The Human Metabolome Database

The Human Metabolome Database (HMDB) is a freely available electronic database containing detailed information about small molecule metabolites found in the human body. It is intended to be used for applications in metabolomics, clinical chemistry, biomarker discovery and general education. The database is designed to contain or link three kinds of data: 1) chemical data, 2) clinical data, and 3) molecular biology/biochemistry data. The database contains 220,945 metabolite entries including both water-soluble and lipid soluble metabolites. Additionally, 8,610 protein sequences (enzymes and transporters) are linked to these metabolite entries. Each MetaboCard entry contains 130 data fields with 2/3 of the information being devoted to chemical/clinical data and the other 1/3 devoted to enzymatic or biochemical data. Many data fields are hyperlinked to other databases (KEGG, PubChem, MetaCyc, ChEBI, PDB, UniProt, and GenBank) and a variety of structure and pathway viewing applets. The HMDB database supports extensive text, sequence, chemical structure, MS and NMR spectral query searches. Four additional databases, DrugBank, T3DB, SMPDB and FooDB are also part of the HMDB suite of databases.

人类代谢组数据库（Human Metabolome Database, HMDB）是一款免费开放的电子数据库，收录了人体内小分子代谢物的详细信息。本数据库旨在服务于代谢组学、临床化学、生物标志物发现及通用教育等应用场景。该数据库设计用于收录或关联三类数据：1）化学数据；2）临床数据；3）分子生物学/生物化学数据。数据库当前包含220,945条代谢物条目，涵盖水溶性与脂溶性两类代谢物。此外，共有8,610条蛋白质序列（酶与转运蛋白）与这些代谢物条目相关联。每条代谢卡片（MetaboCard）条目包含130个数据字段，其中三分之二的信息用于化学/临床数据，剩余三分之一用于酶学或生物化学数据。众多数据字段均设有超链接，指向KEGG、PubChem、MetaCyc、ChEBI、PDB、UniProt及GenBank等其他数据库，以及各类结构与通路查看小程序。HMDB数据库支持全面的文本、序列、化学结构、质谱（MS）及核磁共振波谱（NMR）查询检索。另有四个附加数据库——DrugBank、T3DB、SMPDB与FooDB，同样属于HMDB数据库套件的组成部分。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

人类代谢组数据库（HMDB）是一个免费电子数据库，收录了人体内小分子代谢物的详细信息，支持代谢组学、临床化学和生物标志物发现等应用。它包含化学、临床及分子生物学数据，涵盖超过22万种代谢物条目，并链接了蛋白质序列，提供多种查询和可视化工具。