核心干性因子Sox2和Oct4特异性结合lncRNA测序以及多能性相关lncRNA Snhg14所结合的染色质DNA测序

lncRNAs可以通过参与染色质结构的组织来调控靶基因的活性。我们设计了一种“染色质-RNA原位逆转录测序”（CRIST -seq）方法，通过结合RNA生物素标记的简单性和CRISPR Cas9系统的特异性，来分析基因调控元件中的lncRNA相互作用网络。使用基因特异性gRNA，我们描述了Sox2和Pou5f1启动子中的多能性特异性lncRNA相互作用网络，这两个关键的干细胞因子是维持多能性所必需的。启动子相互作用的lncRNA在重编程为多能性时被特异性激活。这些lncRNA的下调导致干细胞不再具有多能性。相反，过表达与多能性相关的lncRNA激活了核心干细胞因子基因的启动子，增强了成纤维细胞向多能性的重编程。这些CRIST -seq数据表明，Sox2和Pou5f1启动子被组织在一个独特的lncRNA相互作用网络中，该网络决定了重编程过程中多能性的命运。这种CRIST方法可能被广泛用于在整个基因组的目标位点上绘制lncRNA相互作用网络。