多个数据集

这是一个包含多个领域的高质量公开数据集的列表，涵盖农业、生物学等多个领域的数据集。

This is a list of high-quality public datasets spanning multiple domains, including agriculture, biology, and more.

原始信息汇总

数据集概述

农业

• U.S. Department of Agricultures PLANTS Database
  • 链接: http://www.plants.usda.gov/dl_all.html

生物学

• 1000 Genomes
  • 链接: http://www.1000genomes.org/data
• American Gut (Microbiome Project)
  • 链接: https://github.com/biocore/American-Gut
• Broad Cancer Cell Line Encyclopedia (CCLE)
  • 链接: http://www.broadinstitute.org/ccle/home
• Cell Image Library
  • 链接: http://www.cellimagelibrary.org
• Collaborative Research in Computational Neuroscience (CRCNS)
  • 链接: http://crcns.org/data-sets
• Complete Genomics Public Data
  • 链接: http://www.completegenomics.com/public-data/69-genomes/
• EBI ArrayExpress
  • 链接: http://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/
• EBI Protein Data Bank in Europe
  • 链接: http://www.ebi.ac.uk/pdbe/emdb/index.html/
• ENCODE project
  • 链接: https://www.encodeproject.org
• Ensembl Genomes
  • 链接: http://ensemblgenomes.org/info/genomes
• Gene Expression Omnibus (GEO)
  • 链接: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/
• Gene Ontology (GO)
  • 链接: http://geneontology.org/page/download-annotations
• Global Biotic Interations (GloBI)
  • 链接: https://github.com/jhpoelen/eol-globi-data/wiki#accessing-species-interaction-data
• Harvard Medical School (HMS) LINCS Project
  • 链接: http://lincs.hms.harvard.edu
• Human Genome Diversity Project
  • 链接: http://www.hagsc.org/hgdp/files.html
• Human Microbiome Project (HMP)
  • 链接: http://www.hmpdacc.org/reference_genomes/reference_genomes.php
• ICOS PSP Benchmark
  • 链接: http://ico2s.org/datasets/psp_benchmark.html
• International HapMap Project
  • 链接: http://hapmap.ncbi.nlm.nih.gov/downloads/index.html.en
• Journal of Cell Biology DataViewer
  • 链接: http://jcb-dataviewer.rupress.org
• MIT Cancer Genomics Data
  • 链接: http://www.broadinstitute.org/cgi-bin/cancer/datasets.cgi
• NCBI Proteins
  • 链接: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/guide/proteins/#databases
• NCBI Taxonomy
  • 链接: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/taxonomy
• NeuroData
  • 链接: http://neurodata.io
• NIH Microarray data
  • 链接: http://bit.do/VVW6 或 FTP
• OpenSNP genotypes data
  • 链接: https://opensnp.org/
• Pathguid - Protein-Protein Interactions Catalog
  • 链接: http://www.pathguide.org/
• Protein Data Bank
  • 链接: http://www.rcsb.org/
• PubChem Project
  • 链接: https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/
• PubGene (now Coremine Medical)
  • 链接: http://www.pubgene.org/
• Sanger Catalogue of Somatic Mutations in Cancer (COSMIC)
  • 链接: http://cancer.sanger.ac.uk/cosmic
• Sanger Genomics of Drug Sensitivity in Cancer Project (GDSC)
  • 链接: http://www.cancerrxgene.org/
• Sequence Read Archive(SRA)
  • 链接: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/
• Stanford Microarray Data
  • 链接: http://smd.stanford.edu/
• Stowers Institute Original Data Repository
  • 链接: http://www.stowers.org/research/publications/odr
• Systems Science of Biological Dynamics (SSBD) Database
  • 链接: http://ssbd.qbic.riken.jp
• Temple University Hospital EEG Database
  • 链接: https://www.nedcdata.org/drupal/node/12
• The Cancer Genome Atlas (TCGA), available via Broad GDAC
  • 链接: https://gdac.broadinstitute.org/
• The Catalogue of Life
  • 链接: http://www.catalogueoflife.org/content/annual-checklist-archive
• The Personal Genome Project
  • 链接: http://www.personalgenomes.org/ 或 PGP
• UCSC Public Data
  • 链接: http://hgdownload.soe.ucsc.edu/downloads.html
• Universal Protein Resource (UnitProt)
  • 链接: http://www.uniprot.org/downloads
• UniGene
  • 链接: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/unigene

气候/天气

• Australian Weather
  • 链接: http://www.bom.gov.au/climate/dwo/
• Brazilian Weather - Historical data (In Portuguese)
  • 链接: http://sinda.crn2.inpe.br/PCD/SITE/novo/site/
• Canadian Meteorological Centre
  • 链接: http://weather.gc.ca/grib/index_e.html
• Climate Data from UEA (updated monthly)
  • 链接: https://crudata.uea.ac.uk/cru/data/temperature/#datter 和 FTP
• European Climate Assessment & Dataset
  • 链接: http://eca.knmi.nl/
• Global Climate Data Since 1929
  • 链接: http://en.tutiempo.net/climate
• NASA Global Imagery Browse Services
  • 链接: https://wiki.earthdata.nasa.gov/display/GIBS
• NOAA Bering Sea Climate
  • 链接: http://www.beringclimate.noaa.gov/
• NOAA Climate Datasets
  • 链接: http://www.ncdc.noaa.gov/data-access/quick-links
• NOAA Realtime Weather Models
  • 链接: http://www.ncdc.noaa.gov/data-access/model-data/model-datasets/numerical-weather-prediction
• The World Bank Open Data Resources for Climate Change
  • 链接: http://data.worldbank.org/developers/climate-data-api
• UEA Climatic Research Unit
  • 链接: http://www.cru.uea.ac.uk/data
• WorldClim - Global Climate Data
  • 链接: http://www.worldclim.org
• WU Historical Weather Worldwide
  • 链接: https://www.wunderground.com/history/index.html

