ResFinderFG

Here, we present the second version of the database, ResFinderFG v2.0, which is available on the Center of Genomic Epidemiology web server (https://cge.food.dtu.dk/services/ResFinderFG/). It comprises 3913 ARGs identified by functional metagenomics from 50 carefully curated datasets. We assessed its potential to detect ARGs in comparison to other popular databases in gut, soil and water (marine + freshwater) Global Microbial Gene Catalogues (https://gmgc.embl.de). ResFinderFG v2.0 allowed for the detection of ARGs that were not detected using other databases. These included ARGs conferring resistance to beta-lactams, cycline, phenicol, glycopeptide/cycloserine and trimethoprim/sulfonamide. Thus, ResFinderFG v2.0 can be used to identify ARGs differing from those found in conventional databases and therefore improve the description of resistomes.本研究介绍了数据库的第二个版本——ResFinderFG v2.0，该数据库可在基因组流行病学中心（Center of Genomic Epidemiology）的网页服务器（https://cge.food.dtu.dk/services/ResFinderFG/）上获取。该数据库包含从50组经过精心筛选的数据集中，通过功能宏基因组学（functional metagenomics）鉴定得到的3913个抗生素抗性基因（Antibiotic Resistance Genes, ARGs）。本研究将ResFinderFG v2.0与肠道、土壤及水体（海洋+淡水）领域的主流数据库——全球微生物基因目录（Global Microbial Gene Catalogues, GMGC，https://gmgc.embl.de）进行对比，评估其检测抗生素抗性基因的性能。结果显示，ResFinderFG v2.0可检测到其他数据库无法识别的抗生素抗性基因，此类基因包括可介导β-内酰胺类（beta-lactams）、cycline、氯霉素类（phenicol）、糖肽/环丝氨酸类以及甲氧苄啶/磺胺类（trimethoprim/sulfonamide）抗生素抗性的基因。因此，ResFinderFG v2.0可用于识别传统数据库中未收录的抗生素抗性基因，从而完善耐药组（resistome）的相关描述。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

ResFinderFG v2.0是一个基于功能宏基因组学构建的抗生素抗性基因（ARG）数据库，包含来自50个精选数据集的3913个ARGs。该数据库能够检测到其他流行数据库未发现的ARGs，如对β-内酰胺类、四环素类等抗生素具有抗性的基因，从而更全面地描述抗性组。