Water migration through enzyme tunnels is sensitive to the choice of explicit water model (DhaA)

This repository contains data for the haloalkane dehalogenase DhaA. Data underpinning analyses of alditol oxidase (AldO) and cytochrome P450 2D6 (CYP2D6) are available from the related repository: https://doi.org/10.5281/zenodo.11545455

Content:

tt_conda.yml -> conda environment used for the calculations.         Usage :         conda env create -f tt_conda.yml         conda activate tt_conda.yml 

01_MD_simulations.tar.gz -> the files to run simulation, out and restart files from simulation and simulation analysis results, organized by models and Tunnel Conformational Groups (TCGs).

├── 01_inputs│   ├── opc│   │   ├── TCG_d1.0_o1.1│   │   ├── TCG_d1.4_o1.2│   │   ├── TCG_d1.8_o1.4│   │   ├── TCG_d2.5_o2.1│   │   └── TCG_d3.0_o2.5│   ├── scripts│   ├── tip3p│   │   ├── TCG_d1.0_o1.1│   │   ├── TCG_d1.4_o1.2│   │   ├── TCG_d1.8_o1.4│   │   ├── TCG_d2.5_o2.1│   │   └── TCG_d3.0_o2.5│   └── tip4pew│       ├── TCG_d1.0_o1.1│       ├── TCG_d1.4_o1.2│       ├── TCG_d1.8_o1.4│       ├── TCG_d2.5_o2.1│       └── TCG_d3.0_o2.5├── 02_outputs│   ├── opc│   │   ├── TCG_d1.0_o1.1│   │   ├── TCG_d1.4_o1.2│   │   ├── TCG_d1.8_o1.4│   │   ├── TCG_d2.5_o2.1│   │   └── TCG_d3.0_o2.5│   ├── tip3p│   │   ├── TCG_d1.0_o1.1│   │   ├── TCG_d1.4_o1.2│   │   ├── TCG_d1.8_o1.4│   │   ├── TCG_d2.5_o2.1│   │   └── TCG_d3.0_o2.5│   └── tip4pew│       ├── TCG_d1.0_o1.1│       ├── TCG_d1.4_o1.2│       ├── TCG_d1.8_o1.4│       ├── TCG_d2.5_o2.1│       └── TCG_d3.0_o2.5└── 03_analysis             02_caver.tar.gz -> results of CAVER calculations, organized by models and TCGs.

├── config_files├── opc│   ├── TCG_d1.0_o1.1│   │   ├── 1│   │   ├── 2│   │   ├── 3│   │   ├── 4│   │   └── 5│   ├── TCG_d1.4_o1.2│   │   ├── 1│   │   ├── 2│   │   ├── 3│   │   ├── 4│   │   └── 5│   ├── TCG_d1.8_o1.4│   │   ├── 1│   │   ├── 2│   │   ├── 3│   │   ├── 4│   │   └── 5│   ├── TCG_d2.5_o2.1│   │   ├── 1│   │   ├── 2│   │   ├── 3│   │   ├── 4│   │   └── 5│   └── TCG_d3.0_o2.5│       ├── 1│       ├── 2│       ├── 3│       ├── 4│       └── 5├── tip3p│   ├── TCG_d1.0_o1.1│   │   ├── 1│   │   ├── 2│   │   ├── 3│   │   ├── 4│   │   └── 5│   ├── TCG_d1.4_o1.2│   │   ├── 1│   │   ├── 2│   │   ├── 3│   │   ├── 4│   │   └── 5│   ├── TCG_d1.8_o1.4│   │   ├── 1│   │   ├── 2│   │   ├── 3│   │   ├── 4│   │   └── 5│   ├── TCG_d2.5_o2.1│   │   ├── 1│   │   ├── 2│   │   ├── 3│   │   ├── 4│   │   └── 5│   └── TCG_d3.0_o2.5│       ├── 1│       ├── 2│       ├── 3│       ├── 4│       └── 5└── tip4pew    ├── TCG_d1.0_o1.1    │   ├── 1    │   ├── 2    │   ├── 3    │   ├── 4    │   └── 5    ├── TCG_d1.4_o1.2    │   ├── 1    │   ├── 2    │   ├── 3    │   ├── 4    │   └── 5    ├── TCG_d1.8_o1.4    │   ├── 1    │   ├── 2    │   ├── 3    │   ├── 4    │   └── 5    ├── TCG_d2.5_o2.1    │   ├── 1    │   ├── 2    │   ├── 3    │   ├── 4    │   └── 5    └── TCG_d3.0_o2.5        ├── 1        ├── 2        ├── 3        ├── 4        └── 5

03_aquaduct.tar.gz -> results of AQUA-DUCT calculations, organized by models and TCGs.  

