The Network Data Exchange

NDEx is an online commons where scientists can upload, share, and publicly distribute biological networks and pathway models. The NDEx Project maintains a web-accessible public server, a documentation website, provides seamless connectivity to the Cytoscape desktop application as well as programmatic access using a variety of languages including Python, Java and R. NDEx users can easily create accounts or sign in using their Google credentials thanks to the supported open authentication (OAUTH2) method and mint DOIs for their networks to use in publications or include in other resources for long term access.NDEx是一款面向科研人员的在线公共共享平台，支持上传、分享与公开发布生物网络及通路模型。NDEx项目维护了可通过网页访问的公共服务器与官方文档网站，实现了与Cytoscape桌面应用的无缝对接，同时提供Python、Java、R等多种编程语言的程序调用接口。平台用户可通过支持的开放认证（OAUTH2）方式，使用谷歌账号快速创建账户或登录；同时可为其上传的生物网络生成数字对象标识符（Digital Object Identifier，简称DOI），用于学术发表或长期整合至其他资源中以保障持久访问。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

NDEx是一个在线共享平台，允许科学家上传、共享和公开分发生物网络和通路模型。该平台提供与Cytoscape桌面应用的集成、程序化访问支持以及NDEx IQuery等网络分析工具，并参与了NIAID数据生态系统门户。