SNP and polymorphic SSR between the two haplotype genomes of Rehmannia chingii

基于青地黄染色体水平单倍型基因组数据，软件 CandiSA 共鉴定出 21,168 个多态性 SSR 位点，其中 79.73% 位于同源染色体上。序列比较表明，青菜两种单倍型中 SNP 变异位点丰度较高，共鉴定出 2,296,016 个 SNP。通过对青菜 2 个单倍型基因组的比较分析，本研究确定了同源染色体中丰富的遗传变异位点 （SNP， SSRs） 和结构变异位点。这些同源染色体之间的变异位点有望在青氏红桔子随后的功能基因研究中发挥重要作用。