Single cell metabolic pulse labeling

Structure of dat.zip folderdat.zip/├── 01_Sample_metadata/│   ├── Rep1_5day_male/│   │   ├── 5day_male_linker.csv│   │   ├── 5day_male_old_isolated.xls│   │   └── 5day_male_young_isolated.xls│   ├── Rep2_5day_female/│   │   ├── 5day_female_linker.csv│   │   ├── 5day_female_old_isolated.xls│   │   └── 5day_female_young_isolated.xls│   ├── Rep3_10day_male/│   │   ├── 10day_male_linker.csv│   │   └── 10day_male_young_isolated.xls│   └── Rep4_10day_female/│       ├── 10day_female_linker.csv│       └── 10day_young_isolated.xls├── 02_raw_reptide_X_singleCell/│   ├── r1_peptide.csv│   ├── r2_peptide.csv│   ├── r3_peptide.csv│   └── r4_peptide.csv├── 03_QuantQC_objects/│   ├── r1_5day_male.RData│   ├── r2_5day_female.RData│   ├── r3_10day_male.RData│   └── r4_10day_female.RData├── 04_Gene_X_SingleCell_and_annotations/│   ├── clearance_absolute.csv│   ├── clearance_relative.csv│   ├── Missingness_results.csv│   ├── MS_Run_annotations.csv│   ├── sc_mRNA_annotations.csv│   ├── sc_protein_absolute.csv│   ├── sc_protein_annotations.csv│   └── sc_protein_relative.csv├── 05_Stan_model_input_data/│   ├── clearance_stan.csv│   ├── protein_input_stan.csv│   └── rna_input_stan.csv├── 06_Gene_X_CellType/│   ├── Absolute_abundance/│   │   ├── abundance.csv│   │   ├── clearance.csv│   │   ├── mRNA.csv│   │   └── translation.csv│   └── Relative_abundance/│       ├── clearance_bayes_95CI.csv│       ├── clearance_bayes.csv│       ├── clearance_freq.csv│       ├── mRNA_bayes_95CI.csv│       ├── mRNA_bayes.csv│       ├── mRNA_freq.csv│       ├── protein_bayes_95CI.csv│       ├── protein_bayes.csv│       ├── protein_freq.csv│       ├── translation_bayes_95CI.csv│       ├── translation_bayes.csv│       └── translation_freq.csv├── 07_Output_tables/├── GO_Human.txt├── Mouse.fasta├── Supplemental_table1.xlsx├── Supplemental_table2.csv└── Supplemental_table3.csv