基于FPGA硬件与CPU下GROMACS软件的小型蛋白体系分子动力学模拟性能比对数据集

随着专用硬件架构逐步引入分子模拟领域，计算体系的规模与复杂度持续提升，如何在不同计算平台之间建立可信、可复现且具有物理一致性的结果对比基础，已成为分子动力学研究中的重要问题。特别是在FPGA等新型计算架构参与分子动力学计算的背景下，仅依赖性能指标已难以全面评估其科学适用性，有必要通过系统的数据构建与结果对比，验证其在实际物理建模中的可靠性。基于此，本文发布了“基于FPGA硬件与CPU平台下 GROMACS软件的小型蛋白体系分子动力学模拟对比数据集”。该数据集整理了前期用于参数设置验证与流程一致性检查的CPU平台中小型蛋白分子动力学模拟轨迹，并选取水溶性蛋白和脂溶性蛋白体系各十余个，覆盖不同结构类型和分子规模，用于FPGA原型机与CPU架构下主流分子动力学软件的对比研究。所有模拟体系在不同平台上均采用一致的物理模型配置，包括全原子力场、水分子模型、非键相互作用处理方式、积分算法、时间步长以及温压控制方案。数据集中原始输出内容包括原子坐标和速度随时间变化的轨迹信息，体系能量通过统一软件环境下的离线重计算获得。数据集为跨平台数值一致性验证和研究提供了基础，数据参数记录完整，为后续相关研究提供可直接复用的数据样本与方法参考。数据集大小：6.5 TB。