睡眠剥夺小鼠肠道微生物数据

本数据集来源于一项探究 C. dalinum 发酵的东喜酸奶（D-Yogurt）对睡眠剥夺小鼠肠道微生物群落影响的研究。实验共使用 40 只6周龄雄性 C57BL/6 小鼠（体重 18–20 g），随机分为 5 组：对照组（Control）、模型组（Model）、市售酸奶组（X-Yogurt）、东喜酸奶组（C.dalinum）以及维生素E组（VE），每组 8 只。动物实验于 [2024] 在 大理大学 动物实验中心进行。在实验结束时，收集小鼠结肠内容物，立即用液氮速冻后于 -80°C 保存，随后在干冰低温条件下送至 上海昊为泰生物科技有限公司 进行肠道微生物分析。样本采集时间为 [2025年12月] 。 采用 Accu16S™ 细菌绝对定量测序技术 对结肠内容物中的 16S rRNA 基因进行扩增子测序。具体实验流程、仪器参数及质控标准详见补充材料 S1.2。原始下机数据为 FASTQ 格式，共包含 36个样本（每组 8 个），测序平台为 Illumina MiSeq ，读长为 PE250 / PE300。测序 。 使用 QIIME2 软件中的 DADA2 插件对原始数据进行质量过滤、去噪、序列拼接及嵌合体去除，得到特征表（Feature table）和代表序列。随后进行以下分析：① α 多样性分析，计算 Chao1、Shannon、Simpson 指数以评估微生物群落的丰富度和均匀度；② β 多样性分析，基于 Bray-Curtis 距离进行主坐标分析（PCoA）；③ LEfSe 分析（线性判别分析效应量），筛选各组的差异生物标志物（LDA 阈值 > 2.0）；④ 使用 R 语言 Microeco 包进行物种组成分析及方差分析（ANOVA），比较关键菌属在各组间的丰度差异。 本数据集包含以下文件：raw_fastq/ 文件夹：内含所有样本的原始测序 FASTQ 文件，文件采用 gzip 压缩格式。OTU.xls：特征表，行为#OTU ID，列为样本编号，单元格值为各样本中对应 Feature 的序列条数（整数，单位为条）。 所有表格文件均可在 Windows、Linux 或 macOS 操作系统下使用文Microsoft Excel（≥2016）打开。测序过程中，部分样本因 DNA 提取浓度过低 进行了剔除，缺失样本编号为 [9-6，7，8、12-8] 。此外，PCR 扩增过程可能存在引物偏倚，导致部分低丰度菌群被低估；测序深度已覆盖大部分肠道菌群（稀释曲线趋于平缓）。由于本研究采用了绝对定量测序技术（Accu16S™），所得丰度可直接反映菌群绝对含量，但批次间操作仍可能存在微小系统误差，已在数据分析时通过随机区组设计予以控制。