SelectSim Analysis

README

Data Version: v1

Code Repository: https://github.com/CSOgroup/SelectSim_analysis/

SelectSim R package Repository: https://github.com/CSOgroup/SelectSim 

Description

There are two folders, `analysis_data` and `analysis_results`, which correspond to data required for the analysis provided in the Code repository and the results generated by them.

The above two folders are subdivided into further subfolders.

The tree structure of this repository is mentioned below: 

```├── analysis_data│   ├── all_merged_data_genie_v15.rds│   ├── catalogue│   │   ├── dfci_oncokb_gene_run_list.rds│   │   ├── msk_oncokb_gene_run_list.rds│   │   └── Other_Inputs.md│   ├── normal_mutation│   │   ├── li_cancer_vep_annotated_maf_file_supplemenatry.rds│   │   ├── li_et_al_cancer_run_data_v3.rds│   │   ├── li_et_al_normal_run_data_v3.rds│   │   ├── li_normal_vep_annotated_maf_file_supplemenatry.rds│   │   └── tcga_BLCA.rds│   ├── primary_met│   │   ├── msk_m_sample_run_data_list.rds│   │   ├── msk_p_m_sample_run_data_list.rds│   │   └── msk_p_sample_run_data_list.rds│   ├── primary_met_elastic_net│   │   ├── full_gam.RData│   │   ├── msk_full_clinical_table.txt│   │   └── PM_comutations.RData│   └── roubustness_benchmarking│       ├── gene_used.rds│       ├── luad_maf_coselns_data.rds│       ├── luad_orginal_gam_wesme.tsv│       ├── luad_sampling_list.json│       ├── Other_Inputs.md│       ├── sampling_list_luad_2.rds│       └── sampling_list_luad.rds├── analysis_results│   ├── catalogue│   │   ├── all_merged_results_v15.rds│   │   ├── pan_can_consistent_motif_v15_fdr_25_update.rds│   │   └── tumor_can_consistent_motif_v15_fdr_25_update.rds│   ├── normal_mutation│   │   ├── li_results_bladder_merged.rds│   │   └── tcga_results_bladder_merged.rds│   ├── primary_met│   │   ├── msk_m_sampling_results_list.rds│   │   ├── msk_p_m_sampling_results_list.rds│   │   └── msk_p_sampling_results_list.rds│   ├── primary_met_elastic_net│   │   ├── EN_binomial_1.RData│   │   ├── EN_binomial_2.RData│   │   ├── EN_binomial_co_1.RData│   │   ├── EN_binomial_co_2.RData│   │   ├── EN_gaussian_co.RData│   │   └── EN_gaussian.RData│   └── roubustness_benchmarking│       ├── Cooccur│       │   ├── cooccur_luad_all_results.rds│       │   ├── sampling_run_result_80_10.rds│       │   ├── sampling_run_result_80_1.rds│       │   ├── sampling_run_result_80_2.rds│       │   ├── sampling_run_result_80_3.rds│       │   ├── sampling_run_result_80_4.rds│       │   ├── sampling_run_result_80_5.rds│       │   ├── sampling_run_result_80_6.rds│       │   ├── sampling_run_result_80_7.rds│       │   ├── sampling_run_result_80_8.rds│       │   └── sampling_run_result_80_9.rds│       ├── Coselens│       │   ├── coselns_luad_all_results.rds│       │   ├── luad_sampling_run_10.rds│       │   ├── luad_sampling_run_1.rds│       │   ├── luad_sampling_run_2.rds│       │   ├── luad_sampling_run_3.rds│       │   ├── luad_sampling_run_4.rds│       │   ├── luad_sampling_run_5.rds│       │   ├── luad_sampling_run_6.rds│       │   ├── luad_sampling_run_7.rds│       │   ├── luad_sampling_run_8.rds│       │   └── luad_sampling_run_9.rds│       ├── Discover│       │   ├── luad_all.rds│       │   ├── sampling_run_result_80_10.rds│       │   ├── sampling_run_result_80_1.rds│       │   ├── sampling_run_result_80_2.rds│       │   ├── sampling_run_result_80_3.rds│       │   ├── sampling_run_result_80_4.rds│       │   ├── sampling_run_result_80_5.rds│       │   ├── sampling_run_result_80_6.rds│       │   ├── sampling_run_result_80_7.rds│       │   ├── sampling_run_result_80_8.rds│       │   ├── sampling_run_result_80_9.rds│       │   ├── sampling_run_tcga_result_80_1.rds│       │   ├── sampling_run_tcga_result_80_2.rds│       │   ├── sampling_run_tcga_result_80_3.rds│       │   ├── sampling_run_tcga_result_80_4.rds│       │   ├── sampling_run_tcga_result_80_5.rds│       │   └── tcga_all.rds│       ├── GAMToc│       │   ├── luad_all.txt│       │   ├── luad_V11_result.txt│       │   ├── luad_V12_result.txt│       │   ├── luad_V13_result.txt│       │   ├── luad_V14_result.txt│       │   ├── luad_V15_result.txt│       │   ├── luad_V1.txt│       │   ├── luad_V2.txt│       │   ├── luad_V3.txt│       │   ├── luad_V4.txt│       │   └── luad_V5.txt│       ├── Select│       │   ├── luad_all_results.rds│       │   ├── sampling_run_result_80_10.rds│       │   ├── sampling_run_result_80_1.rds│       │   ├── sampling_run_result_80_2.rds│       │   ├── sampling_run_result_80_3.rds│       │   ├── sampling_run_result_80_4.rds│       │   ├── sampling_run_result_80_5.rds│       │   ├── sampling_run_result_80_6.rds│       │   ├── sampling_run_result_80_7.rds│       │   ├── sampling_run_result_80_8.rds│       │   ├── sampling_run_result_80_9.rds│       │   ├── sampling_run_tcga_result_80_1.rds│       │   ├── sampling_run_tcga_result_80_2.rds│       │   ├── sampling_run_tcga_result_80_3.rds│       │   ├── sampling_run_tcga_result_80_4.rds│       │   ├── sampling_run_tcga_result_80_5.rds│       │   └── tcga_select_all_results.rds│       ├── SelectSim│       │   ├── sampling_run_selectX_v4_result_80_10.rds│       │   ├── sampling_run_selectX_v4_result_80_1.rds│       │   ├── sampling_run_selectX_v4_result_80_2.rds│       │   ├── sampling_run_selectX_v4_result_80_3.rds│       │   ├── sampling_run_selectX_v4_result_80_4.rds│       │   ├── sampling_run_selectX_v4_result_80_5.rds│       │   ├── sampling_run_selectX_v4_result_80_6.rds│       │   ├── sampling_run_selectX_v4_result_80_7.rds│       │   ├── sampling_run_selectX_v4_result_80_8.rds│       │   ├── sampling_run_selectX_v4_result_80_9.rds│       │   └── tcga_LUAD.rds│       ├── TCGA\ robustness\ analysis│       │   └── all_sampling_results.rds│       └── WeSME_CO│           ├── LUAD_11_smut_co_pvs_0.1.txt│           ├── LUAD_11_smut_me_pvs_0.1.txt│           ├── LUAD_12_smut_co_pvs_0.1.txt│           ├── LUAD_12_smut_me_pvs_0.1.txt│           ├── LUAD_13_smut_co_pvs_0.1.txt│           ├── LUAD_13_smut_me_pvs_0.1.txt│           ├── LUAD_14_smut_co_pvs_0.1.txt│           ├── LUAD_14_smut_me_pvs_0.1.txt│           ├── LUAD_15_smut_co_pvs_0.1.txt│           ├── LUAD_15_smut_me_pvs_0.1.txt│           ├── LUAD_1_smut_co_pvs_0.1.txt│           ├── LUAD_1_smut_me_pvs_0.1.txt│           ├── LUAD_2_smut_co_pvs_0.1.txt│           ├── LUAD_2_smut_me_pvs_0.1.txt│           ├── LUAD_3_smut_co_pvs_0.1.txt│           ├── LUAD_3_smut_me_pvs_0.1.txt│           ├── LUAD_4_smut_co_pvs_0.1.txt│           ├── LUAD_4_smut_me_pvs_0.1.txt│           ├── LUAD_5_smut_co_pvs_0.1.txt│           ├── LUAD_5_smut_me_pvs_0.1.txt│           ├── LUAD_smut_co_pvs_0.1.txt│           └── LUAD_smut_me_pvs_0.1.txt└── README.md ```

Contact Details

 For any queries:

Contact Arvind Iyer ([e-mail], [e-mail])

Lead Contact: Giovanni Ciriello ([e-mail]) 

Acknowledgments

The authors would like to acknowledge the American Association for Cancer Research and its financial and material support in the development of the AACR Project GENIE registry, as well as members of the consortium for their commitment to data sharing. Interpretations are the responsibility of the study authors.