Interaction of selected plant secondary metabolites with Ap3A and Ap4A dinucleotide cell regulators

[PL:]Przedmiotowy zbiór danych zawiera wyniki modelowania oddziaływań wybranych związków fenolowych oraz stilbenów z dwoma nukleotydowymi regulatorami cyklu komórkowego: Ap3A oraz Ap4A, a także ich energie interakcji.Cząsteczki zostały wstępnie zdokowane do modeli regulatorów z wykorzystaniem programu Autodock Nova. Wybrano predykcje o największej wartości powinowactwa wiązania (ang. binding affinity) z 8 proponowanych przez program do wyznaczenia energii interakcji. W przypadku predykcji o podobnych lub identycznych wartościach powinowactwa wybierano kilka modeli do badań z oznaczeniem kolejnych var_2 - var_4.Obliczenia energii interakcji wykonano z wykorzystaniem programu Gaussian 09 metodą Hartree-Focka. Stosowano bazy funkcyjne 3-21G (brak opisu bazy w nazwie), a następnie stosując pliki kontrolne z obliczeń tą bazą jako plik inputu dokonywano obliczeń bazą 3-21G*, 6-31G, oraz na końcu 6-31G(d). Dla pozostałych stosowanych baz, pliki wyjściowe w formacie .log zawierają nazwę przyrostek odnoszący się do baz funkcyjnych, odpowiednio _1 dla 3-21G*, _2 dla 6-31G oraz _3 dla bazy 6-31G(d). Energie oddziaływań obliczono wykorzystując funkcję programu counterpoise.