N6-methyladenosine of chromosome-associated regulatory RNA regulates chromatin state and transcription

为了探究染色体调控RNA的m6A修饰，通过对染色体相关RNA进行MeRIP-seq，获得染色体上RNA的m6A修饰位点。并通过干扰m6A相关蛋白Mettl3或者Ythdc1，和对照比较，分析m6A修饰的变化。为了探究m6A对染色体开放性的影响，通过组蛋白ChIP-seq，敲除或者敲低Mettl3与对照样本比较，分析染色体的组蛋白修饰水平是否发生显著改变。为了分析m6A对转录活性的影响，通过对染色体上新生RNA进行RNA-seq，比较敲除或者敲低Mettl3与对照样本的新生RNA水平，阐明m6A对转录活性的影响。为了探究m6A是否能影响染色体调控RNA的降解速率，通过对检测细胞核内RNA的降解水平，比较Ythdc1敲除和对照样本的降解速率，并结合MeRIP-seq的结果，比较有无修饰的染色体调控RNA，在Ythdc1敲除后降解速率的变化差异。为了证明染色体调控RNA是否能招募蛋白来影响染色体开放性和转录活性，通过ChIP-seq，比较转录因子在Mettl3敲除和对照相比结合的水平的变化，并结合MeRIP-seq，分析染色体调节RNA的修饰水平与转录因子结合的关系。