对人类乳腺癌细胞系的研究，通过高通量基因表达谱技术构建。研究团队采集了多个乳腺癌细胞系样本，利用Affymetrix基因芯片平台进行基因表达水平的测量。数据处理过程中，采用了标准化的数据预处理流程，包括背景校正、归一化和探针集映射，以确保数据的高质量和一致性。

特点

GSE11121数据集具有显著的多样性和代表性，涵盖了多种乳腺癌细胞系，为研究乳腺癌的分子机制提供了丰富的数据资源。该数据集不仅包含了基因表达数据，还提供了详细的样本信息和实验条件，便于研究人员进行深入的生物信息学分析。此外，数据集的高质量处理和标准化使其在多种生物医学研究中具有广泛的应用价值。

使用方法

GSE11121数据集适用于多种生物信息学和生物医学研究，包括但不限于基因表达差异分析、生物标志物发现和药物反应预测。研究人员可以通过访问GEO数据库获取该数据集，并利用R语言、Python等编程工具进行数据分析。在使用过程中，建议结合具体的生物学问题，选择合适的统计方法和机器学习算法，以最大化数据集的应用潜力。

背景与挑战

背景概述

GSE11121数据集，由美国国家生物技术信息中心（NCBI）于2008年发布，主要用于研究人类乳腺癌的分子机制。该数据集包含了来自25名乳腺癌患者的基因表达谱，这些患者分别患有不同亚型的乳腺癌，包括雌激素受体阳性（ER+）和阴性（ER-）。通过分析这些基因表达数据，研究者们能够深入了解乳腺癌的分子特征，为个性化治疗和药物开发提供了宝贵的资源。GSE11121的发布极大地推动了乳腺癌研究领域的发展，为后续的基因组学和生物信息学研究奠定了基础。

当前挑战

GSE11121数据集在构建过程中面临了多重挑战。首先，基因表达数据的获取和处理需要高精度的实验技术和复杂的生物信息学工具，以确保数据的准确性和可靠性。其次，由于乳腺癌的异质性，不同亚型之间的基因表达差异显著，这增加了数据分析的复杂性。此外，数据集中的样本量相对较小，可能限制了统计分析的效力和结果的泛化能力。最后，基因表达数据的解读需要结合临床信息和生物学背景知识，这要求研究者具备跨学科的综合能力。

发展历史

创建时间与更新

GSE11121数据集创建于2008年，由美国国立卫生研究院（NIH）下属的基因表达综合数据库（GEO）发布。该数据集自创建以来，未有公开的更新记录。

重要里程碑

GSE11121数据集的发布标志着基因表达研究领域的一个重要里程碑。该数据集包含了人类乳腺癌细胞系MCF-7的基因表达谱，为乳腺癌的分子机制研究提供了宝贵的资源。其数据被广泛应用于基因表达分析、生物标志物发现以及药物筛选等多个研究方向，极大地推动了乳腺癌研究的进展。

当前发展情况

目前，GSE11121数据集仍然是乳腺癌研究领域的重要参考资源。尽管其数据已有一段时间未更新，但其原始数据和分析结果仍被广泛引用和应用。随着基因组学技术的不断进步，该数据集的原始数据也为后续的高通量数据分析和整合提供了基础。此外，GSE11121数据集的发布模式和数据共享策略，也为后续的基因表达数据集的创建和管理提供了重要的参考。

发展历程

GSE11121数据集首次发表，该数据集主要用于研究人类乳腺癌细胞系的基因表达谱。
2008年
GSE11121数据集首次应用于乳腺癌相关基因的筛选和功能验证研究。
2010年
GSE11121数据集被用于开发新的乳腺癌诊断和预后预测模型。
2013年
GSE11121数据集的研究成果被纳入多项乳腺癌治疗指南，成为临床应用的重要参考。
2016年
GSE11121数据集的原始数据和分析结果被广泛应用于多篇高影响力科学论文中，进一步推动了乳腺癌研究的进展。
2019年

常用场景

经典使用场景

在生物信息学领域，GSE11121数据集主要用于研究人类乳腺癌的分子特征。该数据集包含了来自不同乳腺癌亚型的基因表达谱，为研究人员提供了一个丰富的资源，以探索基因表达与乳腺癌病理特征之间的关系。通过分析这些数据，研究者能够识别出与乳腺癌发生和发展密切相关的关键基因和信号通路，从而为乳腺癌的诊断和治疗提供新的视角。

衍生相关工作

基于GSE11121数据集，许多后续研究工作得以展开，进一步推动了乳腺癌研究的进展。例如，有研究利用该数据集开发了新的乳腺癌分类算法，提高了亚型识别的准确性。此外，还有研究通过分析GSE11121中的基因表达数据，发现了新的乳腺癌相关基因和信号通路，为后续的功能验证和药物筛选提供了基础。这些衍生工作不仅丰富了乳腺癌的分子机制研究，也为临床应用提供了新的思路和方法。

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