Genomic-Browser example

El archivo contiene la salida de las arquitecturas determinadas por hmmerscan y la base de datos Pfam-A, que describe a un conjunto de proteinas que comparten dominios comunes. Se presentan también las arquiteturas de la proteínas conservadas en el contexto genómico 10 genes río arriba y 10 genes río abajo.<b>Funciones del visor web </b>La columna "Central". Refleja la proteína query y su arquitectura predicha según reglas asentadas en nuestros programasLa tabla puede ser ordenada a través de cualquier columna. Es posible seleccionar a todas proteínas que presentan la arquitectura en el contexto, solo dando click al texto que define la arquitectura.Los identificadores de gene KEGG y KOs redireccionan al portal KEGG que contiene las fichas descriptivas.En el caso de funciones puede cargarse un archivo de COGs similar al presentado pero aún no tiene la misma funcionalidad<br><b>Sort conserved:</b> Ordena las proteínas por contexto conservado. <b>Gene names</b>: Muestra características de los genes. a) Identificador de gen (el mismo que se usa en output_fase3.txt. b) COG o KO y c) Funciones de genes predichos S<b>Filtered selected</b><b>:</b> Selecciona genes por línea haciendo clic en el nombre del gen al final de la línea. <b>Unhide: </b>Restaura la página. <b>Disribution graph</b>: a) <i>Gráfico de barras de frecuencia</i>: Permite al usuario representar gráficamente los recuentos de arquitectura seleccionando un umbral de recuento. b) <i>Tabla de frecuencia:</i> Muestra los recuentos de arquitectura. Los recuentos se pueden ordenar por arquitectura, recuentos. La tercera columna se puede usar para seleccionar arquitecturas para crear un perfil filético. (descargar archivo) c) <i>Perfil filético</i>: Una matriz de presencia-ausencia (uno-cero) en la que las columnas muestran la arquitectura y las filas muestran los nombres de los genes. (descargar archivo) d) <i>Heatmap</i>. Agrupa las arquitecturas conservadas utilizando un clúster aglomerativo jerárquico.<b>Download: </b>Todos los datos generados son descagables