ITSoneDB

ITSoneDB is a comprehensive collection of eukaryotic ribosomal RNA Internal Transcribed Spacer 1 (ITS1) sequences. It is aimed at supporting metabarcoding surveys of fungal and other microbial eukaryotic environmental communities. The sequences were extracted from the European Nucleotide Archive (ENA) and arranged on the NCBI taxonomy tree. ITS1 start and end boundaries were defined by ENA annotations and/or designed by mapping Hidden Markov Model (HMM) profiles of flanking 18S and 5.8S ribosomal RNA coding genes on each sequenceITSoneDB是一套综合性的真核生物核糖体RNA内部转录间隔区1（Internal Transcribed Spacer 1，ITS1）序列数据库，旨在支撑真菌及其他微生物真核生物环境群落的元条形码（metabarcoding）调查研究。该数据库的序列均从欧洲核苷酸档案库（European Nucleotide Archive，ENA）中提取，并基于NCBI分类学树进行分类排布。ITS1的起始与终止边界既可通过ENA的注释进行定义，也可通过将侧翼18S与5.8S核糖体RNA编码基因的隐马尔可夫模型（Hidden Markov Model，HMM）特征图谱映射至各条序列来确定。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

ITSoneDB是一个专门收集真核生物核糖体RNA内部转录间隔区1（ITS1）序列的综合性数据库，旨在为真菌及其他微生物真核环境群落的元条形码研究提供支持。该数据库的序列来源于欧洲核苷酸档案（ENA），并基于NCBI分类树进行组织，其ITS1边界通过ENA注释和隐马尔可夫模型（HMM）映射侧翼基因两种方法进行定义。