DRKG (Drug Repurposing Knowledge graph)

药物再利用知识图谱（DRKG）是一个综合的生物知识图谱，涉及基因、化合物、疾病、生物过程、副作用和症状。 DRKG 包括来自六个现有数据库的信息，包括 DrugBank、Hetionet、GNBR、String、IntAct 和 DGIdb，以及从最近与 Covid19 相关的出版物中收集的数据。它包括属于 13 个实体类型的 97,238 个实体；以及属于 107 种边缘类型的 5,874,261 个三元组。这 107 种边缘类型显示了 17 个实体类型对之一之间的一种交互类型（同一实体对之间可能有多种类型的交互），如下图所示。它还包括一堆关于如何使用统计方法或使用机器学习方法（如知识图嵌入）探索和分析 DRKG 的笔记本。

The Drug Repurposing Knowledge Graph (DRKG) is a comprehensive biological knowledge graph encompassing genes, compounds, diseases, biological processes, side effects, and symptoms. DRKG incorporates data from six existing databases, namely DrugBank, Hetionet, GNBR, String, IntAct, and DGIdb, alongside datasets collected from recent COVID-19-related publications. It contains 97,238 entities belonging to 13 entity types, as well as 5,874,261 triples categorized under 107 edge types. Each of these 107 edge types represents a specific interaction type between one pair of the 17 total entity types; a single entity pair may support multiple distinct interaction types, as illustrated in the figure below. Additionally, it includes a collection of notebooks demonstrating how to explore and analyze DRKG using either statistical methods or machine learning approaches such as knowledge graph embedding.

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

DRKG是一个综合的药物再利用知识图谱，整合了来自DrugBank、Hetionet等六个数据库的数据以及COVID-19相关研究，包含97,238个实体和5,874,261个三元组，覆盖基因、化合物、疾病等多种生物实体类型。该数据集旨在支持药物再利用研究，提供丰富的生物关系信息，并附带使用统计和机器学习方法（如知识图嵌入）进行探索的笔记本，发布于2020年，由多个学术机构联合发布。