鼠脑空间转录组与细胞类型注释数据集V2

动物大脑的基因表达与细胞类型的空间分布信息对于理解大脑的功能至关重要。在这里，我们使用snRNA-seq和Stereo-seq技术，生成了一个单细胞分辨率的鼠脑空间转录组图谱，涵盖29,655个基因，同时提供了308种细胞类型的空间分布信息，涉及超过600万个细胞。我们的研究发现了具有时空特异性的基因和调控单元，并提供了鼠脑中多样化细胞簇的空间分布图。

Spatially resolved gene expression profiles and cell type distributions in the brain are critical for elucidating brain function. Herein, we employed snRNA-seq and Stereo-seq technologies to generate a single-cell-resolution spatial transcriptomic atlas of the mouse brain, which covers 29,655 genes, provides spatially resolved distribution information for 308 cell types, and involves over 6 million cells. Our study identified spatio-temporally specific genes and regulatory units, and presents spatial distribution maps for diverse cell clusters in the mouse brain.

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

该数据集整合了单细胞核RNA测序（snRNA-seq）和空间转录组（Stereo-seq）技术，构建了一个高分辨率的小鼠全脑空间转录组图谱，包含29,655个基因的空间表达信息和308个细胞类型簇的注释，涉及超过600万个细胞。数据集提供了单细胞水平的空间分布信息，揭示了具有时空特异性的基因和调控子，为理解大脑细胞类型和基因表达的空间组织提供了重要资源。