ptsw/ref_seq_viral_microsatellites
收藏Hugging Face2024-05-24 更新2024-06-12 收录
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https://hf-mirror.com/datasets/ptsw/ref_seq_viral_microsatellites
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资源简介:
Based on Hack90/ref_seq_viral, using pytrf with settings:
```
pytrf.STRFinder(
seqdict['id'], seqdict['sequence'],
mono=5, di=2, tri=2, tetra=2, penta=2, hexa=2
)
```
and contains columns:
```
['id', 'start_pos', 'end_pos', 'motif_seq', 'motif_length', 'repeats', 'ssr_length']
```
提供机构:
ptsw
原始信息汇总
数据集概述
数据集来源与处理
- 基于数据集
Hack90/ref_seq_viral,使用pytrf工具进行处理。
处理参数
- 使用
pytrf.STRFinder函数,参数设置如下:mono=5di=2tri=2tetra=2penta=2hexa=2
数据集结构
- 包含以下列:
idstart_posend_posmotif_seqmotif_lengthrepeatsssr_length



