H. pylori 26695 / AGS

Tilt Series Date: 2013-11-25 Data Taken By: Yi-Wei Chang Species / Specimen: Helicobacter pylori Strain: 26695 Tilt Series Settings: Single Axis, tilt range: (-60.0°, 60.0°), step: 1.0°, constant angular increment, dosage: 210.0 eV/Ų, defocus: -10.0 μm, magnification: 22500x. Microscope: Caltech Polara Acquisition Software: UCSFTomo Upload Method: pipeline Processing Software Used: Raptor Collaborators and Roles: H.pylori prepared by Lee Rettberg Purification / Growth Conditions / Treatment: H.pylori cells grown in BLBB + 10% heat inactivated fetal bovine serum at 37 degrees in microaerobic chamber with GasPak EZ Campy Sachets for 2 days, OD600=0.4AGS cells cultivated on QF Au finder grid for 2 day in DMEM + 10% FBS. Infect by pylori for 6 hr. Sample Preparation: Vitrobot settings: 100% humidity, 37 C, 3µl BSA treated gold (1 ml gold resuspent in 30 ul). Manual blot by Whatman 40 filter paper. Ethane/propane mix. ycw2013-11-25-55_slicer17903.jpg: cag T4SS wi fi particles with pili?

倾斜序列采集日期：2013年11月25日
数据采集者：张亦伟（Yi-Wei Chang）
物种/标本：幽门螺杆菌（Helicobacter pylori）
菌株：26695
倾斜序列采集参数：单轴倾斜，倾斜范围(-60.0°，60.0°)，步长1.0°，采用恒定角增量模式；辐照剂量210.0 eV/Ų，欠焦量-10.0 μm，放大倍数22500倍
所用显微镜：加州理工学院Polara电镜
采集软件：UCSFTomo
上传方式：流水线式上传
所用图像处理软件：Raptor
合作者及分工：幽门螺杆菌标本由Lee Rettberg制备
纯化/培养条件与处理方式：幽门螺杆菌菌株培养于BLBB培养基添加10%热灭活胎牛血清（Fetal Bovine Serum, FBS），于37℃微氧环境中（使用GasPak EZ Campy产气袋）培养2天，培养至OD600值为0.4；AGS细胞接种于QF Au载网，于DMEM培养基添加10%胎牛血清中培养2天，随后用幽门螺杆菌感染6小时
样品制备流程：快速冷冻制样仪（Vitrobot）参数：湿度100%，温度37℃，滴加3μL经牛血清白蛋白（BSA）处理的金颗粒（1mL金悬液重悬于30μL体系）；使用Whatman 40号滤纸手动吸除多余液体；采用乙烷/丙烷混合液进行快速冷冻
图像ycw2013-11-25-55_slicer17903.jpg：疑似带有菌毛的cag T4SS相关颗粒？

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

该数据集是2013年发布的电子断层扫描数据，聚焦于Helicobacter pylori菌株26695与AGS细胞的感染过程，采用高分辨率成像技术（像素尺寸0.48 nm），包含原始倾斜系列和三维重建文件。数据采集于Caltech Polara显微镜，使用UCSFTomo和Raptor软件处理，适用于微生物相互作用和结构生物学研究。