SpatialTME

Spatial Tumor Microenvironment (SpatialTME) database provides convenient tools to help users explore spatial TME, including six modules: spatial structure, spatial gene expression, spatial differential expression, spatial cell pattern, gene expression profile at sub-spot level, and cell interaction analysis.

空间肿瘤微环境（Spatial Tumor Microenvironment，简称SpatialTME）数据库可为用户探索空间肿瘤微环境提供便捷工具，涵盖六大模块：空间结构（spatial structure）、空间基因表达（spatial gene expression）、空间差异表达（spatial differential expression）、空间细胞模式（spatial cell pattern）、亚斑点水平基因表达谱（gene expression profile at sub-spot level）以及细胞相互作用分析（cell interaction analysis）。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

SpatialTME是一个基于空间转录组学的肿瘤微环境综合数据库，包含296个样本切片(覆盖19种癌症类型)，提供6个分析模块用于探索空间结构、基因表达和细胞互作等特征。该数据库整合了组织学图像与单细胞/空间转录组数据，专门用于肿瘤微环境研究。