复杂网络

• CrossRef DOI URLs
  • 链接: https://archive.org/details/doi-urls
• DBLP Citation dataset
  • 链接: https://kdl.cs.umass.edu/display/public/DBLP
• NBER Patent Citations
  • 链接: http://nber.org/patents/
• NIST complex networks data collection
  • 链接: http://math.nist.gov/~RPozo/complex_datasets.html
• Protein-protein interaction network
  • 链接: http://vlado.fmf.uni-lj.si/pub/networks/data/bio/Yeast/Yeast.htm
• PyPI and Maven Dependency Network
  • 链接: https://ogirardot.wordpress.com/2013/01/31/sharing-pypimaven-dependency-data/
• Scopus Citation Database
  • 链接: https://www.elsevier.com/solutions/scopus
• Small Network Data
  • 链接: http://www-personal.umich.edu/~mejn/netdata/
• Stanford GraphBase (Steven Skiena)
  • 链接: http://www3.cs.stonybrook.edu/~algorith/implement/graphbase/implement.shtml
• Stanford Large Network Dataset Collection
  • 链接: http://snap.stanford.edu/data/
• Stanford Longitudinal Network Data Sources
  • 链接: http://stanford.edu/group/sonia/dataSources/index.html
• The Koblenz Network Collection
  • 链接: http://konect.uni-koblenz.de/
• The Laboratory for Web Algorithmics (UNIMI)
  • 链接: http://law.di.unimi.it/datasets.php
• The Nexus Network Repository
  • 链接: http://nexus.igraph.org/
• UCI Network Data Repository
  • 链接: https://networkdata.ics.uci.edu/resources.php
• UFL sparse matrix collection
  • 链接: http://www.cise.ufl.edu/research/sparse/matrices/
• WSU Graph Database
  • 链接: http://www.eecs.wsu.edu/mgd/gdb.html

计算机网络

• 3.5B Web Pages from CommonCraw 2012
  • 链接: http://www.bigdatanews.com/profiles/blogs/big-data-set-3-5-billion-web-pages-made-available-for-all-of-us
• 53.5B Web clicks of 100K users in Indiana Univ.
  • 链接: http://cnets.indiana.edu/groups/nan/webtraffic/click-dataset/
• CAIDA Internet Datasets
  • 链接: http://www.caida.org/data/overview/
• ClueWeb09 - 1B web pages
  • 链接: http://lemurproject.org/clueweb09/
• ClueWeb12 - 733M web pages
  • 链接: [http://lem

搜集汇总

数据集介绍

构建方式

该数据集是通过从博客、回答和用户响应中收集和整理公共数据源而构建的。它包含了大量免费的数据库，但也包含一些非免费的数据库。

特点

数据集的特点在于其广泛性，涵盖了从农业到医疗保健，再到政府数据的各个领域。它不仅包含了结构化数据，还包含了地理空间数据和复杂网络数据。

使用方法

用户可以通过GitHub页面上的链接访问数据集，每个数据集都有详细的说明和访问方式。用户需要根据自身需求选择合适的数据集，并遵循相应的使用条款。

背景与挑战

背景概述

‘多个数据集’是一个收集和整理自博客、回答和用户响应的公共数据源列表。该数据集涵盖了许多领域，包括农业、生物学、气候/天气、复杂网络、计算机网络、上下文数据、数据挑战、经济学、教育、能源、金融、地质学、地理信息系统、政府、健康护理等。大部分列出的数据集是免费的，但也有一些不是。该数据集的创建旨在为研究人员提供一个方便的资源，以促进数据共享和合作。

当前挑战

该数据集面临的挑战主要包括：1) 数据集的多样性和异质性使得整合和比较变得困难；2) 数据质量和可靠性可能因来源的不同而有所差异；3) 部分数据集可能存在版权或访问限制，不利于广泛共享；4) 数据更新和维护的持续性难以保证。

常用场景

经典使用场景

该数据集涵盖了多个领域的公共数据集，其经典使用场景主要集中于为研究者提供丰富的数据资源，以便于进行数据分析和挖掘。例如，在生物信息学领域，可以利用1000 Genomes数据集进行基因组学研究；在气候学领域，可以使用NASA Global Imagery Browse Services数据集进行气候变化的长期趋势分析。

实际应用

实际应用中，该数据集可用于政策制定、公共健康分析、市场研究等多个领域。例如，政府机构可以利用这些数据集来制定更加有效的政策，企业可以利用经济数据来指导商业决策，公共健康部门可以利用健康数据来改善公共卫生服务。

衍生相关工作

该数据集衍生了众多相关的工作，如基于数据集的学术研究论文、开源项目和应用软件。这些衍生工作不仅推动了数据集的进一步应用，也为相关领域的知识积累和技术发展做出了贡献。