PIPdb

PIPdb is the first dedicated database cataloging 792,964 plasmid segments (PSCs) from 1 million+ pathogen genomes across 450 species, offering multi-dimensional metadata (geography, habitat, host) and functional annotations (virulence/antibiotic resistance genes). It features risk-scoring for high-risk plasmids, integrated annotation tools, and focuses on tracking antimicrobial resistance (ARG) spread under the 'One Health' framework.PIPdb是首个专门编目收录450余种物种的100余万个致病菌基因组中792964个质粒片段（plasmid segments，PSCs）的专用数据库，可提供多维度元数据（涵盖地理分布、生存环境、宿主来源）与功能注释信息（包括毒力基因与抗生素抗性基因）。该数据库具备高危质粒风险评分与集成化注释工具功能，并以‘同一健康（One Health）’框架为指导，聚焦抗菌素耐药性（ARG，antimicrobial resistance）的传播追踪。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

PIPdb（病原体质粒数据库）是一个专门收录来自超过100万个病原体基因组的79万多个质粒片段的数据库，覆盖450多种病原物种，并提供多维元数据和功能注释。它具备高风险质粒评分系统、集成注释工具，并专注于在'One Health'框架下追踪抗菌素耐药性基因的传播。