PreDigs

PreDigs is a user-friendly database of predicted cell-type signatures for the human digestive system. It hosts 124 curated single-cell RNA-seq datasets, covering over 3.4 million cells, all freely downloadable. PreDigs standardizes cell type annotation across datasets, organizing 142 cell types into an 8-level hierarchical ontology. It provides three types of context-specific markers—Cell Markers, Subtype Markers, and TPN Markers—to support diverse research needs.

PreDigs是一款面向人类消化系统的细胞类型特征预测数据库，操作便捷易用。该数据库收录了124份经人工整理审核的单细胞RNA测序（single-cell RNA-seq）数据集，涵盖超过340万个细胞，所有数据均可免费下载。PreDigs对各数据集的细胞类型注释进行了标准化处理，将142种细胞类型整合至一个8层级的分级本体（hierarchical ontology）体系中。其提供三类情境特异性标志物：细胞标志物（Cell Markers）、亚型标志物（Subtype Markers）以及TPN标志物（TPN Markers），可满足多样化的研究需求。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

PreDigs是一个基于单细胞RNA测序数据的网络平台，整合了124个数据集和超过300万个细胞，涵盖6个组织图谱。它提供了142种细胞类型的层次分类，并利用无监督聚类分析33种亚型，支持新亚型发现和健康与疾病状态的细胞比较研究。