CATH (Class, Architecture, Topology, Homologous superfamily)|蛋白质结构数据集|生物信息学数据集

www.cathdb.info2024-11-02 收录

蛋白质结构

生物信息学

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资源简介：

CATH 是一个蛋白质结构分类数据库，主要用于对蛋白质结构进行分类。它根据蛋白质的结构特征将其分为四个层次：Class（类别）、Architecture（架构）、Topology（拓扑）和Homologous superfamily（同源超家族）。CATH 数据集包含了大量的蛋白质结构信息，有助于研究人员理解蛋白质的结构和功能关系。

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数据集介绍

构建方式

CATH数据集的构建基于蛋白质结构分类的四个层次：类（Class）、架构（Architecture）、拓扑（Topology）和同源超家族（Homologous superfamily）。首先，通过自动化算法对蛋白质结构进行解析，识别出其核心结构特征。随后，根据这些特征将蛋白质分配到不同的类和架构中。进一步，通过拓扑分析确定蛋白质的三维结构模式，并最终通过同源性分析将具有相似进化起源的蛋白质归类为同一超家族。这一过程确保了数据集的高精度和系统性。

特点

CATH数据集以其多层次的分类体系著称，提供了对蛋白质结构和功能的深入理解。其类、架构、拓扑和超家族的四级分类结构，不仅揭示了蛋白质的进化关系，还为结构生物学研究提供了丰富的信息资源。此外，CATH数据集的更新频率较高，确保了数据的时效性和准确性。其广泛应用于蛋白质结构预测、功能注释和药物设计等领域，展示了其在生物信息学中的重要价值。

使用方法

CATH数据集的使用方法多样，适用于多种生物信息学研究。研究人员可以通过访问CATH官方网站或使用相关API接口，获取蛋白质的分类信息和结构数据。在蛋白质结构预测中，CATH数据集可用于训练和验证模型，提高预测精度。在功能注释方面，利用CATH的分类信息，可以推断未知蛋白质的功能。此外，CATH数据集还支持药物设计中的靶点识别和分子对接模拟，为新药研发提供有力支持。

背景与挑战

背景概述

CATH（Class, Architecture, Topology, Homologous superfamily）数据集是生物信息学领域中一个重要的蛋白质结构分类数据库。自1997年由英国伦敦大学学院的生物信息学研究团队首次发布以来，CATH已成为全球科学家研究蛋白质结构与功能关系的重要工具。该数据集通过层次分类方法，将蛋白质结构分为四个主要层次：类、架构、拓扑和同源超家族，从而帮助研究人员理解蛋白质的进化关系和功能多样性。CATH的建立不仅推动了蛋白质结构预测和功能注释的发展，还为药物设计和生物工程提供了宝贵的数据资源。

当前挑战

尽管CATH数据集在蛋白质结构分类领域取得了显著成就，但其构建过程中仍面临诸多挑战。首先，蛋白质结构的复杂性和多样性使得分类标准的确立和维护变得异常困难。其次，随着新蛋白质序列和结构的不断发现，数据集的更新和扩展需要持续的计算资源和人力投入。此外，如何确保分类的一致性和准确性，尤其是在处理高度相似但功能不同的蛋白质时，是一个长期存在的难题。最后，数据集的开放性和可访问性也需要不断优化，以满足全球科研人员的需求。

发展历史

创建时间与更新

CATH数据集的创建可以追溯到1997年，由英国伦敦大学学院的生物信息学研究团队发起。自那时起，CATH数据集经历了多次重大更新，最近一次主要更新发生在2021年，以反映蛋白质结构分类领域的最新进展。

重要里程碑

CATH数据集的一个重要里程碑是其在2003年引入的层次分类系统，这一系统极大地提高了蛋白质结构分类的准确性和效率。此外，2010年，CATH数据集与Gene3D数据库的整合，使得从蛋白质结构到功能注释的全面分析成为可能。2017年，CATH数据集进一步扩展，包含了更多的蛋白质结构数据，并引入了机器学习算法来提高分类的自动化程度。

当前发展情况

当前，CATH数据集已成为蛋白质结构分类领域的核心资源之一，其数据库中包含了超过50万个蛋白质结构域的详细分类信息。CATH数据集不仅为蛋白质结构预测和功能注释提供了基础数据，还通过与多个国际生物信息学平台的合作，推动了跨学科研究的发展。此外，CATH数据集的持续更新和扩展，确保了其在应对新兴生物技术和数据科学挑战中的前沿地位，为全球科研人员提供了不可或缺的资源。

发展历程

CATH数据集首次发表，标志着蛋白质结构分类领域的一个重要里程碑。
1997年
CATH数据集首次应用于蛋白质结构预测和分类研究，展示了其在生物信息学中的重要价值。
2000年
CATH数据集进行了重大更新，引入了更多的蛋白质结构数据和新的分类方法，进一步提升了其分类准确性。
2005年
CATH数据集开始与PDB（Protein Data Bank）数据库进行深度整合，增强了数据集的完整性和实用性。
2010年
CATH数据集引入了机器学习算法，用于自动分类和识别新的蛋白质结构，显著提高了数据处理效率。
2015年
CATH数据集发布了最新版本，包含了超过100,000个蛋白质结构，继续在蛋白质结构分类和研究中发挥重要作用。
2020年

常用场景

经典使用场景

在蛋白质结构分类领域，CATH数据集以其独特的四级分类系统（Class, Architecture, Topology, Homologous superfamily）而闻名。该数据集广泛应用于蛋白质结构预测和功能注释的研究中，通过分析蛋白质的三维结构，研究人员能够识别出具有相似折叠模式的蛋白质家族，从而推断其潜在的生物学功能。

衍生相关工作

基于CATH数据集，许多后续研究工作得以展开。例如，研究人员开发了多种基于CATH的蛋白质结构预测算法，这些算法在提高预测精度和效率方面取得了显著成果。此外，CATH数据集还被用于构建大规模的蛋白质结构数据库，为全球科研人员提供了丰富的数据资源。这些衍生工作不仅丰富了蛋白质结构研究的工具库，还进一步推动了相关领域的技术进步。

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