├── opc│   ├── TCG_d1.0_o1.1│   │   ├── 1│   │   ├── 2│   │   ├── 3│   │   ├── 4│   │   └── 5│   ├── TCG_d1.4_o1.2│   │   ├── 1│   │   ├── 2│   │   ├── 3│   │   ├── 4│   │   └── 5│   ├── TCG_d1.8_o1.4│   │   ├── 1│   │   ├── 2│   │   ├── 3│   │   ├── 4│   │   └── 5│   ├── TCG_d2.5_o2.1│   │   ├── 1│   │   ├── 2│   │   ├── 3│   │   ├── 4│   │   └── 5│   └── TCG_d3.0_o2.5│       ├── 1│       ├── 2│       ├── 3│       ├── 4│       └── 5├── tip3p│   ├── TCG_d1.0_o1.1│   │   ├── 1│   │   ├── 2│   │   ├── 3│   │   ├── 4│   │   └── 5│   ├── TCG_d1.4_o1.2│   │   ├── 1│   │   ├── 2│   │   ├── 3│   │   ├── 4│   │   └── 5│   ├── TCG_d1.8_o1.4│   │   ├── 1│   │   ├── 2│   │   ├── 3│   │   ├── 4│   │   └── 5│   ├── TCG_d2.5_o2.1│   │   ├── 1│   │   ├── 2│   │   ├── 3│   │   ├── 4│   │   └── 5│   └── TCG_d3.0_o2.5│       ├── 1│       ├── 2│       ├── 3│       ├── 4│       └── 5└── tip4pew    ├── TCG_d1.0_o1.1    │   ├── 1    │   ├── 2    │   ├── 3    │   ├── 4    │   └── 5    ├── TCG_d1.4_o1.2    │   ├── 1    │   ├── 2    │   ├── 3    │   ├── 4    │   └── 5    ├── TCG_d1.8_o1.4    │   ├── 1    │   ├── 2    │   ├── 3    │   ├── 4    │   └── 5    ├── TCG_d2.5_o2.1    │   ├── 1    │   ├── 2    │   ├── 3    │   ├── 4    │   └── 5    └── TCG_d3.0_o2.5        ├── 1        ├── 2        ├── 3        ├── 4        └── 5

04_transport_tools.tar.gz -> the results of TransportTools and analysis done from TransportTools results.

├── bottleneck_analyses│   ├── data│   │   └── super_clusters│   ├── statistics│   │   └── comparative_analysis│   └── visualization│       ├── comparative_analysis│       └── sources├── overall_results│   ├── data│   │   ├── exact_matching_analysis│   │   └── super_clusters│   ├── statistics│   │   └── comparative_analysis│   └── visualization│       ├── comparative_analysis│       └── sources└── scripts    ├── bottleneck_residues    ├── presence_of_tunnels    └── water_transport_analysis        └── output

05_hbonds.tar.gz -> contains raw results of hydrogen bond analysis of transported waters for P1 tunnel of DhaA  

06_control_NVE_calculations.tar.gz -> data obtained from NVE simulations of DhaA TCG o1.4d1.8 and files necessary to reproduce

├── 01_MD_simulations│   ├── 01_inputs│   │   ├── configs│   │   │   ├── NVE_equil.in│   │   │   ├── NVE_prod.in│   │   │   ├── NVT_cool.in│   │   │   └── NVT_equil.in│   │   ├── opc│   │   ├── tip3p│   │   └── tip4pew│   └── 02_outputs│       ├── opc│       ├── tip3p│       └── tip4pew├── 02_caver│   ├── configs│   │   ├── calculate_tunnels.txt│   │   └── clustering.txt│   ├── opc│   │   ├── 1│   │   ├── 2│   │   ├── 3│   │   ├── 4│   │   └── 5│   ├── tip3p│   │   ├── 1│   │   ├── 2│   │   ├── 3│   │   ├── 4│   │   └── 5│   └── tip4pew│       ├── 1│       ├── 2│       ├── 3│       ├── 4│       └── 5├── 03_aquaduct│   ├── opc│   │   ├── 1│   │   ├── 2│   │   ├── 3│   │   ├── 4│   │   └── 5│   ├── tip3p│   │   ├── 1│   │   ├── 2│   │   ├── 3│   │   ├── 4│   │   └── 5│   └── tip4pew│       ├── 1│       ├── 2│       ├── 3│       ├── 4│       └── 5└── 04_transport_tools    ├── data    ├── statistics    ├── transport_tools.log    ├── tt_config.in    └── visualization