Global Catalogue of Type Strains Genome Database

全球模式菌株基因组数据库（gcType）是一个用于微生物系统发育和功能研究的高质量模式菌株基因组数据库。该平台整合了来自其他数据库的公开信息与GCM 10K原核模式菌株测序项目的测序成果，并遵循严格的质量控制标准，随后通过强大的标准数据处理管道生成一个高质量的参考数据库，为基因组分析和基于基因组的物种鉴定提供基于网页的数据分析管道。此外，它将分类、表型和生理信息与模式菌株关联，使用户能够进行全面的基因组和功能分析。Global Type Strain Genomic Database (gcType) is a high-quality type strain genomic database dedicated to microbial phylogeny and functional research. The platform integrates publicly available data from other databases and the sequencing outcomes of the GCM 10K Prokaryotic Type Strain Sequencing Project, adheres to strict quality control standards, and employs a robust standardized data processing pipeline to construct a high-quality reference database. It provides web-based data analysis pipelines for genomic analysis and genome-based species identification. Additionally, it links taxonomic, phenotypic and physiological information to type strains, allowing users to perform comprehensive genomic and functional analyses.

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

该数据集是一个全球微生物类型菌株基因组数据库，包含23,455个有效发表名称的物种、95,611个类型菌株和27,107个类型菌株基因组。数据集还提供了丰富的功能注释，如核心基因、前噬菌体、防御系统、抗生素抗性基因等，并支持基因组分析和物种鉴定等工具。