超滤增强型交联质谱法：实现低分子量蛋白交联全面分析的技术优化的相关数据

低分子量（LMW）蛋白对转录、翻译、免疫应答及稳态维持等细胞功能至关重要。然而，其分子尺寸小、赖氨酸残基有限等特点，给交联质谱分析带来巨大挑战：交联效率低、蛋白互作检测困难。为解决这一问题，我们开发了一种超滤膜辅助尺寸排阻色谱策略。该方法通过依次使用孔径递减的超滤膜（范围从0.45 μm至10 kDa），选择性去除高分子量蛋白，富集交联后的低分子量蛋白复合物，从而显著提升交联质谱检测的灵敏度与特异性。相比传统的高pH反相或强阳离子交换分级方法，该方法在蛋白质层级与肽段分级策略形成更好互补，为解析低分子量蛋白复合物提供了更高效的解决方案。运用该技术，我们成功构建了低分子量蛋白（定义为<20 kDa）的全面互作网络，鉴定到涉及77个蛋白的234对蛋白-蛋白互作，占整体互作网络的47.8%。该方法不仅能为细胞内低分子量蛋白复合物提供交联距离约束信息，还可实现蛋白互作的规模化交联验证，并揭示非编码RNA生成微蛋白等潜在功能。综上，超滤膜辅助尺寸排阻色谱技术显著增强了交联质谱研究低分子量蛋白复合物的能力，为深入理解这类"小而关键"的蛋白在细胞生物学中的功能提供了有力工具。